软件使用
ZHEFXC
这个作者很懒,什么都没留下…
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[genefuse] 生成genefuse 的fusion.csv文件
最近分析一批panel测序数据,Panel中包含一些针对Fusion的捕获探针,使用delly等call SV的软件效果并不好。所以尝试使用genefuse这个软件。genefuse这个软件是根据一些先验的可能形成Fusion的基因对,直接从fastq文件检测Fusion,我觉得可能会被没有先验知识的caller的性能更好一些。但是,我做的是血液肿瘤,而官方提供的先验Fusion文件中没有包括血...原创 2019-09-19 08:57:16 · 876 阅读 · 0 评论 -
使用preseq计算文库复杂度以及估计加测量
在评估下机数据的时候,如果发现数据去重复之后无法达到目标覆盖度,那么就需要进一步加测。然而,有些文库复杂度很低,即使加测很多数据也无法得到更多的有效信息。那么如何评估文库复杂度,判断是否有加测的必要呢?使用preseq软件可以实现根据现有测序数据评估已测序数据的复杂度,以及整个文库的复杂度。其中子命令c_curve可以方便的计算现有测序数据中总测序量(total reads)与 有效数据量(...原创 2019-09-19 09:04:14 · 1244 阅读 · 0 评论 -
[转载] 使用rsync 替代scp 实现断点续传
使用rsync 作为scp 的替代实现断点续传主机A传送文件夹TestDB到主机Brsync -rP--rsh=ssh /home/oracle/TestDB/ oracle@192.168.1.173:/home/oracle/TestDB[oracle@rac1-server TestDB]$ rsync -rP --rsh=ssh /home/oracle/TestD...原创 2019-09-19 17:14:17 · 665 阅读 · 0 评论