conda换源及创建环境等相关命令

取消每次启动自动激活conda的基础环境：

conda config --set auto_activate_base false
#重新自启动：
#conda config --set auto_activate_base true 

进入和退出conda基础环境：

conda activate base  #好像不加base
conda deactivate 

修改默认路径

查看默认信息

conda info

路径的设置可以通过编辑 $HOME/.condarc 来实现

envs_dirs:
  - /opt/anaconda3/envs
  - /home/xxx/.conda/envs
pkgs_dirs:
  - /opt/anaconda3/pkgs
  - /home/xxx/.conda/pkgs

换源相关

显示安装的频道：

conda config --set show_channel_urls yes 

查看已经添加的channels：

conda config --get channels
vim ~/.condarc

添加源：

conda config --add channels conda-forge
#清华
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
#北外
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
#(最后添加的channel会拥有最高优先级)

包相关

查看已安装包:

conda list

# 搜索安装包
conda search gatk
# 查看该软件安装的位置
which gatk
# 安装特定的版本
conda install gatk=3.7 #这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本
# 更新指定软件: 
conda update gatk
# 卸载指定软件:
conda remove gatk

虚拟环境相关

# 查看当前存在的环境
conda env list

# 创建新的环境： 
conda create -n python2 python=2 --clone root
# -n或--name: 设置新的环境的名字
# python=2 指定新环境的python的版本，非必须参数. 若未指定，默认为当前环境的python版本
# --clone root 创建基本环境的克隆，非必须参数. 若未指定，创建的环境可能为空的
# 这里也可以用一个-y参数，可以直接跳过安装的确认过程。

# 激活和退出环境： 
conda activate myenv
conda deactivate

# 删除环境： 
conda remove -n myenv --all

# 删除环境中的某个包:
conda remove -n yourEnv package_name