VASP 系列001. 高通量计算 Python 库 pymatgen 安装和一些使用（用 pymatgen 画 HSE 能带的细节和输出图片字体的简单调整）

最新推荐文章于 2024-05-01 02:02:40 发布
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分类专栏： Python 文章标签： python
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/yong1585855343/article/details/108785336
版权

一、安装

0. 作者
  • Author: Zhi-Yong Chen
  • Source: Experience of failure
  • date: 09.25.2020
  • 注意： 截至今天，可以安装日期前的最新版
1. 系统

windows 7

2. 环境
  1. anaconda 3.7

安装最新版即可，网址： https://www.anaconda.com

  • 注意： 需要设置添加到系统路径
  1. C++14 或以上

安装 Visual Studio 2015 或以上
Windows 10 系统建议直接安装官网最新的 Visual Studio 2019+，网址：

https://visualstudio.microsoft.com/zh-hans/downloads/

可能是 Windows 7 的原因，我的电脑无法安装 Visual Studio 2019+ 版本。
Visual Studio 2015 安装：

百度网盘-链接：https://pan.baidu.com/s/14Hk72X2vNObBFspc23Tnqg 
提取码：fzpu

备注：文件为压缩包，没有设密码
  • 注意：安装好 Visual Studio 后，要测试一个简单的 C++ 程序，确保C++14 已被安装
3. 安装 pymatgen
  1. 打开 Python 命令行
  2. 安装依赖库 ase：
pip install ase
  1. 安装 pymatgen
pip install pymatgen
  1. 进入 ipython 测试 pymatgen
In [1]: import pymatgen

二、使用

  1. 准备输入文件 (vasp 结果文件，注意：最好 INCAR 设置 LORBIT=11， 全部文件放置在同一个文件夹，我记为 HSE_example) 。下面是计算 HSE 能带的一个例子：

KPOINTS
POTCAR
vasprun.xml

  • 如图：
    在这里插入图片描述
  • 其中 KPOINTS 需要修改
# KPOINTS Parameters to Generate KPOINTS (Don't Edit This Line):   0.040  0.040    8   59   3  22  12  25
    67
Reciprocal lattice
    0.00000000000000    0.00000000000000    0.00000000000000     1
    0.14285714285714    0.00000000000000    0.00000000000000     6
    0.28571428571429    0.00000000000000    0.00000000000000     6
    0.42857142857143    0.00000000000000    0.00000000000000     6
    0.14285714285714    0.14285714285714    0.00000000000000     6
    0.28571428571429    0.14285714285714    0.00000000000000    12
    0.42857142857143    0.14285714285714    0.00000000000000     6
    0.28571428571429    0.28571428571429    0.00000000000000     6
    0.00000000000000    0.00000000000000    0.00000000000000     0      G
    0.02380952380952    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.04761904761905    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.07142857142857    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.09523809523810    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.11904761904762    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.14285714285714    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.16666666666667    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.19047619047619    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.21428571428571    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.23809523809524    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.26190476190476    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.28571428571429    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.30952380952381    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.33333333333333    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.35714285714286    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.38095238095238    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.40476190476190    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.42857142857143    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.45238095238095    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.47619047619048    0.00000000000000    0.00000000000000     0
    0.50000000000000    0.00000000000000    0.00000000000000     0      M
    0.50000000000000    0.00000000000000    0.00000000000000     0      M
    0.48484848484545    0.03030303030000    0.00000000000000     0
    0.46969696969091    0.06060606060000    0.00000000000000     0
    0.45454545453636    0.09090909090000    0.00000000000000     0
    0.43939393938182    0.12121212120000    0.00000000000000     0
    0.42424242422727    0.15151515150000    0.00000000000000     0
    0.40909090907273    0.18181818180000    0.00000000000000     0
    0.39393939391818    0.21212121210000    0.00000000000000     0
    0.37878787876364    0.24242424240000    0.00000000000000     0
    0.36363636360909    0.27272727270000    0.00000000000000     0
    0.34848484845455    0.30303030300000    0.00000000000000     0
    0.33333333330000    0.33333333330000    0.00000000000000     0      K
    0.33333333330000    0.33333333330000    0.00000000000000     0      K
    0.31944444441250    0.31944444441250    0.00000000000000     0
    0.30555555552500    0.30555555552500    0.00000000000000     0
    0.29166666663750    0.29166666663750    0.00000000000000     0
    0.27777777775000    0.27777777775000    0.00000000000000     0
    0.26388888886250    0.26388888886250    0.00000000000000     0
    0.24999999997500    0.24999999997500    0.00000000000000     0
    0.23611111108750    0.23611111108750    0.00000000000000     0
    0.22222222220000    0.22222222220000    0.00000000000000     0
    0.20833333331250    0.20833333331250    0.00000000000000     0
    0.19444444442500    0.19444444442500    0.00000000000000     0
    0.18055555553750    0.18055555553750    0.00000000000000     0
    0.16666666665000    0.16666666665000    0.00000000000000     0
    0.15277777776250    0.15277777776250    0.00000000000000     0
    0.13888888887500    0.13888888887500    0.00000000000000     0
    0.12499999998750    0.12499999998750    0.00000000000000     0
    0.11111111110000    0.11111111110000    0.00000000000000     0
    0.09722222221250    0.09722222221250    0.00000000000000     0
    0.08333333332500    0.08333333332500    0.00000000000000     0
    0.06944444443750    0.06944444443750    0.00000000000000     0
    0.05555555555000    0.05555555555000    0.00000000000000     0
    0.04166666666250    0.04166666666250    0.00000000000000     0
    0.02777777777500    0.02777777777500    0.00000000000000     0
    0.01388888888750    0.01388888888750    0.00000000000000     0
    0.00000000000000    0.00000000000000    0.00000000000000     0      G
  • 注意：
  • HSE 计算能带的 KPOINTS 前面权重（第 4 列 不为 0 的不管，从 第一个为 0 的点 开始看，设置高对称点名称（第五列 只要手动补充一组字母路径 （G-M-K-G）））
  • 如果 KPOINTS 不添加高对称点，画出的图横坐标不会显示高对称点。
  • 其它的文件内容 (POTCAR, vasprun.xml) 太长，就不列举。
  1. 在文件夹右键打开命令行终端，并输入命令进入 ipython 终端：
$ ipython
Python 3.7.3 (default, Apr 24 2019, 15:29:51) [MSC v.1915 64 bit (AMD64)]
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 7.6.1 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.
In [1]:
  1. 输入 “! dir” 查看文件，能看到 “KPOINTS”, “POTCAR”, “vasprun.xml” 即可，我的是 git bash 终端，输入 “! ls -l”
In [1]: ! ls -l
total 2064
-rw-r--r-- 1 lenovo 197121    4653 六月   27 14:21 KPOINTS
-rw-r--r-- 1 lenovo 197121  437216 六月   27 14:18 POTCAR
-rw-r--r-- 1 lenovo 197121 1664929 六月   27 14:18 vasprun.xml
  1. 在 python 终端操作 （导入库）：
In [2]: from pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun

