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毕业设计
文章平均质量分 89
西工大计算机系,毕业论文为基于知识图的药物-药物相互作用预测嵌入与卷积-LSTM网络,主要涉及到的知识有知识图谱,嵌入,ML基线模型,Conv_LSTM神经网络
昔我往矣wood
这个作者很懒,什么都没留下…
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基于KG嵌入和卷积-LSTM网络的药物-药物相互作用预测——重现
本篇讲一下要是想重现应该从哪些方面去入手。一、前言首先来说,本文构建的网络是由CNN和LSTM复合而成的一个Conv-LSTM网络,而且涉及到了参数优化,网络构建,训练等一系列东西。要是你初学的话,真的不建议你直接上手这个。要重现本文,我觉得有以下要点:(1)单纯对于要构建的神经网络来说,在这之前你要充分理解CNN,RNN,LSTM和MLP的原理以及实现,注意是充分熟练的了解;(2在熟练掌握上面的原理的基础上,大量实践,通过复现基础的东西,充分掌握如何构建,训练和实现那些单一的网络,才能原创 2021-06-07 21:27:45 · 852 阅读 · 0 评论 -
基于KG嵌入和卷积-LSTM网络的药物-药物相互作用预测——方法细述
本章详细讨论所用方法,包括问题制定,数据收集和集成,KG嵌入,Conv-LSTM网络构建以及具有超参数优化的网络训练,最后一步推断DDI预测。下图是拟定方法的工作流程。 1. 问题表述由于DDIs形成了一个复杂的网络,其中节点指药物,链路指潜在的相互作用,因此我们将DDIs预测作为一个链路预测问题处理.给定一个有向DDIKG作为G=(V,E),其中每个边e=(u,v)表示药物u和v之间的相互作用,定义矩阵意义为:当=1...原创 2021-04-17 18:15:39 · 1514 阅读 · 1 评论 -
基于KG嵌入和卷积-LSTM网络的药物-药物相互作用预测——基础知识总结
本篇为毕业设计的基础知识讲解,日更。主要写每天自己的笔记和对内容的理解,即论文的整体步骤梳理和对每块知识的总结。2021.04.131. 关于过程:第一步:知识图谱(KG)构建 ——为了整合多个数据源,知识图是一个强大的工具。在这个图表中,节点代表不同的实体,如药物、疾病、蛋白质靶点、亚结构、副作用和途径。一旦数据以知识图的形式出现,我们就必须从其中提取信息作为交互预测器的特征。 ——为了做到这一点,我们使用嵌入方法,将图中的每个节点投影到一个密集向量。第二步:图...原创 2021-04-13 22:16:50 · 519 阅读 · 1 评论