Matlab下DICOM文件根据窗位、窗宽的显示和BMP格式的保存

一、DICOM简介

DICOM即数字影像和通信标准。在医学影像信息学的发展和PACS的研究过程中，由于医疗设备生产厂商的不同，造成与各种设备有关的医学图像存储格式、传输方式千差万别，使得医学影像及其相关信息在不同系统、不同应用之间的交换受到严重阻碍。为此，美国放射学会（ACR）和全美电子厂商联合会（NEMA）认识到急需建立一种标准，以规范医学影像及其相关信息的交换， DICOM（Digitalimaging and Communications in Medicine）标准就是在这样的背景下产生的。（source from 百度百科）

二、matlab下的DICOM图片解析

    infilename=‘test.dcm’；

      I=dicomread(infilename);   %读取图像

     metadata=dicominfo(infilename); %存储信息

 以上两行 使用 dicomread 来读取图像，I是一个矩阵（M*N，M、N分别为图片的行、宽）；dicominfo获取图片的信息，metadata是一个结构体，在matlab下可以看到其内容如下：

metadata = 

 Filename: 'test.dcm'
 FileModDate: '01-四月-2013 16:34:42'
 FileSize: 519106
 Format: 'DICOM'
 FormatVersion: 3
 Width: 484
 Height: 484
 BitDepth: 12
 ColorType: 'grayscale'
 FileMetaInformationGroupLength: 192
 FileMetaInformationVersion: [2x1 uint8]
 MediaStorageSOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2'
 MediaStorageSOPInstanceUID: '1.3.12.2.1107.5.1.4.50364.30000012110123554800000000583'
 TransferSyntaxUID: '1.2.840.10008.1.2.1'
 ImplementationClassUID: '1.3.12.2.1107.5.1.4'
 ImplementationVersionName: 'SIEMENS_S5VB28A'
 SpecificCharacterSet: 'ISO 2022 IR 13\ISO 2022 IR 87'
 ImageType: 'DERIVED\SECONDARY\LOCALIZER\CSA MPR\\CSAPARALLEL\AXIAL\CT_SOM5 SPI'
 SOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2'
 SOPInstanceUID: '1.3.12.2.1107.5.1.4.50364.30000012110123554800000000583'
 StudyDate: '20121102'
 SeriesDate: '20121102'
 AcquisitionDate: '20121102'
 ContentDate: '20121102'
 StudyTime: '150331.921000'
 SeriesTime: '173716.625000'
 AcquisitionTime: '150455.664701'
 ContentTime: '173716.625000'
 AccessionNumber: 'CT201211010515'
 Modality: 'CT'
 Manufacturer: 'SIEMENS'
 InstitutionName: 'Union Hospital Wu Han'
 InstitutionAddress: ' Jie Fang Street
/9D40A8/
Han Kou
P.R. CHN'
 ReferringPhysicianName: [1x1 struct]
 StationName: 'CT10460'
 StudyDescription: 'Thorax^AA_LUNG1 (Adult)'
 SeriesDescription: '<MPR Range>'
 OperatorName: [1x1 struct]
 ManufacturerModelName: 'Sensation 16'
 ReferencedImageSequence: [1x1 struct]
 DerivationDescription: 'MEDCOM RESAMPLED'
 PatientName: [1x1 struct]
 PatientID: 'P0735733'
 PatientBirthDate: '19571101'
 PatientSex: 'M'
 OtherPatientName: [1x1 struct]
 PatientAge: '055Y'
 BodyPartExamined: 'CHEST'
 SliceThickness: 2
 KVP: 100
 DeviceSerialNumber: '50364'
 SoftwareVersion: 'syngo CT 2006G'
 ProtocolName: 'AA_LUNG1'
 DistanceSourceToDetector: 1040
 DistanceSourceToPatient: 570
 GantryDetectorTilt: 0
 TableHeight: 159
 RotationDirection: 'CW'
 FilterType: '0'
 GeneratorPower: 14
 FocalSpot: 0.7000
 DateOfLastCalibration: '20121102'
 TimeOfLastCalibration: '073827.000000'
 ConvolutionKernel: 'B60s'
 PatientPosition: 'HFS'
 StudyInstanceUID: '1.2.840.113564.152426559686.14968.634873602640312500.477'
 SeriesInstanceUID: '1.3.12.2.1107.5.1.4.50364.30000012110123554800000000672'
 StudyID: 'CT20121102150123'
 SeriesNumber: 602
 AcquisitionNumber: 2
 InstanceNumber: 31
 ImagePositionPatient: [3x1 double]
 ImageOrientationPatient: [6x1 double]
 FrameOfReferenceUID: '1.3.12.2.1107.5.1.4.50364.30000012110123350978100003385'
 PositionReferenceIndicator: ''
 ImageComments: ''
 SamplesPerPixel: 1
 PhotometricInterpretation: 'MONOCHROME2'
 Rows: 484
 Columns: 484
 PixelSpacing: [2x1 double]
 BitsAllocated: 16
 BitsStored: 12
 HighBit: 11
 PixelRepresentation: 0
 WindowCenter: [2x1 double]
 WindowWidth: [2x1 double]
 RescaleIntercept: -1024
 RescaleSlope: 1
 WindowCenterWidthExplanation: 'WINDOW1\WINDOW2'
 Private_0029_10xx_Creator: 'SIEMENS MEDCOM HEADER'
 Private_0029_11xx_Creator: 'SIEMENS MEDCOM HEADER2'
 Private_0029_12xx_Creator: 'SIEMENS MEDCOM OOG'
 Private_0029_1031: '202.0.35898523'
 Private_0029_1032: 468512
 Private_0029_1033: 0
 Private_0029_1034: 'DB TO DICOM'
 Private_0029_1160: 'com'
 Private_0029_1208: 'MEDCOM OOG 2'
 Private_0029_1209: 'VD30C'
 Private_0029_1210: [13808x1 uint8]
 RequestAttributesSequence: [1x1 struct]
 StorageMediaFileSetUID: '1.3.12.2.1107.5.1.4.50364.30050112110209591376300000001'
 IconImageSequence: [1x1 struct]
 OverlayRows_0: 484
 OverlayColumns_0: 484
 NumberOfFramesInOverlay_0: 1
 OverlayDescription_0: 'Siemens MedCom Object Graphics'
 OverlayType_0: 'G'
 OverlayOrigin_0: [2x1 int16]
 ImageFrameOrigin_0: 1
 OverlayBitsAllocated_0: 1
 OverlayBitPosition_0: 0
 OverlayData_0: [484x484 logical]

