cp2k inp帮助
- EXT_RESTART
- GLOBAL
- FORCE_EVAL
- DFT
- BASIS_SET_FILE_NAME
- CHARGE
- LSD
- MGRID
- POISSON
- POTENTIAL_FILE_NAME
- QS
- RESTART_FILE_NAME
- SCF
- SPIN_POLARIZED
- UKS
- UNRESTRICTED_KOHN_SHAM
- WFN_RESTART_FILE_NAME
- XC
- METHOD
- MIXED
- MM
- PROPERTIES
- STRESS_TENSOR
- SUBSYS
- MOTION
- MULTIPLE_FORCE_EVALS
- OPTIMIZE_INPUT
EXT_RESTART
RESTART_FILE_NAME
指定要读取的重新启动文件(或任何其他输入文件)的名称。仅使用与重新启动相关的字段(除非使用本节中的关键字关闭)
RESTART_VEL
从外部文件获取速度
默认值:true
GLOBAL
全局信息
控制物理常数和数学常数的打印
PHYSCON
如果printkey处于活动状态,则打印物理常数
默认值:true
PRINT_LEVEL
打印级别,默认MEDIUM
LOW
打印很少信息
PROGRAM
同PROGRAM_NAME
PROGRAM_NAME
指定运行哪个程序
默认值:CP2K
ATOM
运行单原子计算
CP2K
运行一个CP2K包
FARMING
在一次运行中运行N个独立作业
MC_ANALYSIS
运行(树)蒙特卡罗(Monte Carlo )轨迹文件分析
OPTIMIZE_BASIS
为给定的一组训练结构创建MOLOPT或ADMM基础的工具
OPTIMIZE_INPUT
优化CP2K输入中参数的工具
SWARM
运行基于群集的计算
TEST
做一些基准测试和测试
TMC
使用其他输入文件运行树蒙特卡罗算法
PROJECT_NAME
项目名(中间计算文件用这个命名)
别名:PROJECT
RUN_TYPE
仿真类型
BAND
Band方法
nudged elastic band (NEB)在已知反应物和产物之间寻找鞍点和最小能量路径的方法
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6ac7d7930102uyw9.html
http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/research/saddle/neb/
http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/pubs/sheppard08_134106.pdf
ENERGY
计算能量
GEO_OPT
几何优化 (键距离,角度等)
MD
分子动力学
NONE
不执行任何任务
VIBRATIONAL_ANALYSIS
振动分析
SEED
全局(伪)随机数生成器的初始种子,用于创建正态高斯分布随机数流。应正好为1或6个正整数值。复制单个值以用6个数字填充整个种子数组
默认值:2000
TRACE
是否应该写入程序执行的调试跟踪
默认值:否
FORCE_EVAL
计算力或能量
DFT
密度泛函理论参数
https://www.zhihu.com/question/30510921
BASIS_SET_FILE_NAME
basis set 文件名
CHARGE
系统的总电荷
LSD
同UKS
MGRID
多晶格信息
CUTOFF
最细网格截止,对SE或DFTB默认值为1
NGRIDS
要使用的多重网格数
默认值:4
REL_CUTOFF
确定高斯映射的网格,给出用于alpha=1的高斯的截止值。对于高精度的结果或具有可变单元格的模拟,可能需要50±10Ry的值。2.3之前的版本使用默认值30Ry。
默认值:4.00000000E+001
默认单位:[Ry]
RELATIVE_CUTOFF
同REL_CUTOFF
POISSON
设置泊松分解器。
同MM->POISSON
POTENTIAL_FILE_NAME
赝势文件名
赝势: 在近似中,将原子的核电子(即非价电子)以及原子核共同产生的一个复杂的势置换成一个“有效势”
DFT代码中可能的打印选项部分
E_DENSITY_CUBE
使用电子密度和(对于LSD计算)自旋密度控制立方体文件的打印
LOWDIN
控制Lowdin(自旋)总体分析的打印
MO_CUBES
控制分子轨道立方体的打印
NHOMO
如果printkey被激活,这个值控制作为HOMO(最高占用轨道)的数量,-1则特征值全部打印
默认值:1
NLUMO
如果printkey被激活,这个值控制作为NLUMO(最低未占用轨道)的数量,-1则特征值全部打印
默认值:0
MULLIKEN
控制Mulliken(旋转)总体分析的打印
QS
设置Quickstep框架所需的参数
CDFT
设置受约束DFT计算所需的参数。ATOM_GROUP部分的每次重复都定义了一个新的约束。约束在单独的外部SCF循环中聚合,设置从外部SCF部分读取。支持的约束:Becke和Gaussian Hirshfeld(部分)
https://www.cp2k.org/howto:cdft
对 Kohn-Sham 能量方程
E
K
S
E_\mathrm{KS}
EKS加约束
E
C
D
F
T
[
ρ
,
λ
⃗
]
=
max
λ
⃗
min
ρ
(
E
K
S
[
ρ
]
+
∑
c
λ
c
[
∑
i
=
↑
,
↓
∫
w
c
i
(
r
)
ρ
i
(
r
)
d
r
−
N
c
]
)
E_\mathrm{CDFT}[\rho, \vec{\lambda}] =\max_{\vec{\lambda}}\min_\rho \left( E_\mathrm{KS}[\rho] + \sum_c \lambda_c \left[\sum_{i = \uparrow, \downarrow} \int w_c^i(\mathbf{r})\rho^i(\mathbf{r})d\mathbf{r} - N_c \right] \right)
ECDFT[ρ,λ]=maxλminρ(EKS[ρ]+∑cλc[∑i=↑,↓∫wci(r)ρi(r)dr−Nc])
其中
λ
⃗
=
[
λ
1
,
λ
2
,
⋯
]
T
\vec\lambda = [\lambda_1, \lambda_2, \cdots]^T
λ=[λ1,λ2,⋯]T是(“strength(s) of the constraint potential(s)”),
N
c
N_c
Nc是target value of the constraint
w
i
(
r
)
w^i(\mathbf{r})
wi(r)各原子权重 系数COEFF
ATOM_GROUP
定义一组原子以用于CDFT约束。此部分的每次重复都会创建一个新约束。
ATOMS
指定包含在约束组中的原子列表
COEFF
定义原子列表中原子的系数 w i ( r ) w^i(\mathbf{r}) wi(r)。接受+/-1.0的值
CONSTRAINT_TYPE
确定要应用的约束类型。
默认值:CHARGE
####### ALPHA
alpha自旋密度约束
