woshi541979210-CSDN博客

原创 2018.05.15 Tensorflow$Python version issue

运行Keras代码时，出现： RuntimeWarning:compiletime version 3.5 of mudule 'tensorflow.python.framework.fast_tensor_util' does not match runtime version 3.6问题此时tensorflow版本为1.4.1 python3.6 经调试升级tensorflow到1...

2018-05-15 11:02:44 236

原创 FSL配置GPU环境运行bedpostx以及probtrackx

之间因为电脑没有显卡，所以为了加快程序速度，配置了condor作业处理系统，本来处理288方向的数据可能会花上7，8天，4核cpu并行了以后时间降为2天。condor的配置步骤另有介绍。这里介绍的是配置FSL的GPU环境，FSL wiki官网上也说了FSL bedpostx支持GPU并行计算，不过后来发现probtrackx也可以用GPU跑。这里主要是两个步骤bedpostx以及p

2017-07-06 21:58:44 5856 11

原创在ubantu搭建FSL环境并配置HTconcor所遇问题

ubantu版本16.04FSL5.0.8目的是使用FSL里的FDT工具做DTI数据的概率跟踪，主要使用bedpostx及probtrackx函数。根据FSL官网信息，bedpostx需要15个小时处理。而我已经跑了一天，才处理完144个slice里的40个，时间消耗太大。网上搜了一下，发现FSL提供了并行处理的方式，http://neuro.debian.net/bl

2017-06-21 16:12:37 1027 2

原创逻辑回归

sigmoid，或者说exponential family具有的最佳性质，即maximum entropy的性质。虽然不清楚历史上孰先孰后，但这并不妨碍maximum entropy给了logistic regression一个很好的数学解释。为什么maximum entropy好呢？entropy翻译过来就是熵，所以maximum entropy也就是最大熵。熵原本是informatio

2017-04-12 15:37:19 263

原创对线性回归中cost函数选取最小二乘原因理解

首先，我们来考虑数据拟合的实际状况：当我们寻找模型来拟合数据时，偏差是不可避免的存在的。对于线性回归，即假设定义的自变量与因变量之间存在线性关系。比如对于如下数据：我们假定存在一条直线能尽可能拟合所有数据，,其中表示噪声。也就是因为噪声，所以实际的数据分布会与预期不一致，即散落在直线附近。在线性回归中，我们假设噪声的分布满足正态分布（即高斯分布）。现在，我们已经知道噪声

2017-04-11 15:32:31 941

原创 prefreesurferpipeline学习

# 1. To average any image repeats(i.e. multiple T1w or T2w images available)# 2. To create a native, undistorted structural volume space for the subject * Subject images in this native space

2017-03-13 22:14:53 873

原创第四周学习

1.shell中local函数表示此变量仅作用于本函数范围内。2.shell变量$#,$@,$0,$1,$2的含义解释: $$ ：Shell本身的PID（ProcessID） $! ：Shell最后运行的后台Process的PID $? ：最后运行的命令的结束代码（返回值） $- ：使用Set命令设定的Flag一览 $* ：所有参数列表。如"$*

2017-03-13 14:50:25 295

原创 HCP Pipeline3.21.0在ubantu16.04下的搭建流程

前段时间课题需要用到HCP项目中的pipeline工具，pipeline下载，版本为3.21.0，网站有相关的搭建过程，https://github.com/Washington-University/Pipelines/wiki/v3.4.0-Release-Notes%2C-Installation%2C-and-Usage。但是在实际操作中发现，此手册 pipeline版本为3.4.0，而现在已经有很多高版本的pipeline，并且其中很多程序的安装根据系统，版本的不同有很多不一样的地方，自己也花了很

2017-02-17 11:58:18 2505

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