![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756927.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
生物信息学
文章平均质量分 58
Bioinfoer
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
Drug2cell
如果使用ChEMBL药物靶点并旨在绘制完整的ATC组,drug2cell中有一个辅助功能,可以为扫描图绘制准备一些额外的论据。这样做的语法是将d2c.util.prepare_plot_args()的输出捕获到一个变量中,然后将该变量传递到一个开头带有**的绘图函数中,如下所示。让我们使用UMAP来可视化药物。最近使用Drug2cell,目标是找到靶向感兴趣细胞的药物,正好Drug2cell可以完成这件事,使用一下试试。我们可以使用这个新对象进行差异表达分析,得到在特定簇中上调的基因组。原创 2023-10-20 15:59:23 · 224 阅读 · 1 评论 -
使用ggpubr给单细胞数据添加P value和显著性水平
单细胞Seurat自带函数AddModuleScore可以计算单细胞基因集得分,代码如下。那么我们如何比较不同细胞亚型的得分差异性呢?这样我们就得到了3个亚簇的差异性P值。原创 2023-10-19 15:20:53 · 1166 阅读 · 1 评论 -
读取表达矩阵创建SeuratObject
非原始count 计数矩阵,读取表达矩阵创建Seurat Object原创 2022-11-03 11:11:57 · 1525 阅读 · 0 评论 -
提取Seurat格式单细胞metadata和counts 新建seurat object
提取Seurat格式单细胞metadata和counts 新建seurat object。原创 2022-09-16 15:26:37 · 4982 阅读 · 0 评论 -
向Seurat对象添加降维对象
一个Seurat对象文件,但是不知道具体的降维参数是什么,做不出好看的UMAP图。手动添加umap坐标信息。Seurat添加降维信息的命令是CreateDimReducObject。也可以自己定义名字"XXX"原创 2022-08-31 17:17:53 · 2225 阅读 · 3 评论