####### BETA
beta自旋密度约束
####### CHARGE
总电荷密度约束(rho_alpha + rho_beta)。
####### MAGNETIZATION
磁化密度约束(rho_alpha - rho_beta)
ATOMIC_CHARGES
使用选定的权重函数计算原子CDFT电荷(Z=Z_core-Z_CDFT)。对于基于碎片的约束,电荷与碎片参考状态有关,即Z=Z_CDFT-Z_frag_reference。注意:如果原子数大于默认pw_pool max cache,则在解除分配原子网格期间,计算原子CDFT费用将提示无害警告。
默认值:FALSE
BECKE_CONSTRAINT
定义影响BECKE权重函数构造的设置
ADJUST_SIZE
用原子半径调整Becke细胞边界,以生成异核截止轮廓。这些半径是用关键字“原子半径”定义的
默认值:FALSE
ATOMIC_RADII
定义原子半径以生成异核截止剖面。按每个元素在输入坐标中出现的顺序为每个元素指定一个值
默认单位:[angstrom]
CAVITY_CONFINE
激活高斯腔约束。仅在型腔内部计算约束。空腔是由以约束原子为中心的球形高斯加和形成的
默认值:FALSE
CAVITY_SHAPE
指定使用的高斯腔的类型
默认值:DEFAULT
####### COVALENT
用共价半径(covalent radii )构造高斯函数
####### DEFAULT
使用共价半径(单位为埃)来构造高斯,但对于半径大于此值的元素,固定为1.0_dp半径
####### SINGLE
所有原子类型的单高斯分布,半径由CAVITY_RADIUS给定
####### USER
使用用户定义的半径(关键字原子半径)构造高斯。
####### VDW
用范德华半径构造高斯函数
CUTOFF_TYPE
指定在构建BECKE权重函数时使用的截断类型
默认值:GLOBAL
####### ELEMENT
对所有元素使用不同的值。从ELEMENT_CUTOFF读取的值
####### GLOBAL
对所有元素使用单个值。从GLOBAL_CUTOFF读取
ELEMENT_CUTOFF
定义特定于元素的截止值,以确定每个实空间栅格点上哪些原子对权重函数有贡献。按元素在坐标中出现的顺序为每个元素指定一个值
默认单位:[angstrom]
EPS_CAVITY
创建空腔的密度阈值。忽略高斯密度低于阈值的网格点
默认值:1.00000000E-006
IN_MEMORY
在约束的初始形成过程中,预计算Becke约束产生的梯度,并将其存储在内存中。与限制、内存密集型结合使用。如果未计算力,则不会执行任何操作。
默认值:FALSE
SHOULD_SKIP
若网格点距离所有约束原子的GLOBAL_CUTOFF更远,则直接移动到下一个网格点,从而节省计算资源
默认值:FALSE
DUMMY_ATOMS
定义一组额外的原子,仅计算原子CDFT电荷。不能包含在节ATOM_GROUP中的任何约束原子
ATOMS
指定DUMMY_ATOMS组中包含的原子列表
OUTER_SCF
同SCF->OUTER_SCF
PROGRAM_RUN_INFO
同PRINT->PROGRAM_RUN_INFO
STRENGTH
约束力常数(拉格朗日乘数)
λ
⃗
\vec\lambda
λ。为每个约束组指定一个值
默认值:0.00000000E+000
TARGET
约束目标值
N
c
N_c
Nc。为每个约束组指定一个值。目标值是定义约束的原子上所需的价电子数、自旋矩或α或β电子数,如果采用两组原子之间的相对约束,则适当乘以原子系数。请注意,核心电荷不会从目标值中减去
默认值:0.00000000E+000
TYPE_OF_CONSTRAINT
指定所用约束的类型。
默认值:NONE
BECKE
BECKE约束。
HIRSHFELD
高斯Hirshfeld约束。部分实施:不使用力。没有经过广泛测试
NONE
没有约束
EPS_DEFAULT
尝试将所有EPS_xxx设置为可使能量校正达到EPS_DEFAULT的值
默认值:1.00000000E-010
EXTRAPOLATION
波函数的外推策略,例如MD。并非所有选项都适用于所有模拟方法。建议使用PS和ASPC,另请参见EXTRAPOLATION_ORDER。
默认值:ASPC
ASPC
始终稳定的预测-校正,类似于PS,但倾向于MD稳定性,而不是初始猜测精度(不适用于K点)
PS
密度矩阵乘以重叠矩阵的高阶外推(不适用于K点)
EXTRAPOLATION_ORDER
PS或ASPC外推顺序(通常为2-4)。更高的阶数可能带来更高的精度,但对于大型系统来说,也需要付出一定的代价。在某些情况下,高阶外推不稳定,需要降低阶数
默认值:3
METHOD
指定应采用的电子结构方法
默认值:GPW
AM1
AM1半经验
DFTB
基于密度泛函的紧约束
GAPW
高斯和增广平面波方法
GAPW_XC
仅适用于XC的高斯和增广平面波方法
GPW
高斯和平面波方法
LRIGPW
恒等式方法的局部分解
MNDO
MNDO半经验
MNDOD
MNDO-d半经验
OFGPW
无轨道GPW方法
PDG
PDG半经验
PM3
PM3半经验
PM6
PM6半经验
PM6-FM
PM6-FM半经验
PNNL
PNNL半经验
RIGPW
HXC项的恒等式分解方法
RM1
RM1 半经验
XTB
GFN xTB扩展紧密绑定
SE
建立半经验方法所需的参数
COULOMB
SE计算中库仑项评估的设置参数
CUTOFF
计算库仑积分的原子截止半径截止。对于非周期计算,默认值正好是完整单元维度,以便评估所有对交互。相反,对于定期计算,使用默认数值。
默认值:1.20000000E+001
默认单位:[angstrom]
EXCHANGE
SE计算中交换项和核心哈密顿项评估的设置参数
CUTOFF
用于计算交换积分的原子截止半径截止。对于非周期计算,默认值正好是完整单元维度,以便评估所有对交互。相反,对于定期计算,默认值是单元格尺寸的1/4和输入中指定的值(明确定义或默认数值)之间的最小值。
默认值:1.20000000E+001
默认单位:[angstrom]
RESTART_FILE_NAME
同WFN_RESTART_FILE_NAME
SCF
自洽场运行参数
https://baike.baidu.com/item/%E9%87%8F%E5%AD%90%E5%8A%9B%E5%AD%A6%E7%9A%84%E8%87%AA%E6%B4%BD%E5%9C%BA%E8%BF%91%E4%BC%BC%E6%B3%95
自洽场方法(self-consistent field method, SCF),即自洽场近似法,是量子力学中迭代求解多粒子系统薛定谔方程的基本方法。其基本思想是首先按照某种方法给出波函数的一个估计,然后利用这个估计来计算电子密度,再通过电子密度来得到哈密顿量中与粒子间相互作用有关的项,再进行薛定谔方程的求解得到一组改进的估计。很多情况下,自洽场方法一词也用于直接指代哈特里-福克方法。
CHOLESKY
如果cholesky方法应用于计算S的倒数,在这种情况下调用哪个Lapack例程
默认值:RESTORE
INVERSE
RESTORE使用三角矩阵的逆相乘运算符
INVERSE_DBCSR
