whiffen_cann-CSDN博客

原创 from keras.src.engine import keras_tensorModuleNotFoundError: No module named ‘keras.src.engine‘

/usr/bin/python -m pip uninstall tensorflow_addons tensorflow keras /usr/bin/python -m pip install tensorflow==2.15.0 /usr/bin/python -m pip install tf-keras==2.15.0 /usr/bin/python -m pip install tensorflow_addons

2024-05-06 10:56:20 132

原创修改/替换bam文件的header

3，根据自己的目的，用vi ,sed等方式修改old_header.sam ，假定新的header 文件命名为 new_header.sam。

2024-04-16 18:58:14 183

原创 linux 环境下 error: invalid zip file with overlapped components (possible zip bomb)

解压缩出来的文件，依然可能出现缺少文件，而当没有报错的情况下，缺少文件的情况，你很难发现，可能还会以为自己的zip文件不完整。否则，当zip压缩文件比较大，即使使用unzip没有报错，

2023-12-19 09:27:41 1339

原创 Warning: ExtUtils::CBuilder not installed or no compiler detected

对于centos系统：或者使用conda or mamba ：

2023-09-26 10:16:36 118

原创 perl 安装模块，如Bio：：seq

sudo apt install cpanminussudo cpanm Bio::Seq

2023-08-17 15:51:10 153

原创 python requests.exceptions.JSONDecodeError: Expecting value: line 1 column 1 (char 0)

链接里加入了变量，这个变量有#号，request 就出错了。看了网上的很多答案，都跟自己遇到的情况不一样，的变量去掉，就都好了。

2023-04-23 13:54:30 563

原创 perl Exporter

两种使用方法：方法1：Test.pmpackage Test;use Exporter 'import';our @EXPORT = qw （afunc $var）;sub afunc{ pirnt "This is a test.\n";}our $var = "CSDN";1；方法2：Test.pmpackage Test;use Exporter;our @ISA = qw(Export);our @EXPORT = qw (afunc $var);

2021-05-15 18:37:54 239

原创 perl FindBin 与 Cwd寻找脚本路径和当前工作路径

寻找所调用脚本的路径： use FindBin qw($Bin $script);my $lib_path = $Bin;print "程序$0的路径： $lib_path\n"; 当前工作目录的路径： use Cwd qw( getcwd abs_path);my $path = getcwd();$path = abs_path($path); 或者直接一点： my $path = abs_path(getcwd()); ...

2021-05-13 01:07:39 930

原创关于linux 平台下 find -exec 的两点说明

通常，以下方式都可行（区别在末尾的分号上）：find dir_name -name "*string*" -type f(or d) -exec mv {} \; find dir_name -name "*string*" -type f(or d) -exec mv {} ';' find dir_name -name "*string*" -type f(or d) -exec mv {} ";"其中，{}是指找到的结果文件/目录。...

2021-05-12 22:28:20 102

原创 perl 文件句柄处理.gz 文件

打开并读取.gz 文件: open IN,"gzip -dc $yourfile |" or die $!; （gzip -dc 解压缩但不会改变原文件，原文件还是.gz 压缩文件）生成.gz 文件： open OUT , " | gzip >$outfile" or print $!;

2021-05-12 22:10:30 459

原创去掉^M符号，linux vi打开来自win环境下的文件，有^M的原因和解决办法

因为win的换行是/r\nlinux的换行是\n所以，linux下vim来自于win下的文件时，需要将换行符改为\n。改正方法为：cat yourfile | tr -s "\r\n" "\n" > newfile

2017-07-25 09:58:42 606

转载 tensorflow笔记-20170329

转载自：https://sanwen8.cn/p/63flBuU.htmlTensorFlow从入门到实战资料汇总2017-02-02 06:08 | 数据派来源：DataCastle数据城堡TensorFlow是谷歌基于DistBelief进行研发的第二代人工智能学**系统，其命名来源于本身的运行原理。Tensor（张量）意

2017-03-29 11:13:41 1117

转载 tensorflow实战-20170329

转载自：http://www.infoq.com/cn/articles/deeplearning-tensorflow-actual-combat 深度学习及TensorFlow简介深度学习目前已经被应用到图像识别，语音识别，自然语言处理，机器翻译等场景并取得了很好的行业应用效果。至今已有数种深度学习框架，如TensorFlow、Caffe、Theano、Torch、MX

2017-03-29 11:10:14 2410 1

转载如何用Perl对字符串或者数字数组进行排序。 hash 按value/按keys 排序(多种方法)。

转载自：http://www.jb51.net/article/67894.htmPerl有个内置函数叫做sort毫无疑问的可以排序一个数组。其最简单的形式是传递一个数组，它会返回排序后的元素组成的数组。@sorted = sort @original。基于ASCII码排序复制代码代码如下:#!/usr/bin/perluse strict

2017-03-14 14:43:58 5097

转载 Tensor flow 简介

转载自：http://www.infoq.com/cn/articles/deeplearning-tensorflow-actual-combat深度学习及TensorFlow简介深度学习目前已经被应用到图像识别，语音识别，自然语言处理，机器翻译等场景并取得了很好的行业应用效果。至今已有数种深度学习框架，如TensorFlow、Caffe、Theano、Tor