In [3]: from pymatgen.electronic_structure.plotter import BSDOSPlotter, DosPlotter
  1. 输入（初始化变量）：
In [4]: bs_vasprun = Vasprun("vasprun.xml", parse_projected_eigen=True)
C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\pymatgen\io\vasp\inputs.py:1857: BadPotcarWarning: POTCAR with symbol Se has metadata that does not match                          any VASP POTCAR known to pymatgen. The data in this
                        POTCAR is known to match the following functionals:                          ['PBE_54', 'PBE_52', 'unvie_PBE_52']
  BadPotcarWarning)
C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\pymatgen\io\vasp\inputs.py:1857: BadPotcarWarning: POTCAR with symbol In has metadata that does not match                          any VASP POTCAR known to pymatgen. The data in this
                        POTCAR is known to match the following functionals:                          ['PBE_54', 'PBE_52', 'unvie_PBE_52']
  BadPotcarWarning)
  
# 注意： force_hybrid_mode=True 是打开杂化泛函计算能带的开关，是 pymatgen 2020.05 版本后提供的新功能
In [5]: bs_data = bs_vasprun.get_band_structure(line_mode=True, force_hybrid_mode=True)
In [6]: dos_data = bs_vasprun.complete_dos
  1. 例子 1 (只画能带)：
In [7]: bands_plot = BSDOSPlotter()
In [8]: plt = bands_plot.get_plot(bs=bs_data)

在这里插入图片描述

# 如果需要保存图片
# 支持格式 png, tif, jpg....，只要改后缀名即可
In [9]: plt.savefig("InSe_HSE_bands.tif")
In [10]: plt.savefig("InSe_HSE_bands.png")
  1. 例子 2 （只画态密度）：
In [11]: dos_plot = DosPlotter()
In [12]: dos_plot.add_dos("Total DOS", dos_data)
In [13]: plt = dos_plot.get_plot([-4, 4], [0, 12])

