修改/替换bam文件的header

于 2024-04-16 18:58:14 发布
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分类专栏： bioinformatics 文章标签： samtools
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鉴于我用samtools reheader 方式报错，改用以下方式更改我的bam header ：

1，samtools view -H  file.bam >old_header.sam

2，samtools view file.bam  chrY >file_chrY.sam

3，根据自己的目的，用vi ,sed等方式修改old_header.sam ，假定新的header 文件命名为 new_header.sam

4,cat   new_header.sam   file_chrY.sam | samtools view -Sb -o  new_header_file_chrY.bam  

whiffen_cann
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