与INVERSE类似,但矩阵存储为dbcsr,可能时使用sparce矩阵代数
OFF
没有使用cholesky算法
REDUCE
调用Reduce
RESTORE
Reduce被两个restore替换
EPS_LUMO
lumo能量计算的目标精度
EPS_SCF
SCF收敛的目标精度
MAX_ITER_LUMOS
lumo计算的最大迭代次数
默认值:299
MAX_SCF
为一个优化执行的最大SCF迭代次数,默认值50
OT
设置轨道变换(OT)方法的各种选项。默认设置已经提供了一种高效而健壮的方法。大多数系统受益于使用完整的预处理器和较小的能量差(0.001)。良好的系统可能会受益于使用DIIS最小化。优点:它的速度很快,因为没有昂贵的对角化执行。如果预处理正确,方法可以保证找到最小值。缺点:对预处理敏感。一个好的预处理程序可能是昂贵的。无涂抹,或高级SCF混合可能:金属系统收敛性差。
ALGORITHM
用于OT的算法
默认值:STRICT
IRAC
基于轨道变换的近似同余变换(OT/IR)的迭代求精。
STRICT
严格正交性:基于泰勒或对角化的算法
MINIMIZER
与OT方法一起使用的最小值,默认值CG
CG
共轭梯度:最可靠,用于困难系统。如果线搜索是适当的,总能量应该在每个OT CG步骤减少。
DIIS
迭代子空间中的直接反演:可靠性不如CG,但有时快50%左右
N_BROYDEN
同N_HISTORY_VEC
N_DIIS
同N_HISTORY_VEC
N_HISTORY_VEC
与DIIS或BROYDEN一起使用的历史向量数
NDIIS
同N_HISTORY_VEC
PRECONDITIONER
用于所有最小化方案的预条件类型。它们在有效性、建设成本、应用成本上都有所不同。适当的预处理最小化可以比什么都不做快几个数量级.此关键字不能重复,它只需要一个关键字
默认值:FULL_KINETIC
FULL_ALL
最有效的基于对角化的状态选择预条件器要求能隙参数低估HOMO-LUMO能隙。该预处理器适用于几乎所有系统,但make_preconditioner将主导总计算成本的大型系统除外。
FULL_KINETIC
Cholesky的S和T反演,构造速度快,鲁棒性强,相对较好,适用于非常大的系统
FULL_SINGLE
基于H-eS对角化,虽然不如FULL_ALL好,但应用起来要便宜一些。
FULL_SINGLE_INVERSE
基于H-eS-cholesky反演,在预处理效率上类似于FULL-u-SINGLE,但构造成本较低,鲁棒性较差。建议用于大型系统
FULL_S_INVERSE
Cholesky的S反转,不如FULL_KINETIC好,但同样昂贵
NONE
跳过预处理
OUTER_SCF
控制外部SCF环路的参数
CDFT_OPT
控制仅与基于CDFT的约束兼容的优化方法的参数(即CDFT SCF处于活动状态)。具体而言,本节定义了Broyden和Newton优化器的控制参数。
CONTINUE_LS
继续回溯线搜索,直到达到最大步长或CDFT梯度的范数不再减小。默认(false)行为在渐变减小的第一步退出直线搜索过程
默认值:FALSE
FACTOR_LS
回溯线搜索的控制参数。在每一次行搜索迭代中,步长都会减少这个因子。值必须介于0和1之间(独占)。
默认值:5.00000000E-001
JACOBIAN_FREQ
定义控制显式雅可比矩阵构建频率的参数,这是某些优化器所需要的。需要两个值。第一个值确定有多少连续的CDFT SCF迭代应跳过重建,而后一个值确定有多少MD步骤。这些值可以是零(表示永不重建)或正。两个值都不能为零
默认值: 1 1
JACOBIAN_RESTART
使用关键字Jacobian_vector定义的向量重新启动逆Jacobian。
默认值:FALSE
JACOBIAN_STEP
用于计算有限差分逆雅可比矩阵的步长。所有约束需要一个值,或每个约束需要一个值
默认值:5.00000000E-003
JACOBIAN_TYPE
有限差分法用于计算某些优化器所需的逆雅可比矩阵。仅与CDFT约束兼容
默认值:FD1
####### FD1
一阶正向差(每个约束一个额外的能量评估)
####### FD1_BACKWARD
一阶向后差(每个约束一个额外的能量评估)
####### FD1_CENTRAL
一阶中心差(每个约束有两个额外的能量评估)
####### FD2
二阶正向差(每个约束两个额外能量评估)
####### FD2_BACKWARD
二阶向后差(每个约束有两个额外的能量评估)。
MAX_LS
要执行的回溯行搜索步骤的最大数目
默认值:5
EPS_SCF
外部SCF变量的目标梯度。请注意,内环的EPS_SCF还决定了在外环中可以达到的值,通常外环的EPS_SCF必须小于或等于内环的EPS_SCF
默认值:1.00000000E-005
EXTRAPOLATION_ORDER
变量外推过程中使用的过去状态数,例如MD
默认值:3
MAX_SCF
外部循环的最大数量
默认值:50
OPTIMIZER
将外循环到固定点的方法
默认值:NONE
BISECT
梯度的二等分,适用于困难的一维情况
BROYDEN
BROYDEN方法。BROYDEN_TYPE中定义的变量。
DIIS
在迭代子空间方法中使用直接反演
NEWTON
牛顿法。仅与CDFT约束兼容
NEWTON_LS
牛顿法用回溯线搜索法寻找最优步长。仅与CDFT约束兼容。从常规牛顿解开始,依次减小步长,直到CDFT梯度的L2范数减小或达到最大步长。可能非常昂贵,因为每次迭代都会执行完整的SCF计算。
NONE
不执行任何操作,仅对none类型有用
SD
在渐变方向上采取步长,乘以步长大小
SECANT
割线法。仅适用于一维情况。参见Broyden,了解多维情况
STEP_SIZE
优化器中使用的初始步长(当前最陡下降)。注意,在寻找sadle点(约束DFT)的情况下,这可能是负数。对于Newton和Broyden优化器,使用小于/大于默认值1.0的值(在绝对值中,符号不重要)来激活欠宽/超宽优化器。
默认值:5.00000000E-001
TYPE
指定应使用哪种类型的外部SCF
默认值:NONE
BASIS_CENTER_OPT
如果定义了FLOATING_BASIS_CENTER 类型,则优化基函数的位置
CDFT_CONSTRAINT
对通用CDFT权重填充强制实施约束。需要相应的QS和CDFT部分,该部分确定所使用的重量类型。
DDAPC_CONSTRAINT
在DDAPC上强制执行约束,需要相应的节
S2_CONSTRAINT
对S2强制执行约束,需要相应的节
NONE
在外循环中不执行任何操作,这有助于重置内循环
在SCF期间打印信息。
RESTART
控制SCF期间MO重新启动文件的转储。默认情况下,保留三次重新启动的简短历史记录。另请参阅重新启动历史记录
OFF关闭
同OPTIMIZE_INPUT - > RESTART
SCF_GUESS
更改波函数的初始猜测,默认值ATOMIC
ATOMIC
使用原子代码生成原子密度
RESTART
使用RESTART文件作为初始猜测(如果不存在,则使用ATOMIC)。
SPIN_POLARIZED
同UKS
UKS
要求使用α和β轨道进行自旋极化计算,即不应用自旋限制
默认值:.FALSE.