在这里面，比较重要的是WindowCenter，WindowWidth，RescaleIntercept，RescaleSlope。WindowCenter是指窗位，WindowWidth是指窗宽，RescaleIntercept，RescaleSlope是关于像素变换的参数，我也不太理解。

1) 方法一

在网络上，找到了一种方法：

X = dicomread('test.dcm'); %读取文件

X = double(X) / double(max(X(:))); %归一化

imwrite(X, '1.BMP'); %存储为bmp

这种方法经过测试也可以执行，结果如下

可以看出，效果不是太理想，而且该方法完全没有查看原来的DICOM文件是否有多个窗位、窗宽的问题，是的DICOM的信息没有得到充分的利用。

1) 方法二

使用metadata的WindowCenter，WindowWidth，RescaleIntercept，RescaleSlope来处理数据。详细函数如下：

function status = dicom2bmp(infilename)

I=dicomread(infilename);   %读取图像

metadata=dicominfo(infilename); %存储信息

lop=length(metadata.WindowCenter);%查看窗位数量

if(lop~=length(metadata.WindowWidth))%与窗位数量是否一致

    error('this is an error');

end

for i=1:lop

    center=metadata.WindowCenter(i)/metadata.RescaleSlope - metadata.RescaleIntercept;%处理窗位数值，这个地方的处理很关键

    width=metadata.WindowWidth(i)/metadata.RescaleSlope - metadata.RescaleIntercept;%处理窗宽数值，这个地方的处理很关键

    M=mat2gray(I,[center-(width/2),center+(width/2)]);%归一化

    a=strcat(infilename,num2str(i));

    a=strcat(a,'.bmp');%输出文件名的操作

     imwrite(M,a,'bmp');%输出为文件

     subplot(1,lop,i),imshow(a),title(a);%显示

End

其结果下：

可见如此的分离，可以使得器官的识别更简单。

注意：

  1、dicomread函数读取DICOM函数后返回的矩阵I，是一个非负的矩阵，这和DICOM图像实际数据有所不同（DICOM的数据是在大约-1000~+1000的数值），所以要使用RescaleIntercept，RescaleSlope来将这个偏移量在center和width中抵消

 2、上述的程序中

    center=metadata.WindowCenter(i)/metadata.RescaleSlope - metadata.RescaleIntercept;

    width=metadata.WindowWidth(i)/metadata.RescaleSlope - metadata.RescaleIntercept;

是使用RescaleIntercept，RescaleSlope来将这个偏移量在center和width中抵消，但是由于我的DICOM中RescaleSlope为1，所以上述式子在我的实验环境下是可以得到预期的图片，但是对于RescaleSlope为其它的值，上式正确与否暂时不知。

  根据文献[1]的内容，实际的窗宽、窗位计算式为：

    center=metadata.WindowCenter(i)*metadata.RescaleSlope +metadata.RescaleIntercept;

    width=metadata.WindowWidth(i)*metadata.RescaleSlope + metadata.RescaleIntercept;

参考文献：

[1]吕晓琪, 范运洲. 基于 DICOM 标准的医学图像的显示方法研究[J]. 内蒙古科技大学学报, 2009, 28(004): 326-329.