无根树转化为有根树

  1. #include <iostream>  
  2. #include <vector>  
  3. using namespace std;  
  4.   
  5. const int MAXN = 1000;  
  6. int n, p[MAXN];  
  7. vector<int> G[MAXN];  
  8.   
  9. void dfs(int u, int fa) {   //递归转化为以u为根的子树,u的父亲为fa  
  10.     int d = G[u].size();        //节点u的相邻点的个数  
  11.     for(int i = 0; i < d; ++i) {    //循环遍历跟这个节点相连接的d个节点。  
  12.         int v = G[u][i];       //节点u的第i个相邻点v  
  13.         if(fa != v) dfs(v, p[v] = u);  //把v的父亲节点设为u,然后递归转化为以v为根的子树  
  14.         //一定要判断v是否和其父亲节点相等!  
  15.     }  
  16. }  
  17.   
  18. int main() {  
  19.     cin >> n;  
  20.     for(int i = 0; i < n-1; i++) {   //输入n-1条边  
  21.         int u, v;  
  22.         cin >> u >> v;  
  23.         G[u].push_back(v);  
  24.         G[v].push_back(u);  
  25.     }  
  26.     int root;     
  27.     cin >> root;    //指定根节点。  
  28.     p[root] = -1;   //设定根节点的父亲节点为-1,代表根节点没有父亲节点。  
  29.     dfs(root, -1);  
  30.     for(int i = 0; i < n; ++i) {  
  31.         cout << p[i] << endl;  
  32.     }  
  33.     return 0;  
  34. }  

 

 

 

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要将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支作为外群定根,可以使用以下代码: ```R library(ape) # 定义一个函数来将基因树转化为有根树 root_gene_tree <- function(gene_tree, outgroup_branch) { # 将进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root(gene_tree, outgroup = outgroup_branch) return(rooted_gene_tree) } # 定义一个函数来批量转化基因树为有根树 batch_root_gene_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) { # 读取物种树 species_tree <- read.tree(species_tree_file) # 创建输出文件夹(如果不存在) dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE) # 获取基因树文件列表 gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE) for (i in seq_along(gene_tree_files)) { gene_tree_file <- gene_tree_files[i] gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) # 将基因树转化为有根树,并以进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root_gene_tree(gene_tree, "DCYL") # 构建新的文件路径 output_file <- file.path(output_folder, paste0("rooted_", basename(gene_tree_file))) # 将有根树写入新的文件 write.tree(rooted_gene_tree, file = output_file) } } # 设置基因树文件夹路径、物种树文件路径和输出文件夹路径 gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees" # 替换为您的基因树文件夹路径 species_tree_file <- "/path/to/species_tree.treefile" # 替换为您的物种树文件路径 output_folder <- "/path/to/output_folder" # 替换为您希望输出的新文件夹路径 # 执行批量转化为有根树并保存到新目录下 batch_root_gene_trees(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) ``` 在以上代码中,`root_gene_tree`函数使用`root`函数将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支`DCYL`作为外群进行定根。`batch_root_gene_trees`函数遍历基因树文件夹中的每个基因树文件,读取基因树并调用`root_gene_tree`函数进行转换。然后,将有根树保存到一个新的文件中,该文件名以"rooted_"前缀加上原始基因树文件名。 请将`gene_tree_folder`、`species_tree_file`和`output_folder`替换为您实际的文件夹路径。注意,输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹,代码中会尝试创建它。
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