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原创 [SimpleITK + python]sitk.show()与imageJ结合使用常见的问题

在python中配置simpleITK时,遇到了以下这个问题。simpleITK已经通过pip install安装,但是sitk.show()功能无法正常使用,类似如下实例代码import SimpleITK as sitkimport sysimport osexample = sitk.ReadImage("filename")sitk.show(example)在s...

2018-10-29 17:15:38 7673 4

原创 【ITK图像配准学习】0.ITK+VS2017配置

part1.为什么要学习ITK进行图像配准图像配准,是指将一幅图像中的点通过空间变换匹配到另一张图像上对应点的过程。如图所示,图像配准是为了寻找将一幅图像匹配到另一幅图像的空间变换关系。在ITK当中,图像配准过程的框架由一系列可以相互替换的组件构成,因此,我们可以结合实际需求轻松地自主设计出合适的方法。关于图像配准的进一步介绍将在下一篇博客中记载,接下来主要是如何正确在电脑上配置好...

2018-09-17 21:34:17 2792 2

原创 【文献】Predicting Silice-to-Volume Transformation in Presence of Arbitrary Subject Motion

【Method】 数据集生成:    用来训练和验证的slices由n个三维体Ω产生。每个volume包含一个期望的ROI,集中在原点并且重采样成长度为L的立方体体素,间隔1x1x1 mm。L/4 采样平面,间隔4mm并且尺寸为LxL,在Z轴上均匀分布。位于Ω末端的slices可能包含很少或者没有包含这些内容。如果一个特别的slice的方差低于阈值t,那么将会被忽略掉。    为了...

2018-09-10 11:21:29 446 4

原创 【文献】Fast Volume Reconstruction from Motion Corrupted Stacks of 2D Slices

【Method】  A.Surrogate Measure to Estimate Motion Within One Stack    估计slices之间正确的对齐方式是所有运动校正重建方法的重要步骤。交叉切片强度剖面的优化可能不通过初始配准template来获得【4】.但是,这个方法对解剖学结构易混淆的部分比较敏感,配准过程中需要空间mask的约束。另一种方法是使用近似的...

2018-09-10 11:19:02 552 1

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