在这里插入图片描述

# 保存图片
In [14]: plt.savefig("InSe_HSE_dos.png")

8.例子 3 （能带和态密度放一张图）

In [15]: bs_dos_plot = BSDOSPlotter(bs_projection='elements', dos_projection='elements')
In [16]: plt = bs_dos_plot.get_plot(bs=bs_data, dos=dos_data)

在这里插入图片描述

# 保存图片
In [17]: plt.savefig("InSe_HSE_band_dos.png")

三、整理脚本

1. 只画能带
# plot_vasp_band_structure.py
from pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun
from pymatgen.electronic_structure.plotter import BSDOSPlotter, DosPlotter

# 变量初始化
bs_vasprun = Vasprun("vasprun.xml", parse_projected_eigen=True)	
bs_data = bs_vasprun.get_band_structure(line_mode=True, force_hybrid_mode=True)
dos_data = bs_vasprun.complete_dos

def plot_band():
    # 相当于  bands_plot = BSDOSPlotter(bs_projection='elements', dos_projection='elements')
    bands_plot = BSDOSPlotter()
    plt = bands_plot.get_plot(bs=bs_data)
    # 如果需要保存图片
    # 支持格式 png, tif, jpg....，只要改后缀名即可
    plt.savefig("InSe_HSE_bands.tif")
    plt.savefig("InSe_HSE_bands.png")

def plot_dos():
    dos_plot = DosPlotter()
    dos_plot.add_dos("Total DOS", dos_data)
    plt = dos_plot.get_plot([-4, 4], [0, 12])
    plt.savefig("InSe_HSE_dos.png")

def plot_bands_dos():
    bs_dos_plot = BSDOSPlotter(bs_projection='elements', dos_projection='elements')
    plt = bs_dos_plot.get_plot(bs=bs_data, dos=dos_data)
    plt.savefig("InSe_HSE_band_dos.png")


if __name__ == "__main__":
    plot_band()
    plot_dos()
    plot_bands_dos()

四、修改格式

0. 说在前面
可能因为是做计算的课题组写的代码缘故（不是专业写代码的课题组），只能实现它的基本功能，没有提取数据的接口，默认画的图太难看等等。要实现其它功能或许只能修改它的源码
1. 修改画图格式（由于太繁琐，并且平时也不怎么用，我也只研究了上面 “例子 3 （能带和态密度放一张图）”的画图格式）

在这里插入图片描述

  • 操作：

修改 C:\ProgramData\Anaconda3\Lib\site-packages\pymatgen\electronic_structure 下的 plotter.py

在这里插入图片描述
\
\
\

1. 用 VS code 打开，搜索 “bs_ax”

