- 博客(6)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 病人层次的”CMAP”——首个病人来源的癌症药物扰动基因表达信号数据库CDS-DB，助力癌症药物重定向、联合用药发现
在“Analyze”界面，以急性淋巴细胞白血病（ALL）疾病信号作为输入（获得过程详见CDS-DB文章附录），搜索逆转它的CDS-DB信号后，发现排名靠前的CDS-DB药物扰动信号中显著富集的MOA是糖皮质激素受体激动剂，（NES =−1.74，P-value = 1.85E−03），显著富集的靶标是NR3C1（即糖皮质激素受体）（NES=−1.73，P-value= 1.61E−03）。此外，当用户输入源自患者的信号时，基于同样来自患者样本的CDS-DB药物扰动信号的分析可能会展现更卓越的性能。
2024-04-10 17:21:10
912
原创 首个病人来源的癌症药物扰动基因表达信号数据库CDS-DB,助力揭示癌症药物在患者体内的MOA
这些数据以及丰富的数据分析功能有助于揭示癌症患者药物治疗的作用机制，及其在患者中的同质性/异质性、药物（联合）发现等。除了CDS_dataset_Microarray_81外，CDS-DB还包含伊马替尼诱导的其他4个数据集水平的药物扰动信号，包括CML的CDS_dataset_Microarray_91和CDS_dataset_Microarray_92，胃肠道间质瘤的CDS_dataset_Microarray_71和结直肠癌的CDS_dataset_RNAseq_41。
2024-04-10 17:10:11
573
1
原创 病人级别的CMAP，想用你就来！
此外，还可以从CTR-DB（该团队前两年研发的一个具有临床用药响应信息的病人来源的癌症临床转录组数据资源，http://ctrdb.ncpsb.org.cn/）中选择癌症药物抵抗信号作为输入，如下图所示，以“CTR_RNAseq_342”为例，“Add signature”后进行“Search”，可以发现脑胶质瘤治疗的MOA和靶标，同时对于药物重定向也具有启发意义。所有信号数据都支持下载。更重要的是，这些信号的整合和重利用还能提供新的见解，例如通过与疾病信号的连通性分析进行药物重定向。
2023-12-20 01:55:53
1218
原创 癌症用药响应预测标志物发现和验证的好帮手——癌症药物抵抗数据库CTR-DB，后悔没有早点开！详解！收藏！
用实例教你怎么使用癌症用药响应数据库CTR-DB
2023-12-19 20:45:57
1162
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人