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RSS订阅原创 Python通过坐标系变换实现分子结构的平移和旋转
背景在最近做的课题中需要将蛋白质靶点的圆柱形空腔展开，由于分子的坐标本身不是沿坐标轴展开的，因此处理起来异常的麻烦。以我浅薄的知识判断，把蛋白-配体形成的腔体的主轴放到x轴上，在在y-z方向上做极坐标展开应该是一个简单可行的方法。在实现上，把主轴平移到x轴和直接把主轴作为x轴是等效的。然而这里面最shaib的地方在于，网上的很多教程写的乱七八糟，对数学不好的我来说那真是吃屎一样难受，因此自己简单做了做整理了一下。坐标变换原理这里主要参考这一篇博客，注意这里的逆矩阵计算有些问题图形学1-三维坐标系间
2021-05-27 15:22:43
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原创 非root更新GCC环境并安装PLUMED+GROMACS
非root更新GCC环境并安装PLUMED+GROMACS学校超算的操作系统是CentOS-6.6, GCC版本是4.4.7。因为课题需要安装PLUMED2.6.1，而2.6的PLUMED又需要GROMACS-2018.8，又双叒叕需要支持C++11，导致GCC的环境又需要更新。网上没有完整的流程，自己整理了一个。比较复杂的步骤就解释一下，别的步骤直接看命令应该问题不大第一步：更新GCCGCC的更新网上相关的doc有很多，不过有的方法比较繁琐，这里记录一个简单些的。linux下安装gcc-4.8.
2020-08-20 21:33:07
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空空如也
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