UNRESTRICTED_KOHN_SHAM
同UKS
WFN_RESTART_FILE_NAME
wavefunction重新启动文件的名称,可能包括路径。如果未指定任何文件,则默认情况下打开由wfn重新启动打印密钥生成的文件。
XC
计算交换关联势所需的参数
HF
设置Hartree Fock参数
FRACTION
要添加到总能量中的Hartree Fock分数。如果与XC_FUNCTIONAL NONE一起使用,则1.0表示标准Hartree Fock。注:在混合电势计算中,应将其设置为1.0,否则所有部分均乘以该系数
INTERACTION_POTENTIAL
如果需要,设置交互电势
CUTOFF_RADIUS
确定截断的1/r电位的截止半径。仅在执行截断计算时有效
默认单位:angstrom
POTENTIAL_TYPE
应使用哪种相互作用势(库仑、长程或短程)
默认值:COULOMB
####### COULOMB
库仑势: 1/r
####### GAUSSIAN
阻尼高斯势: exp(-omega2*r2)
####### IDENTITY
重叠
####### LONGRANGE
长程势: erf(omegar)/r
####### MIX_CL
混合库仑势和长程势: 1/r + erf(omegar)/r
####### MIX_CL_TRUNC
截断混合库仑势和长程势,假设/要求erf在R_c完全衰减
####### MIX_LG
混合高斯势和长程势: erf(omegar)/r + exp(-omega2*r2)
####### SHORTRANGE
短程势: erfc(omegar)/r
####### TRUNCATED
截断库仑势: if (r < R_c) 1/r else 0
T_C_G_DATA
文件t_c_g.dat的位置,其中包含用于计算截断gamma函数的数据
默认值:T_C_G.DAT
MEMORY
如果需要,为ERI的存储设置内存参数
SCREENING
设置筛选参数
EPS_SCHWARZ
使用给定阈值的Schwarz 不等式来筛选电子排斥积分的近场部分
默认值:1.00000000E-010
SCREEN_ON_INITIAL_P
在初始密度矩阵上筛选。对于第一个MD步骤,必须通过重新启动文件提供此矩阵
默认值:FALSE
VDW_POTENTIAL
本节将所有可能的额外色散校正合并到正常XC泛函中。这可以是更多的泛函或简单的经验对势
POTENTIAL_TYPE
分散类型/vdW功能或使用电位
默认值:NONE
NONE
无色散/范德华函数
NON_LOCAL
非局部范德华密度泛函
PAIR_POTENTIAL
对势范德华密度泛函
PAIR_POTENTIAL
用于计算色散的对电势信息
CALCULATE_C9_TERM
计算DFT-D3模型中的C9项
默认值:FALSE
LONG_RANGE_CORRECTION
计算DFT-D3模型的长程修正
默认值:FALSE
PARAMETER_FILE_NAME
参数文件的名称,可能包括路径
REFERENCE_C9_TERM
使用参考配位数计算DFT-D3模型中的C9项
默认值:FALSE
REFERENCE_FUNCTIONAL
使用此特定密度泛函的参数。有关可用的D3和D3(BJ)参数,请参见:https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/dft-d3/dft-d3
TYPE
电位类型
默认值: DFTD3
####### DFTD2
Grimme D2法
####### DFTD3
Grimme D3法(零阻尼)
####### DFTD3(BJ)
Grimme D3法(Becke-Johnson阻尼法)
XC_FUNCTIONAL
使用的XC函数
参数
默认值:NO_SHORTCUT
B3LYP
BEEFVDW
BLYP
使用BLYP函数
BP
HCTH120
LDA
同PADE
NONE
NO_SHORTCUT
OLYP
PADE
PBE
使用PBE函数
PBE0
TPSS
PBE
使用PBE函数
SCALE_C
缩放函数的相关部分
默认值:1.00000000E+000
SCALE_X
缩放函数的交换部分
默认值:1.00000000E+000
PBE_HOLE_T_C_LR
构造库仑势中的PBE交换孔模型
CUTOFF_RADIUS
定义下积分边界的截止点
默认值:5.29177209E-001
默认单位:angstrom
SCALE_X
缩放函数的交换部分
默认值:1.00000000E+000
XC_GRID
在晶格计算xc所需参数
XC_DERIV
计算导数的方法
SPLINE2_SMOOTH
spline2平滑算法
XC_SMOOTH_RHO
密度平滑
NN10
METHOD
计算力或能量的方法
默认值:QS
FIST
分子力学
MIXED
结合使用上述两种方法
QuickStep
电子结构方法(DFT密度泛函理论)
QS
同QuickStep
MIXED
本节包含使用由力的混合定义的哈密顿量运行的所有信息
GENERIC
两个或多个力值之间的用户驱动联轴器。
ERROR_LIMIT
检查计算导数的误差是否不大于设定值;如果错误较大,则会打印一条警告消息。
默认值:1.00000000E-012
MIXING_FUNCTION
指定数学表示法中的混合函数形式
VARIABLES
定义函数形式的变量。为了实现有效的映射,能量变量的顺序将被视为与力值顺序列表中力值的顺序相同
GROUP_PARTITION
给出每组处理器的确切数量。如果未指定,则为指定的子资源分配的处理器将平均分配,并尝试构建与指定的子资源数量相等的组
MAPPING
定义不同force_eval与混合force_eval的原子映射。默认情况下,原子索引之间的映射为1-1(即所有力值共享相同的几何结构)。该映射基于定义碎片以及在多个力值和混合力值之间映射碎片
FORCE_EVAL
定义每个force_eval的片段和映射(需要提供一个整数索引(ID)作为参数)
FORCE_EVAL 后面需加索引 如1
DEFINE_FRAGMENTS
通过force_eval_mixed的片段指定force_eval的片段定义。这避免了对力_eval片段的迂腐定义,假设指定force_eval片段的顺序与提供的整数序列相同。与单个片段的规范相比,应该更易于使用。
FORCE_EVAL_MIXED
定义混合力评估(参考)的片段
FRAGMENT
片段定义
FRAGMENT 后面加片段号 如1
下面必须提供定义一个片段的起始和结束原子索引
如1 60
MIXING_TYPE
拟采用的混合类型
默认值:LINEAR_COMBINATION
