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原创 antigravity登录无反应以及模型加载不出来解决方案

本文针对antigravity软件使用中的两个常见问题提供了解决方案:1)登录验证循环问题:建议安装cockpit-tools工具,添加账号授权后关闭代理,以管理员模式设置代理规则并开启TUN虚拟网卡,最后通过cockpit启动antigravity;2)模型加载失败问题:建议完全关闭软件后重新配置网络,直接启动antigravity程序。文中配有详细的操作截图指引用户完成设置。

2026-03-27 10:40:41 975 1

原创 网卡驱动掉了解决办法亲测有效(代码56)

首先确定是不是网卡驱动的问题(不是必须,可直接第二步)确定驱动报错类型方法一 静电原因(大部分原因)方法二适用于电脑突然无法连接wifi的情况。

2025-12-20 21:15:52 760 1

原创 如何使用自己电脑GPU训练模型

上面那个包含有graphics的是集成在 CPU 里的 GPU,仅用于展示电脑图像,而下面那个是英伟达的独立显卡,有了这个才能做轻量的AI计算。如果你已经安装了pytorch,但在训练时仍说没有使用GPU,则在命令行端输以下命令进行检测,看你安装的是不是pytorch_gpu版本。那你就使用kaggle进行训练,注意每训练多少轮保存checkpoints文件防止训练中断,以及这个使用于小型训练(一周不能超30小时)或者直接cmd,输入nvdia-smi,看是否呈现以下界面(箭头表示CUDA版本)

2025-11-04 09:30:57 452

原创 小样本数据训练蛋白设计模型学习笔记——用岭回归解决过拟合

就是通过给每一个输入的特征xi赋予权重wi,再加上偏置b,即可得到预测值,比如一个蛋白的溶解度、稳定性等。比如下面就是一个普通的线性回归,也可以看到确定一个权重系数就需要一个数据点,确定两个权重系数就需要三个数据点,特征越多,需要的数据点也随着增多,而一些数据获取较为困难,是无法提供较多的数据点的。

2025-08-18 23:07:16 857

原创 抗体学习笔记3——补体系统与MAC

除了炸弹抗体(ADC抗体)、免疫细胞外,还有补体系统可以参与消灭肿瘤细胞。

2025-07-07 23:14:34 692

原创 抗体设计学习笔记2

先介绍几组概念。

2025-07-07 22:32:21 858

原创 抗体设计学习笔记1(PS疫苗设计)

抗体的任务是结合在肿瘤细胞表面,为免疫系统标记出肿瘤细胞的位置。其形状如大写字母Y,由两条轻链和两条重链构成,抗体的直径为细胞直径的千分之一。与蛋白互作的只有这一小部分区域,为CDR不同的抗体有不同形状的“手掌”,能够与对应形状的抗体发生大面积形状互补从而互相结合抗体凭借肿瘤细胞和健康细胞的不同来进行特异性结合。

2025-06-09 22:29:36 754

原创 OpenCV安装报错解决

验证openCV安装以及环境变量设置都是没问题的,但是一加载程序还是有如下报错。解决方案一:卸载原来的cv2,安装不依赖qt的cv2(成功)

2025-05-09 10:47:13 333

原创 蛋白质backbone生成系列1-Diffusion原理学习及在蛋白设计中的应用

首先给定高质量数据,然后不断添加噪声,之后使模型从最终的噪声中不断去噪直到生成正确的数据,但是由于它本质上还是属于,因此每次得到的结果可能存在一定的偏差,训练时可以将多次的结果进行叠加以提升精度。训练好的模型能够从给定的噪声中生成各种各样的数据(不止图片)。应用的话举一个例子,如果你拍摄了很糊的低质量的照片,可以把他放在一个扩散模型中进行修复为高质量的照片(也就是。

2025-04-22 22:34:53 644

原创 蛋白质backbone生成系列2-RFdiffusion原理学习

蛋白质骨架生成指的是对于αC骨架的生成,一般来说,对于骨架生成的评估指标有四个:①首先,如何保证设计骨架具有想要的功能,需要将其的计算,结构越复杂蛋白越大可能该值越小。②其次是骨架的,即通过MSA或foldseek等工具进行结构聚类查看。③,是指一个蛋白质结构骨架能够被至少一种氨基酸序列有效地填充,并且该序列能够折叠成预期的结构。

2025-04-17 21:22:39 1486

原创 ligandmpnn原理学习

配体与蛋白的对接位置必须准确且固定,若配体具有灵活性则需要手动构建多种配体结合构象:除了选择每个氨基酸最邻近的32个氨基酸外(protein-protein图),添加每个氨基酸最邻近的25个配体原子作为背景信息(protein-ligand图):仍采用自回归随机解码,但并非是只解码为氨基酸,而是还要解码为每个氨基酸的每种Chi (χ) 角的概率分布(由于Chi角是描述氨基酸侧链构象的连续角度,其取值范围为-180°到 180°且成周期性,因此表示为混合高斯分布也就是几个正态分布)补充知识:chi 角。

2025-04-10 23:09:31 1451

原创 重学ProteinMPNN原理1

1.蛋白序列的独热编码2.基于多序列比对的进化信息3.二级结构信息4.残基间距离5.二面角扭转角度或其他结构物理信息6.蛋白表面信息7.原子坐标信息8.蛋白质图(蛋白质的氨基酸残基被表示为图中的节点(vertices),而氨基酸之间的相互作用(如共价键、氢键、范德华力等)被表示为边(edges))

2025-04-08 22:13:39 1688

原创 完全基于R的分子动力学模拟过程可视化代码1

【代码】完全基于R的分子动力学模拟过程可视化代码1。

2025-03-16 17:45:50 475

原创 分子动力学模拟中断及续跑问题

(首先为了避免下次又出现这种情况,用以下命令将以前用#注释掉的文件进行删除,腾出空间)

2025-03-11 15:30:31 2095

原创 本地版Alphafold3批量提交脚本(以蛋白互作预测为例,可适用蛋白-DNA)

Alphafold3本地版虽然是可以自动检测输入是Alphafold3还是Alphafoldserver格式的,但毕竟AF3的格式简单,下面就以AF3格式的文件准备与提交为例,批量跑主要注意的几个点就是:1.单个文件中只能有一个互作对 2.注意给每个序列起id 3.种子必须给,一个几个的都行 4.其他像server版里面的count,time啊等等统统不要,已经归顺AF3了就要剪掉辫子详见。

2025-03-07 11:01:08 1974 1

原创 小 白笔记1:文件删不掉怎么处理

小 白笔记1:文件删不掉怎么处理。

2023-01-04 11:12:00 159

原创 2022考研数学

汤、余的高数、线代、概率论基础、强化、习题课视频加讲义李yl线代、王sa概率论、武zx高数基础、强化习题课视频加讲义全是22考研的

2021-09-02 12:04:41 207 2

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