OPEN MPI

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yinchao27

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open mpi安装 .
2011-04-29 09:48 1212人阅读评论(0) 收藏举报
傻瓜式安装openmpi：

安装
1) 下载openmpi
2) tar -xzvf openmpi-1.4.3.tar.gz
3) cd openmpi-1.4.3
4) ./configure --prefix=/usr/local/openmpi | tee ../install.log
5) make all | tee ../make.log
6) make install | tee ../install2.log

配置环境
7) vi /etc/ld.so.conf 最后增加一行
/usr/local/openmpi/lib
保存退出
8） /sbin/ldconfig 回车等待。
9） vi /etc/profile，最后增加一行：
PATH=${PATH}:/usr/local/openmpi/bin
保存退出

10）执行
. /etc/profile

测试
10）cd examples
11) make

12) mpirun -np 4 ./hello_f90 可以得到类似ppt中的输出

mpi多机时，需要有machines文件。文件内容如下：

tp1 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp2 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp3 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi

分别表示机器名/ip，进程个数，进程名（进程名可以没有）；当使用机器名时，则需要架设DNS服务器。

mpirun -machinefile ./machine.linux -np 4 ./hello_f90

安装 mpiBlast.1.6.0

mkdir -p /usr/local/bio/mpiblast-1.6.0

tar -xzvf mpiBLAST-1.6.0.tgz

cd mpiblast-1.6.0

./ncbi/make/makedis.csh #1.6.0自带ncbi

./configure --prefix=/usr/local/bio/mpiblast-1.6.0/ --with-mpi=/usr/local/openmpi

make

make install

然后配置。。。？？？http://wenku.baidu.com/view/f993570f76c66137ee061965.html

http://www.linuxdiyf.com/bbs/thread-68473-1-1.html

openmpi的安装步骤参考www.openmpi.org的faq就能搞定了。稍记一下供以后参考：

1）从www.openmpi.org下载压缩包openmpi-1.2.4-tar.bz2，放到/tmp下，解压缩tar jxf

2) cd openmpi-1.2.4, ./configure --prefix=/usr/local/openmpi, make all install

3) cd; vi .bashrc, 增加到最后一行 export LD_LIBRARY_TYPE=/usr/local/openmpi/lib，vi .profile，

PATH=/usr/local/openmpi/bin:"${PATH}"

到这里，开一个终端，cd /tmp/openmpi-1.2.4/examples; make。

下面为了用几个节点或者在一个节点上算题，再对ssh作一下工作。

1) sudo apt-get install openssh

2) cd; ssh-keygen -t rsa，也可以是 ssh-keygen -t dsa 碰见提示就回车和yes.

3) cp ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/authorized_keys，完成无密码登录授权

最后，测试一下mpirun -np 2 /tmp/openmpi-1.2.4/examples/hello_f90, 没有出问题应该结果是：

Hello, world, I am 1 of 2 Hello, world, I am 0 of 2

如果有问题，如./hello_f90: error while loading shared libraries: libmpi_f90.so.0: cannot open shared object file: No such file or

directory 则要检查一下是否$LD_LIBRARY_PATH是空的，执行export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib以后就行了。或者不嫌麻烦的话，

mpirun --prefix /usr/local/openmpi -np 2 /tmp/openmpi-1.2.4/examples/hello_f90也能执行。

http://blogold.chinaunix.net/u2/85704/showart_1964625.html

<1>Open-mpi的安装：

即 tar -xvzf openmpi-xxxx.gz

cd openmpi-xxxx

./configure --prefix=/usr/local/openmpi | tee cfg.log &

make all | tee make.log &

make install | tee makeinstall.log &

末尾出现些subscripts too complex的警告，但似乎正常结素了。

结果出现 Unfortunately, this installation of Open MPI was not compiled with Fortran 90 support. As such, the mpif90 compiler is

non-functional.

结果错误在于没有指定F77=IFORT FC=IFORT ，改正后重新编译成功

可以到EXAMPLES里面测试，MAKE-----MPIRUN -N 4 hello_f90

Hello, world, I am            0 of            4
Hello, world, I am            2 of            4
Hello, world, I am            3 of            4
Hello, world, I am            1 of            4
表明编译正确

-----------------------------------(以下与nwchem的编译无关，与编译好调用mpi有关）

然后把openmpi及其它的bin路径添到.bashrc里。

注意使用它还用设置共享库的位置，用.bashrc里添加：

export LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH

或者每次运行mpirun时用 --prefix=/usr/local/openmpi 听说也可以

---------------------------------------------

初步适用了下，openmpi 和 mpich2的区别：

（1）openmpi继承了初代mpi没有系统守护模块（如mpd）的特点，由作业自己随时调用mpirun；感觉上比较方便。

（2）hostfile的写法略有不同，比如mpich里习惯都是 <hostname>:<n>

而openmpi的对多路或多核心cpu的写法是<hostname> slots=<n>

(3)其它，似乎不怎么明白openmpi用-mca btl（注意是字母L的小写，不是数字1），最郁闷的是没有user manual，只是在tar包里原来的INSTALL里

说明（或许是README，记不清了），btl其实适用面更广，可以在同node里用sharememory，可以在不同nodes间用sockets，但不知为什么默认的通讯

模块不是它，好象是什么什么cm的选项，要试试加btl可否加速mpirun作业。

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