jupyter notebook中的R内核嵌入
anaconda下将R内核嵌入jupyter notebook
1、参考的第一种方法
-
利用anaconda进行安装
- 安装R的命令:conda install -c r r-essentials,使用这个命令可以直接将R下载并嵌入jupyter notebook中,此外还能对R的各种包进行管理,可谓是一举多得。
- 安装RStudio的命令:conda install -c r rstudio
安装R的包:conda install -c r r-vcd,以安装vcd包为例 - 删除R的包:conda remove r-vcd,以删除vcd包为例
- 更新R的包:conda update r-vcd, 以更新vcd包为例
2、参考的第二钟方法
1. R安装
使用conda安装R时,最好先使用conda create创建独立的运行的环境,这样不会由于不同程序的依赖关系而导致冲突;此外对于一些依赖关系复杂R包,其安装可能会破坏原有的R包环境,这时也可以新建一个conda环境
conda info --envs # 查看目前的conda环境
conda create -n R3.5 # 创建名为R3.5的环境
source activate R3.5 #激活R3.5环境
conda install r-base=3.5.1 #安装R 指定为R版本为3.5.1
conda deactivate # 退出当前环境
conda remove --name R3.5 --all #移除R3.5环境
2. R包的安装
安装好R包以后,下面可以进行R包安装。R包安装通常会遇到当前channel找不到R包的情况,这时可以使用anoconda进行搜索对应R包的channel;如果还是没有合适的,可以尝试运行R程序,使用install.package()或者BiocInstaller::biocLite("")直接安装该R包。
source activate R3.5
conda install r-ggplot2#R包通常需要以r-开头
anaconda search -t conda r-ggplot2#若无法找到可以使用该命令搜索对应R包,此处的anaconda是原始conda的路径,而非R3.5环境下的
anaconda show BioBuilds/r-ggplot2 #显示该包的chanel
conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2 #根据anaconda show进行安装
#install.packages(ggplot2)
#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
# install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("deseq2")
参考链接:如何使用conda安装R和R包.