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RSS订阅原创 单细胞测序数据分析：如何用 ggplot2 优雅地绘制质控小提琴/绘制细胞群比例与数量分布柱状图
在单细胞RNA测序（scRNA-seq）的数据分析流程中，质量控制（Quality Control, QC）是至关重要的第一步。我们需要通过剔除低质量的细胞（如死细胞、空液滴或双细胞）来保证下游分析的准确性。今天，我们将分享如何从 Seurat 对象中提取元数据，并使用ggplot2结合cowplot包，绘制出包含丰富信息且高颜值的质控小提琴图。
2026-03-31 14:18:05
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原创 AllenInstitute/scrattch
这是为您编写的。这份教程不仅涵盖基础代码，还详细解释了数据准备、关键参数含义、Docker挂载策略以及结果导出，适合需要处理实际科研数据的场景。
2026-01-20 17:02:16
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原创 基因组注释文件详解：GFF 与 GTF
GFF(General Feature Format) 和GTF(Gene Transfer Format) 是生物信息学中最常用的两种基因组注释格式。在构建分析数据库时，除了需要参考基因组序列（FASTA 文件）外，通常还需要这两种文件来提取基因、外显子、CDS 等位置信息。
2025-12-11 17:58:57
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原创 Scanpy vs Seurat
总结一些Scanpy和Seurat的类比点datadatascale.data.uns@misc.obspneighbors。
2025-11-24 10:59:12
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原创 conda创建环境路径和kernel路径不一致
字段，其中包含 Python 解释器的路径。如果路径不一致，最简单和推荐的修正方法是。文件中，你会看到一个。
2025-10-16 10:25:54
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原创 跨物种保守和特异基因热图绘制
对来自不同物种（人、鼠、猕猴）的单细胞数据进行。，以便在后续可视化（例如热图）中，具有相同。提取不同物种数据，并提取保守DEG的矩阵。降采样之后去找不同细胞类型的maker。的细胞能够聚集在一起，并且在每个。提取物种特异DEG的矩阵。猕猴特异DEG的矩阵数据。小鼠的特异DEG矩阵数据。读取数据加提取数据矩阵。
2025-09-28 17:35:05
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原创 单细胞细胞类型比例图加upset图
温馨提示：upset中条形的的颜色需要自行调整，如某个物种specific的颜色。以下内容如法炮制，绘制不同细胞类型的upset图。主要修改点在于tb这，换成自己想要比较的类型。
2025-09-28 11:45:59
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原创 ComplexHeatmap绘图
ha = HeatmapAnnotation(foo = anno_barplot(1:10, gp = gpar(fill = 1:10)))#颜色填充。ha = HeatmapAnnotation(foo = anno_barplot(seq(-5, 5), baseline = 0))#基线设置。ha = HeatmapAnnotation(foo = anno_barplot(1:10, bar_width = 1))#修改宽度。anno_histogram直方图。anno_barplot条形图。
2025-09-18 11:29:30
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空空如也
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