2021-09-11-生信技能树-作业1_homologene包-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/wizardsers/article/details/120232550

本文探讨了如何使用R语言进行人鼠基因的首字母大小写转换，并介绍了homologene、NCBIhomologene、Biomart等工具在寻找同源基因对应过程中的应用，包括通过Ensembl获取全属种间基因家族。重点展示了在信息技术背景下基因匹配与转换的实践案例。

摘要由CSDN通过智能技术生成

人鼠基因转换之首字母大写

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首字母大小写转换
但是有个问题，并不是所有的同源基因只是简单的首字母大小写配对的。

#改进版本
human_gene <- c("PTPRC", "EPCAM", "MME", "CD3G", "CD3E", "CD68", "CD79A", "RP11-34P13.8") #若干人类基因
upper_low  <- function(var) {
  var = tolower(var)
  first_letter = toupper( substr(var ,1 ,1) )
  word = paste0(first_letter ,substring(var ,2 ))
  return(word)
}
mouse_gene = sapply(human_gene, upper_low)

2.在R包homologene里有张基因对应表
同时已经有可以转换的代码可用
homologene(genes, inTax, outTax)
genes：需要查找同源基因的基因列表
inTax：输入基因所属物种
outTax：查找的同源基因属于那个物种

3.NCBI homologene 有四万多对同源基因的对应表；简书链接附上
https://www.jianshu.com/p/877d6f3cc799?ivk_sa=1024320u

4.R包 biomart转换

hsa2mus_all <- getLDS(attributes = c("hgnc_symbol"),
                filters = "hgnc_symbol",
                values = hsaGeneInfo$symbol,
                mart = human,
                attributesL = c("mgi_symbol"),
                martL = mouse,uniqueRows = T)
head(hsa2mus_all)
length(hsaGeneInfo$symbol)
nrow(hsa2mus_all)