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原创 Kraken2生成的报告文件的下游分析处理方式
1. Krona:Krona是一个基于JavaScript的工具,可以将Kraken2报告文件转换为交互式的可视化图表,展示分类数据和占比,可以更直观地分析样本中各个分类的相对丰度和分布情况。2. Bracken:Bracken是基于Kraken2结果的转录本相对丰度估算工具,它可以根据Kraken2的报告文件分析在人类或其他物种中类似的转录本,从而用相对丰度的方式显示转录本数量。以上是一些常用的Kraken2报告文件分析工具,可以根据具体应用场景选择适合的工具进行分析。
2023-09-16 16:55:24
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原创 K-均值聚类算法的基本流程
K-均值聚类算法的缺点包括:对于初值敏感,不同的初始簇中心可能会得到不同的聚类结果;需要指定聚类数目K;K-均值聚类算法(K-Means clustering algorithm)是一种常见的无监督学习方法。它的主要思想是将样本分成K个簇,使得同一簇内部的样本相似度尽可能高,不同簇之间的样本相似度尽可能低。K-均值聚类算法的优点包括:简单易实现、计算量较小、速度较快、适用于大规模数据集。2. 计算每个样本到K个簇中心的距离,将样本划分到距离最近的簇中心中;1. 随机选取K个样本作为初始的簇中心;
2023-09-16 16:47:06
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空空如也
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