医学图像处理
文章平均质量分 62
总结常用的医学图像处理方法。
Jiaxxxxxx
不被定义,庆幸自由,做一个有智慧有温暖的研发攻城狮。
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H5文件简介以及python对h5文件的操作
文章目录前言HDF与h5简介数据组织方式HDFView下载与安装在WIN10系统安装后打开出现黑框闪退的解决方法python对h5文件的操作批量制作h5文件h5文件的提取,另存为nii文件前言一般来说,深度学习的训练数据和训练后的参数都会保存为h5格式文件,对于训练数据来说,深度学习中当训练大量数据时,如果从硬盘中加载再预处理,再传递进网络,这是一个非常耗时的过程。其中从硬盘中读取图片会花费大量时间,更可行在方法是将其存在单个文件中,如h5文件。那么h5文件对于深度学习训练具有什么优势呢?可以支持原创 2021-06-27 14:29:14 · 39030 阅读 · 15 评论 -
SimpleITK图像基础(一)——3D Resampling
文章目录前言基于SimpleITK进行实现前言进入深度学习网络之前需要进行统一数据集,这个时候需要对这些数据集进行重新采样,即假设各向同性体素并重新定向它们,以便可以读取所有图像的像素矩阵。在将方位变换成一致时,可以用DICOMOrientImageFilter过滤器,可以将 DesiredCoordinateOrientation设置为你想要变换的方位,它将计算出所需的置换顺序并根据需要执行翻转以接近所需方向。基于SimpleITK进行实现workflow如下:step 1:首先运行DICOM原创 2021-06-25 22:07:15 · 1550 阅读 · 0 评论 -
图像分割——Dice系数
文章目录图像分割——Dice系数Dice定义Dice系数的python实现图像分割——Dice系数在预测脑肿瘤或者皮肤病变的mask模型中,我们一般将mask图像中的像素分类成1或0,即如果像素中有mask,我们声明为1,如果像素中没有mask,我们声明为0,这种对图像进行逐像素二进制分类称为“语义分割”。如果我们试图去识别图像中的许多对象,则称为“实例分割”,实例分割是一种多分类分割。例如,在自动驾驶汽车视野中,物体被分类为汽车、道路、树木、房屋、天空、行人等。在语义(二进制)分割和实例(多类)分原创 2021-06-25 21:37:11 · 18038 阅读 · 0 评论 -
SimpleITK图像基础(二)——三维图像resize到固定尺寸
文章目录前言python代码前言Resize是图像处理中经常使用的一个操作,就是将图像缩放到一个固定尺寸,比如分类神经网络的输入大小必须保持一致,就要用到resize;比如有的网络训练学习需要整个图像,但计算机显卡资源不足,不能将整幅图像输入网络,这时也可用到resize。python代码SimpleITK中一般采用ResampleImageFilter过滤器,需要注意的是resize前后的图像应遵循以下公式,即:originsize * originspacing = newsize * news原创 2021-06-25 22:20:47 · 3795 阅读 · 0 评论 -
SimpleITK图像基础(三)——SimpleITK学习笔记
医学图像工具包、图像处理原创 2022-06-30 20:23:18 · 10033 阅读 · 3 评论 -
医学图像NIFTI(.nii)转换为mhd、raw文件格式
文章目录NIFTI(.nii)文件格式mhd、raw文件格式python代码实现NIFTI(.nii)文件格式Nifti 格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划(NIFTI)将 NIfTI 格式预设为 ANALYZE7.5 格式的替代品。它最初的应用领域是神经影像,但是也被用在其他领域。这种格式的主要特点就是它包含两个能够将每个体素的索引(i,j,k)和它的空间位置(x,y,z)关联起来的仿射坐标。NIFTI文件更加易用于机器学习,因为NIfTI 是三维图像,处理一个单独的NIfTI 文原创 2021-07-30 23:01:25 · 2542 阅读 · 1 评论 -
医学图像Dicom(.dcm)转换为NIFTI(.nii)格式
文章目录前言医学图像格式DICOMNIFTIpython代码前言NIfTI 中的图像原始数据一般被存储成了三维图像,而dicom存储为二维图层,所以相对于DICOM文件,NIFTI文件更加易用于机器学习,因为NIfTI 是三维图像,处理一个单独的NIfTI 文件要比处理成百上千个DICOM文件更加容易一些。医学图像格式DICOM 和 NIFTI 是最常用的格式,下面对其进行简单介绍。DICOMDICOM 代表的是医疗数字成像和通信。DICOM 是由美国国家电气制造商协会(NEMA)制定的标准。它原创 2021-06-27 15:32:23 · 15489 阅读 · 8 评论