生物信息
wj176623
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
GEO : Affymetrix CEL文件 CDF文件 R语言处理方法
背景介绍:1)Affymetrix: Affymetrix的探针(proble)一般是长为25碱基的寡聚核苷酸;探针总是以perfect match 和mismatch成对出现,其信号值称为PM和MM,成对的perfect match 和mismatch有一个共同的affyID。 CEL文件:信号值和定位信息。 CDF文件:探针对在芯片上的定位信息转载 2016-09-20 11:30:11 · 9799 阅读 · 1 评论 -
基因表达谱
基因表达:指细胞在生命过程中,把储存在DNA顺序中遗传信息经过转录和翻译,转变成具有生物活性的蛋白质分子。生物体内的各种功能蛋白质和酶都是同相应的结构基因编码的。差别基因表达:指细胞分化过程中,奢侈基因按一定顺序表达,表达的基因数约占基因总数的5%~10%。也就是说,某些特定奢侈基因表达的结果生成一种类型的分化细胞,另一组奢侈基因表达的结果导致出现另一类型的分化细胞,这就是基因的差别表达。其本转载 2016-09-21 18:59:36 · 4754 阅读 · 0 评论 -
同源基因查询,EST表达序列标签
同源基因查询:通过已存入数据库中的基因序列与待查的基因组序列进行比较,从中查找可与之匹配的碱基序列及其比例,用于界定基因的方法称为同源查询。EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签:是从一个随机选择的cDNA克隆,进行5‘端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20到7000bp不等。平均长度为原创 2016-09-21 21:47:44 · 2560 阅读 · 0 评论 -
GATHER:基因注释工具
GATHER:从高通量的后基因组中发现基因分子的特性。通过分析Rb/E2F:(1)GATHER发现了通道的重要特性(2)GATHER识别出了一系列与其他无关基因表达签名中的普通生物学中发现了乳腺癌。 (3)GATHER成功预测了庞大的基因组中90%的功能 (预测)(4)GATHER可以作为一个从基因组链中产生的分子签名(分子特性)中提取的全值的一原创 2016-09-21 22:26:06 · 2041 阅读 · 0 评论 -
WGCNA算法研究笔记
WGCNA方法的实例分析 文章的作者将该算法用R实现,正好数模过后我也在进行matlab向R的转换,这套算法就成为了我自学R的良好素材(TIOBE今年三月公布的编程语言排行榜中,R列居第24位,超过了SAS和Matlab,看来自己的选择似乎不错)。 关于该实例的数据和分析说明可以在以下网页中找到http://www.genetics.ucla.edu/labs/horvath/转载 2016-11-02 13:03:46 · 7776 阅读 · 0 评论