GENMIX
定义用户驱动的generica耦合(支持无限数量的强制评估)
LINEAR_COMBINATION
力环境的线性组合(仅支持2个力评估)
MM
分子力学参数
FORCEFIELD
力场参数
分子力场简介:
http://blog.sciencenet.cn/blog-355217-279691.html
BEND
指定MM系统的弯曲电位
ATOMS
定义折弯中涉及的原子种类
K
定义电势的力常数
默认单位:[rad^-2*hartree]
KIND
定义弯曲电位的类型,同BOND->KIND
THETA0
定义平衡角。
默认单位:[rad]
BOND
指定键电位
ATOMS
定义键中涉及的原子种类。
K
定义电势的力常数。对于莫尔斯势,预计有2个数。对于四次势,预计有3个数。
KIND
定义键的类型
默认值: CHARMM
CHARMM
函数形式(CHARMM|AMBER):K*(R-R0)^2
HARMONIC
函数形式(HARMONIC| G87):1/2K(R-R0)^2
R0
定义平衡距离
CHARGE
原子电荷
ATOM
原子类型
CHARGE
电荷
EI_SCALE14
静电的比例因子1-4
PARM_FILE_NAME
指定力场参数文件
parmtype
指定力场参数文件的类型
AMBER
AMBER类型 ,具体可参考:https://blog.csdn.net/zhuyong0000/article/details/109150174
CHM
CHARMM 格式
https://www.charmmtutorial.org/index.php/CHARMM_Tutorial
NONBONDED
无边界作用
EAM
嵌入原子势
http://www.docin.com/p-773915840.html
对于过渡金属和半导体,体系的总能量并不适合用二体势来描述。其中很重要的一个原因是二体 势对于体原子和表面原子等同处理,而在实际情况中,通常是表面原子形成的键比较少,但是每 个键比较强,所以引入嵌入原子势
ATOMS
EAM的原子类型
PARM_FILE_NAME
指定EAM的文件
件结构:文件的第一行包含标题。
第二行包含:原子序数、质量和晶格常数。这些信息在CP2K中被解析,但未在CP2K中使用。
第三行包含:dr:密度和phi表列值的r增量(假设r从0开始)[angstrom];drho:嵌入函数表列值的密度增量(假设rho从0开始)[au_c];cutoff:EAM电位的截止;npoints:表格中的点数。
下面为npoints行rho[au_c]及其导数[au_cangstrom^-1];
npoints行PHI[ev]及其导数[evangstrom^-1];
npoin行嵌入函数[ev]及其导数[ev*au_c^-1]
GENPOT
本节指定泛型潜在类型的输入参数。指定了函数形式。可识别的数学运算符为+、-、*、/、**或^,而括号的符号必须为()。函数解析器识别(单参数)Fortran 90内部函数abs、exp、log10、log、sqrt、sinh、cosh、tanh、sin、cos、tan、asin、acos、atan、erf、erfc。内部函数的解析不区分大小写。
ATOMS
定义泛型势所涉及的原子种类
FUNCTION
以数学表示法指定函数形式。
PARAMETERS
定义函数式的参数
RCUT
定义通用电势的截止参数
默认值:1.00000000E+001
默认单位:[angstrom]
VALUES
定义函数的参数值
VARIABLES
定义函数形式的变量。
LENNARD-JONES
兰纳-琼斯势参数V® = 4.0 * EPSILON * [(SIGMA/r)^12
-(SIGMA/r)^6]
ATOMS
原子类型
EPSILON
EPSILON参数 [K_e]单位 电子伏特
SIGMA
SIGMA参数 [angstrom]单位 埃 1/10纳米
RCUT
截断距离 (相互作用力距离是有限的)
https://www.zhihu.com/question/22369389
SPLINE
分子键
EMAX_SPLINE
分子键最大电势
EPS_SPLINE
指定用于选择样条曲线中使用的点数的阈值(将样条曲线值与分析计算值进行比较)
VDW_SCALE14
van der Waals fandewaer范德华力(范德瓦尔斯力)缩放因子
存在于中性分子或原子之间的一种弱碱性的电性吸引力https://baike.baidu.com/item/%E5%88%86%E5%AD%90%E9%97%B4%E4%BD%9C%E7%94%A8%E5%8A%9B/1852794?fromtitle=%E8%8C%83%E5%BE%B7%E5%8D%8E%E5%8A%9B&fromid=1134010&fr=aladdin
MM的打印选项
DIPOLE
控制偶极子计算的部分。请注意,周期情况下的结果可以定义为模特定周期,由晶格向量确定。在MD期间,这可能导致跳跃
偶极矩=电荷偏移量中心偏移距离
\mu=qd
Dipole moment,偶极矩表征分子极性的物理量。极性相似相溶原理,就是利用极性分子之间的相互作用,使极性分子之间组成互溶的溶液体系。说的宽点的,就是极性还是评估非线性光学材料的一个重要指标,包括了 极化率,超极化率,二阶超极化率等。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/340819773
EACH
同COMPARE_ENERGIES->EACH
FILENAME
控制输出文件名
PERIODIC
使用贝里相位公式(PERIODIC=T)或简单运算符(PERIODIC=F)。后者通常要求单元格是周期性的。
默认值:FALSE
FF_INFO
力场信息的打印设置
FF_PARAMETER_FILE
力场参数文件的打印设置
POISSON
泊松分布
EWALD
埃瓦尔德参数,用于计算化学中计算长程力
https://www.beichengjiu.com/computerscience/340785.html
https://wenku.baidu.com/view/867a6fc5fad6195f302ba660.html#
埃瓦尔德求和将相互作用势表示为两部分之和
φ
(
r
)
=
d
e
f
φ
s
r
(
r
)
+
φ
e
l
l
r
(
r
)
\displaystyle \varphi (\mathbf {r} ) {\stackrel {\mathrm {def} }{=}} \varphi _{sr}(\mathbf {r} )+\varphi _{ell r}(\mathbf {r} )
φ(r)=defφsr(r)+φellr(r)
