Bet9链接：计算Python上的量子化学计算—Psi4

xxanhxitinxx2022

于 2024-08-08 22:24:15 发布

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文章标签： python 开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/xxanhxitinxx2022/article/details/141037665

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由 Bet9链接 ѵ搜уυʀ667原创编译，用于量子化学计算的软体有多种类型，有付费的也有免费的。 Psi4 是用于量子化学计算的Psi 软体包的最新版本。它是在GitHub 上作为免费的开源软体开发的。

Psi4 的功能包括使用Hartree-Fock 法等分子轨道法和密度泛函理论等方法进行的一系列计算:

能量计算
结构最佳化计算
振动频率计算

在建立输入档案时可以为高级使用者进行详细设置，但Psi4 设计为适合初学者，允许使用最少的输入资讯执行计算，因为它会自动识别并对许多选项进行类比。 Psi4 的主要计算部分是用C++ 编码的，可以透过API 从python 中使用。

安装Psi4

我们可以按照psi4 官网的说明可以轻松安装在Windows WSL、Linux 和Mac OS 环境中。

这里分享一下自己的安装方法：

建立一个python 的虚拟环境：conda create -n my-psi4-env
开启虚拟环境：conda activate my-psi4-env
安装psi4：conda install psi4 -c conda-forge
安装RDKit：pip install rdkit

接着在Jupyter notebook 测试一下是否安装成功。

Psi4 计算方法

设定分子结构时，通常使用XYZ 座标提供每个原子的位置资讯。将当时指定的分子结构储存在变数中，并指定稍后要执行计算的结构。
水分子(H2O) 的XYZ 座标范例如下所示：

氧 0 0 -0.11
氢 0 -1.4 1.2
氢 0 1.2 1.2

将XYZ 座标写成字串形式，换行用\n来代表：

'O 0 0 -0.11\nH 0 -1.4 1.2\nH 0 1.2 1.2'

接下来，我们可以使用psi4.set_XXX 设定计算环境。用于计算的CPU 线程数和记忆体设定是与计算速度直接相关的因素。我们使用2 个线程和4GB 记忆体来计算水分子，程式码如下：

xyz_string = 'O 0 0 -0.11\nH 0 -1.4 1.2\nH 0 1.2 1.2'
 psi4.set_num_threads( 2 ) 
psi4.set_memory( '4 GB' ) 
H2O = psi4.geometry(xyz_string)

Python 驱动程序将线程设置为 2。

Python 驱动程序将内存设置为 3.725 GiB。

下一步，我们来进行一下能量计算，我们可以指定使用的泛函数和基函数。例如我们使用泛函数是B3LYP 、基函数6–31G(d) ，下面的程式码是使用B3LYP/6–31G(d)进行结构最佳化然后再计算能量：

psi4.优化（“B3LYP/6-31G（d）”，分子=H2O）
能量=psi4.能量（“B3LYP/6-31G（d）”，分子=H2O）
打印（“能量= {:.4f}”。格式（能量））

能量 = -76.4090

我们也可以来比较不同的泛函数( HF 、 wb97x ) 和基函数组合( STO-3G 、 3–21G )：

高频/STO-3G
高频/3–21G
WB97X/STO-3G
wb97x/3–21G

导入itertools

理论 = [ 'HF' , 'wb97x' ]
基础集 = [ 'STO-3G' , '3-21G' ]

能量结果 = {}
对于itertools.product(理论, 基础集)中的th, ba : 
    H2O = psi4.geometry(xyz_string)
    水平 = th + '/' + ba 
    psi4.optimize(水平, 分子=H2O) 
    e = psi4.energy(水平, 分子=H2O)
    能量结果[水平] = e

接下来利用上面提到的方法用B3LYP/6–31G(d)进行结构最佳化然后再计算能量：

psi4.set_memory( '4 GB' ) 
psi4.set_num_threads( 2 ) 
benz = psi4.geometry(string) 
psi4.optimize( "B3LYP/6-31G(d)" , molecule=benz) 
energy = psi4.energy( "B3LYP/6-31G(d)" , molecule=benz)
打印(能量)