2017-02-26 01:34:19 2621

原创 bam deal

pibase tools for validational and comparative analysis of BAM filespibase is an open-source package of linux command line tools for validating next-generation sequencing loci (SNPs and loci of interes

2017-02-24 14:08:13 697

转载 fastq ：怎么判断fastq是Phred33格式还是Phred64 格式

现在的一般都是Phred33的吧。。如果质量值对应的ASIIC码的值，有比64小的，那么他就是Phred33.如果有比73大的，那么就是Phred64体系的。这么说对吧？不对的请指正。以下属于转载：最近在学习质控知识时, 对于质量值体系及转换产生了一些疑问, 作了一些尝试, 趁集群故障, 在此总结一下质量值体系相比之前培训时所学的质控内容, (我拿到的) 流程中还多了一步 phred33t

2017-02-22 17:29:42 10948

转载程序员不好好写报告的结果是很严重的

转自：http://blog.sciencenet.cn/blog-404304-884328.html倒腾了很久的代码，结果测试也通过了，然后现在要写报告了，心情的表情马上从呲牙变成咧嘴。倒腾了一上午，一直在摸索怎样在linux平台上把报告怎么快速搞出来，然而这个对我来说好像太不效率了，好了，不搞逗了，老老实实作报告吧。谨以下文，安慰我这种兔子乱跳的心情。按惯例先讲点废话

2017-02-22 15:18:06 875

转载 fastq文件格式处理工具系列学习

转自：http://ju.outofmemory.cn/entry/215236fastq文件格式说明（wiki）FASTQ_format 维基百科NSC_2011_Illumina_fastqAndQC Illumina fastq 格式官方文档fastq 文件质量控制fastqc CommandLine Demo：./FastQC/fastqc -o

2017-02-22 14:54:16 11682

转载 GATK使用方法详解（原始数据的处理）

转自：https://www.plob.org/article/7009.html1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对（mapping）对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping。Bwa比对步骤大致如下：（1）对参考基因组构建索引：例子：bwa index -a bwtsw hg19.fa。最后生成文件：hg19.fa.amb、hg19.fa.an

2017-02-22 14:50:10 12280

原创 linux 环境下，vi页面下对齐代码老公教的

先按esc退出编辑状态然后按v，再用上下左右移动光标来选中范围然后再按=

2016-08-16 15:52:13 786

转载 Perl中if [-e $file] 判断

转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4a082449010112h8.html-r 文件或目录对此（有效的）用户（effective user）或组是可读的-w 文件或目录对此（有效的）用户或组是可写的-x 文件或目录对此（有效的）用户或组是可执行的-o 文件或目录由本（有效的）用户所有-R 文件或目录对此用户(real user)或组是可读的

2016-08-15 15:16:12 10126

原创问题解决：Linux 命令行超过1行时，会覆盖第一行，而不是从新的一行显示

原因：在bash中,所有在PS1中的非打印字符都必须用"\[\]"(不包括引号)将其包围起来,否则在计算提示符长度时也会将其计算在内,导致其无法正确地换行,也就出现了回到行首的情况.

2016-06-17 00:31:47 3264

原创 GATK best practices对variation（only for SNPs and Indels)的鉴定以及对上游数据对处理

借助网上的图用下，表表意思（只需要看图和粗体字，小字不用注意）：看完图来说话，其实你看我这篇文章，目的就是想看gatk best practices 分析的全过程,按先后顺序，给你好看。预处理过程，开始于raw data,可以上fq，也可以上uBAM，并最终产生一个用于call variantion 的bam文件。预处理过程是纠正技术带来的偏差，使数据更适用于变异检

2016-05-24 15:40:56 3041

原创随机提取fq文件中的reads perl程序处理

比如我测了500X，分析后，我想看一下低深度数据的分析效果。从原fq数据中提取200X数据，也就是提取原数据量的0.4倍。辣么，我就写了个小程序。

2016-05-12 15:20:56 2778 1

原创 xshell 的复制粘贴的设置以及分隔符的设置

我的习惯左键双击为复制动作右键单击为粘贴这一设置过程为：打开xshell => 工具 =>选项 =>键盘和鼠标 =>向右按钮（选择以paste开头的） => 勾选“将选定的文本自动复制到剪贴板” =>找到分隔符，并删掉里面的三个符号分别是斜杠 / 点号 . 和横杠 - （根据自己需要，可自己选择删掉哪些符号）。然后点击确定，自己试一下，是不是可以了。

2016-04-27 09:47:56 5527

原创 vim编辑状态下，delete键不能删除空白行

我的解决办法，在家目录下编辑.vimrc，在文件中添加：set backspace = 2保存退出。然后我运行了：. ./.vimrc

2016-03-02 23:09:26 2175

原创关于linux上使用vi时，方向键出现ABCD的个人总结

以前装cygwin的时候，没有下载vim，我使用vi编辑时，使用方向键会出现ABCDEF的问题。在网上搜索解决办法，没有对症的答案。今天想起这件事，把它写下来。现在来描述一下问题和解决办法。问题：使用vi 在编辑状态下退格不成功使用方向键会出现ABCDEF的字母导致编辑时很不方便；原因：vim和vi是有区别的，平时我使用vi（我自己的习惯问题），其实是使用的vim

2016-03-02 22:42:18 1584

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