其中
φ
s
r
(
r
)
{\displaystyle \varphi _{sr}(\mathbf {r} )}
φsr(r)长程力,
φ
e
l
l
r
(
r
)
\varphi _{ell r}(\mathbf {r} )
φellr(r)短程力
EWALD_TYPE
埃瓦尔德类型
NONE
现实空间的库伦电势
PME
粒子网格埃瓦尔德
SPME
使用beta-Euler样条曲线的平滑粒子网格
ALPHA
埃瓦尔德中的alpha,就是电荷分布高斯函数
ρ
(
i
)
=
q
i
α
3
π
3
/
2
e
x
p
(
−
α
2
r
2
)
\rho \left ( i \right )=\frac{q_{i}\alpha ^{3}}{\pi ^{3/2}}exp\left ( -\alpha ^{2}r^{2} \right )
ρ(i)=π3/2qiα3exp(−α2r2)
中的alpha,alpha越大收敛越快
GMAX
网格点数(SPME和EWALD)。 如果指定一个数字,则网格上所有三个方向都使用相同的点数。如果给出三个数字,则每个方向可以具有不同的点数。点数需要可FFT(取决于 对于EWALD,使用奇数。最佳数量取决于例如 Alpha和单元格的大小 通常每埃1点
O_SPLINE
贝塔-欧拉样条曲线的阶数(仅限SPME)
默认值:6
MT
设置Martyna Tuckerman poisson解算器的参数。请注意,只有当晶胞是电荷密度的两倍大时,才能保证精确的结果(如果晶胞小得多,则会产生严重的伪影)。
ALPHA
收敛参数ALPHA*RMIN。
默认值:7.0
REL_CUTOFF
在MULTI_GRID部分中指定截断关键字的乘法因子。结果给出了计算1/r非周期FFT3D的截止值。
默认值:2.0
PERIODIC
周期性边界条件限制方向,周期性边界条件PBC(Periodic boundary conditions ),使处于边界处的原子受力比较全面,从而消除边界效应
https://baike.baidu.com/item/%E5%91%A8%E6%9C%9F%E6%80%A7%E8%BE%B9%E7%95%8C%E6%9D%A1%E4%BB%B6
NONE
无周期性边界条件
POISSON
同POISSON_SOLVER
POISSON_SOLVER
指定用于求解泊松方程的解算器类型
默认值:PERIODIC
PERIODIC
WAVELET
PSOLVER
同POISSON_SOLVER
要输出且对所有方法通用的属性
FORCES
除了没有FORMAT 其他同MOTION / PRINT / FORCES
GRID_INFORMATION
控制PW和RS网格结构相关信息的打印
PROPERTIES
设置属性计算
RESP
RESP拟合静电势电荷。当使用周期泊松解算器和周期单元时,使用周期RESP例程。如果Hartree势与孤立系统(即孤立Poisson解算器和大型非周期单元)中的一个相匹配,则自动使用非周期RESP例程。所有约束都是和谐的!
原理参考:
https://www.cp2k.org/howto:resp
http://sobereva.com/441
CONSTRAINT
指定拟合电荷的线性约束。这可用于为等效原子提供相等的值
atom_list 总和c_i * q_i = t
ATOM_LIST
定义此约束中涉及的原子的列表
EQUAL_CHARGES
原子列表中的所有原子都被约束为具有相同的电荷。当使用这个关键字时,不需要设置TARGET和ATOM COEF,它们将被忽略。可以重复约束部分,而不是使用此关键字。
指定RESP代码的可能打印选项部分
V_RESP_CUBE
控制将RESP费用生成的电势打印到格点文件。打印相对均方根(RRMS)和均方根(RMS)误差
SPHERE_SAMPLING
指定用于对分子结构(即不涉及曲面的系统)的RESP拟合点进行采样的参数。拟合点在原子周围的球体中采样。壳体中由rmin和rmax定义的所有网格点均可用于装配。默认情况下,rmin为vdW半径,rmax=100.0*vdW_半径,可由以下关键字覆盖。
RMAX_KIND
指定拟合点与给定类型的原子之间的最大距离
RMIN_KIND
指定拟合点与给定类型原子之间的最小距离
STRIDE
(X、Y、Z)用于写入格点文件(cube file)(值越大,生成的格点文件越小)。您可以提供3个数字(X、Y、Z)或1个对所有组件有效的数字。
默认值:2 2 2
STRESS_TENSOR
控制应力张量的计算。并非所有方法都实现以下定义的组合
ANALYTICAL
分析计算应力张量(如果可用)。
SUBSYS
系统
CELL
分子
ABC
斜方晶指定正交单元的h矩阵的对角元素。
非斜方晶指定角度ALPHA, BETA, GAMMA
(指定晶包大小边界)
MULTIPLE_UNIT_CELL
指定所定义单元在空间(X、Y、Z)中的重复次数(假设它是单位单元)。此关键字仅影响单元格规范。应修改SUBSYS%TOPOLOGY%MULTIPLE_UNIT_CELL单元中的同一关键字,以影响坐标规范。
默认值:1 1 1
PERIODIC
周期性边界条件限制方向
同POISSON->EWALD->PERIODIC
COLVAR
指定广义坐标性质
https://www.zhihu.com/question/318224849/answer/642102186
打印广义坐标性质
TORSION
扭转
ATOMS
定义扭转的原子/点的索引
对CHARMM 格式,查看pdb文件中序号对应原子类型
COORD
坐标
UNIT
单位
angstrom
埃
KIND
原子类型
BASIS_SET
高斯基组类型
POTENTIAL
赝势的类型
打印subsys信息
TOPOLOGY_INFO
打印拓扑信息
AMBER_INFO
AMBER拓扑文件信息
TOPOLOGY
指定拓扑结构
CENTER_COORDINATES
允许在框中对系统坐标进行居中。中心点可由用户定义
CHARGE_BETA
从PDB文件的BETA字段中读取MM电荷
CONN_FILE_FORMAT
确定和生成分子的方法。 默认是使用GENERATE
AMBER
使用AMBER拓扑文件读取连接性(从AMBER V.7开始兼容)
GENERATE
使用简单的距离标准(查看关键字BONDPARM)
OFF
不产生分子
PSF
使用 PSF 文件确定连接性 (支持standard CHARMM/XPLOR 和EXT CHARMM)
CONN_FILE_NAME
指定包含分子连接性的文件名
CONNECTIVITY
同CONN_FILE_FORMAT
COORD_FILE_NAME