在这里插入图片描述
\

2. 仔细观察

\
在这里插入图片描述
\

3. 修改源码，保存


在这里插入图片描述

\

4. 重新跑脚本 （三、整理脚本） plot_vasp_band_structure.py
  • 在这里插入图片描述

五、其它操作

推荐：

0. http://matgenb.materialsvirtuallab.org
1. https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2OTQ4OTExOA==&mid=2247484405&idx=1&sn=d62277344ab874acc237d77188a3829c&chksm=eadec544dda94c52d91e45dda5b4b26293d0763187a9fed0702bad5c099dfde1e617f9ae1f5e&mpshare=1&scene=23&srcid=#rd
2. https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2OTQ4OTExOA==&mid=2247485108&idx=1&sn=286449e79eda774f5753dc7477783383&chksm=eadec005dda94913eab48d136059e47a6146e21e19763f2aa155929bb15de6da3a4ebd7c4511&mpshare=1&scene=23&srcid=&sharer_sharetime=1567245116026&sharer_shareid=7391011dffdb5e46d46643d0c3ee23dc#rd
yong1585855343
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Pymatgen（Python Materials Genomics）是一个健壮的开源Python库，用于材料分析-Python开发
05-25
Python Materials Genomics（pymatgen）是强大的材料分析代码，它定义了结构和分子的核心对象表示形式，并支持许多电子结构代码。 当前，它是为材料项目提供动力的核心分析代码。 官方文档：http://www.pymatgen.org Pymatgen（Python Materials Genomics）是一个健壮的开源Python库，用于材料分析。 这些是一些主要功能：高度灵活的类，用于表示Element，Site，Molecule，Structure对象。 广泛的输入/输出支持，包括对VASP，ABINIT，CIF，高斯，XYZ和许多其他文件格式的支持。 强大的分析工具，包括相图，Pourbaix图，扩散分析，
pymatgen绘制能带态密度图（band+DOS）
Code Wang的博客
05-24 1万+
现在做材料数据挖掘都应该用Pymatgen了吧，功能十分强大。我才刚入门，做做笔记。pymatgen是一个API包，可以连接materials project进行高通量计算。现在我用pymatgen画一下能带+DOS图，炒鸡好看。 安装请见https://pypi.org/project/pymatgen/ 前提是需要有vasprun.xml，这是VASP运行时就会生成的文件，小程序： import matplotlib.pyplot as plt import matplotlib as mpl
2024年最全VASP6(1)
最新发布
m0_60750088的博客
05-01 688
链接：https://pan.baidu.com/s/1lyCWantnEpTiciLPyeqGNg?基础资料，也有适合3年以上经验的小伙伴深入学习提升的进阶课程，涵盖了95%以上运维知识点，真正体系化！注：下载需要注册英特尔账号，注册一个就可以了。oneAPI的工具包是免费的。注：可以使用U盘拷贝或者远程连接传送文件的方式传输到虚拟机。2、下载HPC ToolKit安装包：进入英特尔官网下载。我们在Linux的终端中输入wget就会进行下载。安装完成后进行测试，是否安装成功。
PyMatGen - 探索材料科学的Python库
gitblog_00015的博客
03-15 785
PyMatGen - 探索材料科学的Python库 PyMatGen是一个强大的Python库，用于进行材料分析和计算。它是由Materials Project团队开发的，并且已经成为了材料科学研究领域中广泛使用的工具。 PyMatGen能用来做什么？ 结构和晶体学分析 PyMatGen可以轻松处理各种结构数据，并提供一系列功能强大的工具，例如： 生成、读取和操作各种晶体结构文件（如CIF, P...
通过materials project 中的pymatgen计算形成能formation energy和e above hull
qq_36996539的博客
11-27 5543
材料数据库应该是大家用得最多的数据库，其中包含数十万的DFT计算数据。而其团队为数据库配套开发的python包Pymatgen也是功能丰富，本文将详细介绍如何利用pymatgen计算指定组分的energy above hull 以及形成能formation energy。
pymatgen:Python Materials Genomics（pymatgen）是强大的材料分析代码，它定义了结构和分子的核心对象表示形式，并支持许多电子结构代码。 当前，它是为材料项目提供动力的核心分析代码
05-11
Pymatgen（Python材料基因组学）是一个健壮的开源Python库，用于材料分析。 这些是一些主要功能： 高度灵活的类，用于表示Element，Site，Molecule，Structure对象。 广泛的输入/输出支持，包括对 ， ，CIF，高斯，XYZ和许多其他文件格式的支持。 强大的分析工具，包括生成相图，Pourbaix图，扩散分析，React等。 电子结构分析，例如状态密度和能带结构。 与Materials Project REST API集成。 Pymatgen是免费使用。 但是，我们也欢迎您通过做出自己的贡献来帮助改进此库。 这些贡献可以采用您开发的其他工具或模块或功能请求和错误报告的形式。 以下是pymatgen的资源： 离线文档：HTML位于pymatgen Github存储库的docs文件夹中。 可以从“用户贡献的文档集”中搜索和下载或文档。 错误
使用vasp计算dos（态密度）的一些思考
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闲暇的ted空间
12-28 2万+
