linux并行集群的搭建

实验环境

OS：centos 5.10 x86_64（一台admin,两台计算节点）

主机名和和IP对应关系如下

admin: 192.168.78.11

node1:192.168.78.12

node2:192.168.78.13

软件版本：PBS

torque-3.0.6.tar.gz

maui-3.3.1.tar.gz

openmpi-1.8.1.tar.bz2

并行软件：

apoa1.tar.gz

NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore.tar.gz

 

一：环境配置

1.修改hosts文件,添加内容如下

192.168.78.11  admin

192.168.78.12  node1

192.168.78.13  node2

2.设置无密码访问

ssh-keygen一直按enter键即可，进入.ssh目录生成认证密码，并设置权限

[root@admin ~]#cd.ssh/

[[email protected]]#ls

id_rsa id_rsa.pub

[[email protected]]#cp id_rsa.pub authorized_keys

[[email protected]]#chmod 600 authorized_keys

[[email protected]]#ll

total 12

-rw------- 1rootroot  394 Aug 23 03:52 authorized_keys

-rw------- 1rootroot 1675 Aug 23 03:50 id_rsa

-rw-r--r-- 1rootroot  394 Aug 23 03:50 id_rsa.pub

3.然后复制.ssh目录到所有计算节点

 [root@admin~]# for i in 1 2 ; do scp -r /root/.ssh node$i:/root/ ; done

第一次要输入两台计算节点的root密码，以后都是无密码访问了

4.复制hosts文件到所有计算节点

[root@admin ~]#for i in 1 2 ; do scp /etc/hosts node$i:/etc/ ; done

5.配置nfs服务

把管理节点上的/export作为共享目录

[root@admin~]#mkdir -p /export/{apps,home,scripts,source}                  //其中apps为软件共享目录，home为共享家目录

[root@admin ~]#cat /etc/exports

/export  192.168.78.0/255.255.255.0(rw,sync)

6.启动nfs服务并检查启动是否成功

[root@admin~]#chkconfig portmap on ; /etc/init.d/portmap start

Startingportmap:                                         [ OK  ]

[root@admin~]#chkconfig nfs on ; /etc/init.d/nfs start

[root@admin~]#showmount -e localhost

Export listforlocalhost:

/export 192.168.78.0/255.255.255.0

[root@admin ~]#

7.配置autofs

[root@admin ~]#cat /etc/auto.master

/home/etc/auto.home  --timeout=1200

/share/ec/auto.share   --timeout=1200

[root@admin ~]#cat /etc/auto.share

*                                             admin:/export/&

[root@admin ~]#cat /etc/auto.home

*              -nfsvers=3            admin:/export/home/&

[root@admin ~]#

8.启动autofs服务

[root@admin~]#chkconfig autofs on ; /etc/init.d/autofs start

9.复制auto.master auto.share auto.home到所有计算节点

[root@admin ~]#for i in 1 2; do scp /etc/auto.master node$i:/etc/; done

[root@admin ~]#for i in 1 2; do scp /etc/auto.share node$i:/etc/; done

[root@admin ~]#for i in 1 2; do scp /etc/auto.home node$i:/etc/; done

10.启动autofs服务

[root@admin ~]#for i in 1 2; do ssh node$i /etc/init.d/autofs start; done

[root@admin ~]#for i in 1 2; do ssh node$i chkcon