指定坐标文件名
COORD_FILE_FORMAT
坐标文件格式
默认值:OFF
CIF
通过CIF(Crystallographic Information File晶体信息文件)文件格式提供的坐标
CP2K
从外部文件中读取CP2K&COORD节格式的坐标。注意:此文件将被最新坐标覆盖。
CRD
通过 AMBER文件格式提供的坐标
G96
通过GROMOS96文件格式提供的坐标
OFF
输入文件的&COORD部分中读取的坐标
PDB
CHARMM 坐标格式
XTL
通过XTL(MSI native)文件格式提供的坐标
XYZ
通过XYZ文件格式提供的坐标
COORDINATE
同COORD_FILE_FORMAT
DUMP_PDB
控制PDB打印信息
DUMP_PSF
控制PSF打印信息
GENERATE
设置控制连接生成的关键字
BONDLENGTH_MAX
生成邻居列表以建立连接的最大距离
默认值: 3.00000000E+000
默认单位: [angstrom]
MULTIPLE_UNIT_CELL
指定所定义单元在空间(X、Y、Z)中的重复次数(假设它是单位单元)。此关键字仅影响坐标规范。应修改SUBSYS%CELL%MULTIPLE_UNIT_CELL单元中的同一关键字,以影响单元规范。
默认值:1 1 1
MOTION
运动
BAND
控制band算法运行参数
BAND_TYPE
band算法类型
IT-NEB
改进切线NEB方法
improved tangent nudged elastic band
NPROC_REP
并行的核数
NUMBER_OF_REPLICA
BAND使用的副本数,运行的时间越长需要的副本越多
OPTIMIZE_BAND
BAND优化参数
DIIS
迭代子空间中直接求逆参数
MAX_STEPS
优化的最大迭代次数
N_DIIS
使用的历史向量个数
DIIS利用之前步的信息来估算出最好(最接近收敛,亦即“误差”最小)的Fock矩阵
OPT_TYPE
优化算法类型
DIIS
迭代子空间中直接求逆
direct inversion in the iterative subspace
http://sobereva.com/44
http://sobereva.com/61
DIIS方法利用之前步的信息来估算出最好(最接近收敛,亦即“误差”最小)的Fock矩阵。下一步的Fock矩阵F_(n+1)由之前步的Fock矩阵线性组合而成,F_(n+1)=∑[i]c(i)*F_(i),c(i)是组合系数。
在SCF(自洽场)迭代中,由Fock矩阵F对角化获得新的系数矩阵C和轨道能{ε},然后构造密度矩阵D=C’C’^(T),其中C’为不含虚轨道的C矩阵,再由D构造新的Fock矩阵,反复进行直到收敛。
REPLICA
指定副本的坐标和速度
COORD
CONSTRAINT
约束
COLLECTIVE
用于约束整体自由度
COLVAR
指定要约束的colvar类型的索引(按输入文件顺序)。
INTERMOLECULAR
约束是否是分子间的
T
是分子间约束
F
不是分子间约束
RESTRAINT
指定Restraint约束替代Constrain约束
在分子模拟中,这两个词都表源示限制,但是意义不同。通俗点讲,受到 Restraint 的分子或zhi原子原则上可以运动;受到 Constraint 的分子原子原则上不能运动。
Restraint 通常的实现方法是给目标施加一个弹性势能,当目标偏离平衡位置时,弹性势能使目标恢复到平衡位置。Constraint 则直接使目标固定住,则施加无限大的弹性势能。
K
指定约束强度,是下面公式中的K
U(x)=K*(x-x0)^2
TARGET
指定受约束的集体变量的目标值(单位取决于colvar)
FIXED_ATOMS
原子位置约束
COMPONENTS_TO_FIX
指定约束
Z
只固定Z坐标
LIST
固定的原子列表
GEO_OPT
设置几何优化器的环境
OPTIMIZER
指定用于执行几何优化的方法
BFGS
最有效的最小化器,但仅适用于“小型”系统,因为它依赖于完整的黑森州Hessian 矩阵的对角化
CG
共轭梯度,鲁棒的最小化器(取决于线搜索)也适用于大型系统
LBFGS
适用于大型系统的有限内存BFGS变体。没有微调得那么好,但可以更健壮。
MAX_FORCE
当前配置的最大力的收敛准则。
MAX_ITER
指定几何优化步骤的最大数量。 一步可能意味着需要对CG和LBFGS优化器进行几次评估
RMS_FORCE
当前配置的均方根(RMS)力的收敛准则
MD
定义执行MD运行所需的整套参数
ANGVEL_TOL
最大可接受角速度。当系统为周期性时,此选项将被忽略。删除投射到外部旋转自由度上的速度分量。
默认单位:[au_t^-1*bohr]
ANGVEL_ZERO
将初始角速度设置为零。当系统为周期性或定义初始速度时,忽略此选项。从技术上讲,减去投射在外部旋转自由度上的随机初始速度部分。
默认值:FALSE
BAROSTAT
恒压器参数
PRESSURE
初始压力
默认单位:[bar]
TIMECON
恒压时间常数
默认单位:[fs]
(1飞秒只有1秒的一千万亿分之一,即1e^-15秒)
COMVEL_TOL
质心的最大可接受速度。对于Shell模型,如果MD%THERMOSTAT%REGION /= GLOBAL,comvel可能会漂移
默认单位:[au_t^-1*bohr]
ENSEMBLE
要用于MD传播的集合/积分器
默认值:NVE
NPE_I
使用各向同性晶体的恒压集成(无恒温器)
NVE
恒定能量(微正则)
NVT
恒定温度和体积(标准)
同MOTION->PRINT
RESPA
基于RESPA的多时间步集成(仅针对NVE实施)。RESPA利用多力量评估。在这种情况下,力评估的顺序将respa壳体的顺序从最慢的力评估映射到最快的力评估。如果force_eval共享相同的子系统,则在force_eval中指定多个force_eval列表中第一个索引对应的子系统就足够了。可用于加速经典和从头算MD模拟。
STEPS
要执行的MD步骤数,从step_start_val开始计算
默认值:3
STEP_START_VAL
MD的起始步长值
默认值:0
TIMESTEP
集成步骤的长度(如果RESPA是大TIMESTEP)
默认值:5.00000000E-001
默认单位:[fs]
TEMPERATURE
使用NVT中的NVT和NvK对速度进行初始化,并使用NVT中的NVT和NvK对速度进行初始化
默认值:3.00000000E+002
默认单位:[K]
THERMOSTAT
指定恒温器类型和控制恒温器的参数
NOSE
Nose Hoover恒温器链的参数
LENGTH
Nose-Hoover chain长度
