开源有限元分析软件-Elmer FEM 开发教程 （8）并行计算和性能优化

8.1 引言

随着模拟问题的复杂性和规模的增加，单核计算可能无法满足需求。Elmer FEM 支持并行计算，通过 MPI（Message Passing Interface）实现多核和分布式计算，显著提高模拟效率。本章将详细介绍如何配置和使用并行计算，并提供性能优化的实用建议。无论您是初学者还是有经验的用户，本章都将帮助您掌握并行计算和性能优化的核心技术。

8.2 并行计算配置

Elmer FEM 的并行计算基于 MPI，需要在编译和运行时进行相应配置。

8.2.1 编译支持并行的 Elmer FEM

要启用并行计算，需在编译 Elmer FEM 时添加 MPI 支持：

1. 安装 MPI
   在 Linux 上，可使用以下命令安装 OpenMPI：

   sudo apt-get install libopenmpi-dev
   

2. 配置 CMake
   在构建目录中运行：

   cmake .. -DWITH_MPI:BOOL=TRUE
   

3. 编译

   make
   

8.2.2 运行并行模拟

使用 mpirun 命令运行并行模拟：

mpirun -np 4 ElmerSolver_mpi your_simulation.sif

• -np 4：使用 4 个处理器，可根据需求调整。
• ElmerSolver_mpi：支持并行的 ElmerSolver 版本。

注意：

• 确保 .sif 文件中已配置并行相关的设置，例如网格分区。

8.3 网格分区

并行计算需要将网格划分为多个子域，每个处理器处理一个子域。Elmer FEM 支持多种分区方法：

方法	描述
METIS	默认方法，基于图论的划分算法
Zoltan	支持动态负载均衡，适合复杂问题
Simple	简单划分，适用于规则几何体

配置网格分区

在 .sif 文件的 Simulation 部分添加：

Simulation
  ...
  Partitioning Method = String "METIS"
  Number of Partitions = Integer 4
End

• Partitioning Method：选择分区方法。
• Number of Partitions：分区数量，通常与处理器数量相等。

建议：

• 对于大多数问题，METIS 是一个稳健的选择。
• 对于不均匀网格或动态问题，可考虑 Zoltan。

8.4 性能监控

监控并行模拟的性能是优化计算效率的关键。Elmer FEM 提供了一些内置工具：

• 计时器：在 .sif 文件中启用计时器，输出各部分的计算时间。
• 日志文件：检查 ElmerSolver 的输出，了解负载均衡和通信开销。

示例：启用计时器

在 .sif 文件中添加：

Simulation
  ...
  Timing = Logical True
End

运行后，ElmerSolver 将输出详细的计时信息，帮助识别瓶颈。

8.5 性能优化建议

以下是一些提升并行计算性能的实用建议：

1. 优化网格质量

   • 均匀的网格划分有助于负载均衡。
   • 避免过度细化或稀疏的网格区域。

2. 选择合适的分区方法

   • 对于复杂几何，尝试不同的分区方法以找到最佳方案。

3. 调整求解器参数

   • 使用高效的预条件器和迭代方法，减少求解时间。
   • 例如，在 Solver 部分设置：

     Linear System Iterative Method = String "BiCGStab"
     Linear System Preconditioning = String "ILU0"
     

4. 减少通信开销

   • 优化网格分区，减少子域间的边界元素。
   • 使用高效的并行算法和数据结构。

5. 监控和分析

   • 使用性能分析工具（如 Scalasca、TAU）监控并行效率。
   • 分析负载不均衡和通信瓶颈。

8.6 总结

本章介绍了 Elmer FEM 的并行计算配置、网格分区和性能优化方法。通过本章的学习，您应该能够：

• 配置和运行并行模拟。
• 选择合适的网格分区方法。
• 应用性能优化策略，提升计算效率。

下一章将探讨 Elmer FEM 的高级应用和案例研究，帮助您将所学知识应用于实际问题。