一：计算前的准备工作 1，得到一个稳定的弛豫过后的POSCR结构 2，对结构进行一次静态计算 二：计算态密度的参数准备 对于态密度计算INCAR参数的一些思考 ISTAT=1 这里我们选择1，但可以选择的还有0，在INCAR中不填，系统应该会默认为1 。他的目的是继承上一步的静态计算当中得到的WAVECAR，以减少计算的耗时。 ICHARG=11 这一项还可以选择 0，1，2和12 选择用11进行计算的话就会读取我们在上一步静态计算过程中得到的CHGCAR并进行态密度计算这样，可以节约时间，以便平
使用VASP和QE计算应力和应变关系_Python_下载.zip
04-15
使用VASP和QE计算应力和应变关系_Python_下载
VASP使用总结.zip资料vasp密度泛函DFT模拟计算态资料文档下载
05-28
VASP使用总结.zip资料vasp密度泛函DFT模拟计算态资料文档下载VASP使用总结.zip资料vasp密度泛函DFT模拟计算态资料文档下载VASP使用总结.zip资料vasp密度泛函DFT模拟计算态资料文档下载VASP使用总结.zip资料vasp密度...
VASP二维能带_vasp_VASP二维能带python_
10-04
VASP二维能带的画图，帮助你进行二维能带绘图
bandstructureplots:使用pymatgen和rgb标度的能带结构图，查看原子或轨道的贡献
05-18
带结构图 该存储库包含几个使用rgb标尺查看原子或轨道贡献的能带结构图的示例。 使用和matplotlib完成绘图。 为了在您自己的系统上使用脚本，您必须从计算中读取能带结构并获得pymatge.electronic_structure.bandstructure.BandStructure对象。 例子 报告的示例使用python3和pymatgen版本3.6.0完成。 带状结构的计算是用完成的。 铜：Cu_bands / 硅：Si_bands / 石墨烯：石墨烯/ 可用的频带结构示例不是精确的计算。 为了显示代码的结果，使用了计算。 即使您在同一系统上工作，也必须自己计算。 更多示例： 问题，评论，评论，错误报告 如果您有任何问题，评论，意见，建议或发现任何错误，请在此github存储库上打开一个问题。 执照 该代码是根据。
pymatgen‑2022.0.16‑cp38‑cp38‑win_amd64.whl
12-21
离线安装包，测试可用。使用 pip install [完整包名] 进行安装
Python 数据可视化之matpotlib画图
09-13
入门级基础知识，对小白很友好，有兴趣的学习的朋友可以查阅。
vasp.5.rar_vasp_vasp 5 downlo_vasp.5_vasp.5.rar_材料计算
09-21
做材料计算用的VASP软件，本人仅用于个人使用，不是商业用户！！！
Vasp定压计算脚本vaspeqstress.sh使用教程1
08-04
VASP定压计算脚本vaspeqstress.sh使用教程是基于广义胡克定律的原理，通过读取VASP输出的OUTCAR文件获得当前体系的所受外压矩阵，对其进行修改和优化，实现定压计算的目标。下面将详细介绍vaspeqstress.sh脚本的使用...
Quantum Espresso Hands-On实战训练（二）——HSE计算
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08-21 4117
系列文章目录 Quantum Espresso Hands-On实战训练（一）——DFT能带计算 文章目录系列文章目录计算过程1. scf2. 后处理pwscf后处理1. bands.x2. plotband.x 计算过程 1. scf 2. 后处理 pwscf 输入文件 &CONTROL title = 'hse.inp' , calculation = 'scf' , resta
利用Python正则表达式分析VASP静态计算输出文件
cdm163的博客
08-03 685
from ase.io import read,write from ase.io.png import write_png from ase.visualize import view import openpyxl import re import os def analysis(adr): with open(adr+'/OUTCAR','r') as f: outcar_content = f.read() node = re.search('@node(
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11-25 1299
Abstract / 摘要We present the Python Materials Genomics (pymatgen) library, a robust, open-source Python library for materials analysis. A key enabler in high-throughput computational materials science ...
pymatgen.io.vasp介绍
07-11
`pymatgen.io.vasp` 是 `pymatgen 库的一个模块，用于处理VASP软件的输入输出文件。VASP（Vienna Abio Simulation Package）是一种常用的第一原理计算软件，用于计算固体材料的电子结构和相关性质。 `pymatgen.io.vasp` 提供了许多功能来读取、写入和操作VASP输入和输出文件，包括POSCAR、CONTCAR、OUTCAR、vasprun.xml等。以下是一些 `pymatgen.io.vasp` 模块的主要功能： - `Poscar`: 用于读取、创建和操作POSCAR文件，它是VASP中结构输入文件的一种常见格式。 - `Vasprun`: 用于解析和分析VASP的输出文件vasprun.xml，包括能带结构、能量、力、电荷密度等信息。 - `Outcar`: 用于解析和分析VASP的输出文件OUTCAR，包括能量、力、电荷密度、磁矩等信息。 - `VaspInputSet`: 提供了一系列方便的方法来创建常见的VASP输入文件集合，如自洽计算、静态计算、弛豫计算等。 - `Potcar`: 用于处理VASP的赝势文件POTCAR。 - `Kpoints`: 用于创建和操作KPOINTS文件，该文件定义了在计算中使用的k点网格。 除了上述功能外，`pymatgen.io.vasp` 还提供了其他一些辅助功能，如读取和写入DOSCAR文件、CHGCAR文件、WAVECAR文件等。 总之，`pymatgen.io.vasp` 是一个强大的模块，使您能够方便地处理和分析与VASP软件相关的输入和输出文件，并进行更高级的操作和分析。

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