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RSS订阅原创 单细胞数据整合进阶：从 scVI 到 scANVI 的全流程指南
在处理大规模单细胞转录组数据（scRNA-seq）时，如何有效去除批次效应（Batch Effect）并保持生物学异质性是核心挑战。本文将介绍如何利用scvi-tools构建从无监督学习到半监督学习的整合工作流。
2026-05-13 14:05:16
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原创 GEO与SRA数据库|编号的对应与数据批量下载
需要注意的是，像转录组测序和芯片数据这样的高通量数据，原始数据会放在SRA中，而RT-PCR这类低通量数据，可以直接在GEO Dataset的界面下载原始数据的矩阵。SRR，这个ID对应真实的测序数据。GEO Datasets 常常作为已发表文献的参考数据集，故其中的数据是根据研究者需求进行过处理的，如果需要将多个数据集放到一起参考，则需要得到原始数据。记录测序或芯片的平台，对于芯片平台，其包含基因-探针对应关系的表格。下载网址：在NCBI上数据集的页面，点击SRP号，可以直接进入下载SRA号的界面。
2026-04-15 15:35:00
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原创 RNA-seq 定量指标 RPKM、FPKM、TPM 与 CPM
TPM 计算：先消长度影响，再消深度影响RPK <- count / (efflength / 1000) # 1. 长度标准化（RPK）PMSC_rpk <- sum(RPK) / 1e6 # 2. 计算 RPK 的每百万缩放因子return(RPK / PMSC_rpk) # 3. 得到 TPM# FPKM 计算：先消深度影响，再消长度影响PMSC_counts <- sum(count) / 1e6 # 1. 计算 Counts 的每百万缩放因子。
2026-04-14 10:30:19
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原创 单细胞测序数据分析：如何用 ggplot2 优雅地绘制质控小提琴/绘制细胞群比例与数量分布柱状图
在单细胞RNA测序（scRNA-seq）的数据分析流程中，质量控制（Quality Control, QC）是至关重要的第一步。我们需要通过剔除低质量的细胞（如死细胞、空液滴或双细胞）来保证下游分析的准确性。今天，我们将分享如何从 Seurat 对象中提取元数据，并使用ggplot2结合cowplot包，绘制出包含丰富信息且高颜值的质控小提琴图。
2026-03-31 14:18:05
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原创 跨物种对比的人类特异性基因挖掘
在理解了细胞类型的演化关系后，下一步通常是挖掘那些在人类中表达显著上调、而在其他物种（包括非人灵长类和啮齿类）中表达较低的基因。
2026-01-30 17:00:24
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原创 跨物种单细胞分类树
如果你只是想看看你的跨物种整合效果如何，选择快速版。如果你发现某些细胞类型聚类非常怪异，或者你想证明两个物种的某种细胞具有高度相似性，请务必使用严谨版并查看其 Bootstrap 分值。通常分值> 70才具有较强的说服力。
2026-01-30 16:43:10
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原创 AllenInstitute/scrattch
(Single-cell RNA-seq analysis for transcriptomic type characterization) 是艾伦脑科学研究所（Allen Institute）开发的“旗舰级”单细胞分析工具。它的核心优势在于，特别擅长区分即使在转录组上差异微小（如神经元亚型）的细胞类型。
2026-01-20 17:02:16
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原创 构建跨物种单细胞基因list[一]
Ensembl ID 锚定：无视基因改名，确保生物学同源性。Synonym 安全网：即使您的单细胞矩阵用的是 10 年前的旧名字，也能通过别名列找回它的“真身”。多物种兼容：一次性搞定人、鼠、猴的复杂映射。
2025-12-17 15:34:55
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原创 基因组注释文件详解：GFF 与 GTF
GFF(General Feature Format) 和GTF(Gene Transfer Format) 是生物信息学中最常用的两种基因组注释格式。在构建分析数据库时，除了需要参考基因组序列（FASTA 文件）外，通常还需要这两种文件来提取基因、外显子、CDS 等位置信息。
2025-12-11 17:58:57
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原创 Scanpy vs Seurat
总结一些Scanpy和Seurat的类比点datadatascale.data.uns@misc.obspneighbors。
2025-11-24 10:59:12
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原创 conda创建环境路径和kernel路径不一致
字段，其中包含 Python 解释器的路径。如果路径不一致，最简单和推荐的修正方法是。文件中，你会看到一个。
2025-10-16 10:25:54
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原创 跨物种保守和特异基因热图绘制
对来自不同物种（人、鼠、猕猴）的单细胞数据进行。，以便在后续可视化（例如热图）中，具有相同。提取不同物种数据，并提取保守DEG的矩阵。降采样之后去找不同细胞类型的maker。的细胞能够聚集在一起，并且在每个。提取物种特异DEG的矩阵。猕猴特异DEG的矩阵数据。小鼠的特异DEG矩阵数据。读取数据加提取数据矩阵。
2025-09-28 17:35:05
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原创 单细胞细胞类型比例图加upset图
温馨提示：upset中条形的的颜色需要自行调整，如某个物种specific的颜色。以下内容如法炮制，绘制不同细胞类型的upset图。主要修改点在于tb这，换成自己想要比较的类型。
2025-09-28 11:45:59
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原创 ComplexHeatmap绘图
ha = HeatmapAnnotation(foo = anno_barplot(1:10, gp = gpar(fill = 1:10)))#颜色填充。ha = HeatmapAnnotation(foo = anno_barplot(seq(-5, 5), baseline = 0))#基线设置。ha = HeatmapAnnotation(foo = anno_barplot(1:10, bar_width = 1))#修改宽度。anno_histogram直方图。anno_barplot条形图。
2025-09-18 11:29:30
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空空如也
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