默认值:3
MTS
要用于NoseHoover链的多个时间步数的数量
默认值:2
TIMECON
恒温器链的时间常数
默认单位:[fs]
YOSHIDA
用于恒温器的YOSHIDA积分器的顺序
默认值:3
在MD运行期间控制打印属性
ENERGY
控制ener文件的输出
EACH
同COMPARE_ENERGIES->EACH
FORCES
控制力的输出
输出参数同TRAJECTORY
PROGRAM_RUN_INFO
控制分子动力学过程中基本信息和摘要信息的打印
ADD_LAST
是否应添加最后一次迭代,是否应以符号形式(小写字母l)或迭代编号进行标记。并不是每个迭代级别都能够尽早识别最后一个迭代,以便能够输出。激活此关键字后,将检查最后一个迭代步骤的所有迭代级别
默认值:NUMERIC
NO
不要特别标记最后一次迭代
NUMERIC
用迭代编号标记最后一次迭代
SYMBOLIC
用小写字母l标记最后一次迭代
COMMON_ITERATION_LEVELS
在同一个文件中应该写入多少迭代级别(没有关于实际迭代级别的额外信息写入该文件)
默认值:0
EACH
同COMPARE_ENERGIES->EACH
RESTART
控制运行期间重新启动文件的转储。默认情况下,保留三次重新启动的简短历史记录
RESTART_HISTORY
在运行期间转储唯一的重新启动文件,保留所有文件。如果以后需要恢复最有用
OFF关闭
TRAJECTORY
控制轨迹的输出
SILENT:无log
ADD_LAST
是否应添加最后一个迭代,以及是否应使用符号(小写字母l)或迭代编号进行标记。 并非每个迭代级别都能够足够早地识别出最后一个迭代以能够输出。 激活此关键字后,将检查最后一个迭代步骤的所有迭代级别。
NUMERIC
用迭代编号标记上一个迭代
EACH
同COMPARE_ENERGIES->EACH
FILENAME
控制输出文件名的一部分。对于屏幕或标准记录器,使用_STD_OUT__(与此处所述完全相同)。使用filename获取projectname文件名。使用./filename获取文件名。文件名中始终添加中间名(如果存在)、迭代编号和扩展名。如果要避免使用=filename,则在这种情况下,文件名始终与键入的文件名完全相同。请注意,这可能会导致文件名冲突。
FORMAT
输出格式
默认值:XMOL
ATOMIC
仅将不带元素符号的坐标X、Y、Z写入格式化文件
DCD
将坐标(无元素标签)和单元信息写入二进制文件
DCD_ALIGNED_CELL
与DCD类似,但转储坐标指的是按照常见约定对齐的单元:单元向量a与x轴对齐,单元向量b位于xy平面。这仅允许从DCD数据重建缩放坐标。
PDB
PDB格式
XMOL
通常称为XYZ格式,在格式化文件中提供:元素\符号X Y Z
XYZ
同XMOL
VELOCITIES
控制速度的输出。速度的默认单位是bohr/au_time。au_time由hbar值(1.054e-34 J*sec)和hartree能量单位值(27.21 eV或4.359e-18 J)得出,hbar/Ehartree=2.42e-17 sec=0.0242 fs。如果原子的质量为m(单位:AMU),则动能为1/2mv^2(单位:Hartree(即au))乘以911.447。
输出参数同TRAJECTORY
MULTIPLE_FORCE_EVALS
描述如何处理多个强制求值
FORCE_EVAL_ORDER
指定不同力值的顺序。使用混合力评估时,无需在此列表中指定,因为它只考虑实际能量贡献
默认值:1
MULTIPLE_SUBSYS
指定force_eval是否具有不同的子系统。如果它们共享相同的子系统,则只需在混合力评估(如果使用混合)或与上一顺序的第一个力评估相对应的力评估(如果不使用混合)中指定。
默认值:false
OPTIMIZE_INPUT
描述一个输入优化作业,其中输入文件中的参数得到优化
ACCURACY
优化中要求的最终精度(RHOEND)
默认值:1.00000000E-005
FORCE_MATCHING
指定力匹配输入
COMPARE_ENERGIES
拟合与参考能量的比较
EACH
本节指定打印此属性的频率。本节中的每个关键字都映射到特定的迭代级别,并且在计算过程中,这些关键字的值都与迭代级别匹配。如何处理最后一次迭代在ADD_last中单独处理(这意味着每个迭代级别(MD、GEO_OPT等)虽然等于0,但可能会打印最后一次迭代)。如果指定了计算流中不存在的迭代级别,则忽略它
GEO_OPT
几何优化步骤的迭代级别
比如 100,表示每100次迭代打印一次
MD
MD步骤的迭代级别。
默认值:1
POWELL_OPT
基于POWELL的优化步骤的迭代级
默认值:1
QS_SCF
SCF步骤的迭代级别
默认值:1
ENERGY_WEIGHT
能量RMSD与力RMSD的相对重量
默认值:1.00000000E-001
FRAME_START
从参考轨迹开始使用的起始帧
默认值:1
GROUP_SIZE
给出工作组的首选大小,组将始终等于或大于此大小。通常,这应考虑每个插槽的内核数,以获得良好的性能
默认值:6
OPTIMIZE_FILE_NAME
包含要优化的参数的输入文件的文件名
REF_FORCE_FILE_NAME
参考力的文件名(还应包含能量)
REF_TRAJ_FILE_NAME
参考坐标的文件名
SHIFT_QM
计算能量RMSD之前应用的参考能量的偏移
默认值:0
SHIFT_MM
计算能量RMSD之前应用的拟合能量的偏移。
默认值:0
HISTORY
写入函数值和参数的历史记录
EACH
同COMPARE_ENERGIES->EACH
MAX_FUN
函数求值迭代的最大数目
默认值:5000
METHOD
执行什么样的输入优化
默认值:FORCE_MATCHING
FORCE_MATCHING
执行力匹配最小化优化
RESTART
写入可用于重新启动的输入文件
BACKUP_COPIES
指定备份副本的最大索引。
默认值:3
COMMON_ITERATION_LEVELS
在同一个文件中应该写入多少迭代级别(没有关于实际迭代级别的额外信息写入该文件)
默认值:1
EACH
同COMPARE_ENERGIES->EACH
FILENAME
控制输出文件名的部分。
STEP_SIZE
搜索算法的初始步长(RHOBEG)
默认值:5.00000000E-002
VARIABLE
定义变量及其标签的初始值
FIXED
这个变量是固定的还是应该优化。
默认值:false,即需要优化
LABEL
OPTIMIZE_FILE_NAME 输入文件中使用的标签,即${label}将替换为value指定的值
VALUE
变量的初始值