python---VTK---ITK

ITK+VTK+Python的整合及例子程序

原创 2014年07月31日 14:49:05

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配置： VS2008（32-bit）

Python2.7.8（32-bit）

Cmake 3.0

ITK4.5.2

VTK 版本要求5.9及其以上

注意: 和Python结合建议使用VS2008，在VS2010中有可能编译不通过，博主经过多次试验发现在VS2010中总是报错。 

一，前期准备

1.1 安装VS2008

1.2 安装Cmake

1.3 安装Python2.7.8

1.4 安装VTK 5.10（方法见之前的一篇博文）

1.5 下载pygccxml并安装：下载好以后使用Python 命令运行pygccxml文件夹中的setup.py文件。

1.6 下载ITK源码

新建一个目录#ITK_SOUCCE#，将itk下载到该目录下并且解压到当前文件夹。例如，如果#ITK_SOUCCE#=D:\ITK_source，那么解压后ITK的源文件放在了这个目录下面：D:\ITK_source\InsightToolkit-4.5.2

1.7 新建两个文件夹

存放cmake产生的ITK项目文件#SOLUTION_PATH#

存放编译成功后的bin,lib，include等文件#BUILD_OUTPUT#

例如，我的设置是#SOLUTION_PATH#=C:\IVTK\ITK32Py_install

#BUILD_OUTPUT# =C:\IVTK\ITK32Py

二，Cmake中的设置

where is the source code 选择#ITK_SOUCCE#/InsightToolkit-4.5.2

where to build the binaries 选择#SOLUTION_PATH#

编译器选择VS 2008

等待Configure完成。

cmake的选项中将BUILDTESTING和BUILD EXAMPLES不选。

勾选BUILD_SHARED_LIBS.

勾选Advanced之后更改CMAKE_INSTALL_PREFIX（表示编译ITK后生成的lib 及include等的安装路径）设置为#BUILD_OUTPUT#

勾选ITKV3_COMPATIBILITY

勾选 ITK_WRAP_PYTHON

勾选 Module_ITKVtkGlue

检查VTK_DIR是否正确，例如C:/IVTK/VTK510_32Py/lib/vtk-5.10

再次点击 Configure, 直至所有条目都变成灰色,表示配置成功, 点击Generate确认。

三，使用VS2008编译

3.1 设置环境变量

gccxml_pah=#SOLUTION_PATH#\Wrapping\Generators\GccXML\gccxml\bin

将%gccxml_path%添加到path环境变量的末尾

3.2   编译

用VS2008打开位于#SOLUTION_PATH#下面的ITK项目文件，选择Release进行编译。

3.3 安装

编译成功后再次编译INSTALL工程，相关的include, lib和bin文件就被提取到了#BUILD_OUTPUT#目录下。

四，后续

4.1 将#BUILD_OUTPUT#\bin中的dll文件复制到：#BUILD_OUTPUT#\ lib\ITK-4.5\Python

4.2将#BUILD_OUTPUT#\lib\ITK-4.5\Python路径添加到Eclipse的PYTHONPATH中

五，例子程序

5.1 用ITK打开并保存一副图像

[python] view plain copy

1. import itk  
2. import sys  
3. import vtk  
4.   
5. inputfilename="D:/DATA/small/0200.dcm"  
6. outputfilename="D:/DATA/0200.png"  
7. #  
8. # Reads a 2D image in with signed short (16bits/pixel) pixel type  
9. # and save it as unsigned char (8bits/pixel) pixel type  
10. #  
11. InputImageType  = itk.Image.SS2  
12. OutputImageType = itk.Image.UC2  
13.   
14. reader = itk.ImageFileReader[InputImageType].New()  
15. writer = itk.ImageFileWriter[OutputImageType].New()  
16.   
17.   
18. filter = itk.RescaleIntensityImageFilter[InputImageType, OutputImageType].New()  
19. filter.SetOutputMinimum( 0 )  
20. filter.SetOutputMaximum(255)  
21.   
22. filter.SetInput( reader.GetOutput() )  
23. writer.SetInput( filter.GetOutput() )  
24.   
25. reader.SetFileName(inputfilename )  
26. writer.SetFileName(outputfilename )  
27.   
28. writer.Update()  

5.2 用ITK打开图像，用VTK显示

在上述代码后面添加：

[python] view plain copy

1. ivfilter=itk.ImageToVTKImageFilter[OutputImageType].New()  
2. ivfilter.SetInput(filter.GetOutput())  
3. viewer=vtk.vtkImageViewer()  
4. iren=vtk.vtkRenderWindowInteractor()  
5. viewer.SetupInteractor(iren)  
6. viewer.SetInput(ivfilter.GetOutput())  
7. viewer.Render()  
8. viewer.SetColorWindow(255)  
9. viewer.SetColorLevel(128)  
10. iren.Start()  

5.3 ITK 配准的例子

[python] view plain copy

1. from InsightToolkit import *  
2. from sys import argv  
3.   
4. fixedImageName="D:/DATA/Brain.png"  
5. movingImageName="D:/DATA/Brainshifted13x17y.png"  
6. outputImageName="D:/DATA/Brainresult2.png"  
7.   
8. fixedImageReader  = itkImageFileReaderIF2_New()  
9. movingImageReader = itkImageFileReaderIF2_New()  
10.   
11. fixedImageReader.SetFileName(  fixedImageName )  
12. movingImageReader.SetFileName( movingImageName )  
13.   
14. fixedImageReader.Update()  
15. movingImageReader.Update()  
16.   
17. fixedImage  = fixedImageReader.GetOutput()  
18. movingImage = movingImageReader.GetOutput()  
19.   
20. #  
21. #  Instantiate the classes for the registration framework  
22. #  
23. registration = itkImageRegistrationMethodIF2IF2_New()  
24. imageMetric  = itkMeanSquaresImageToImageMetricIF2IF2_New()  
25. transform    = itkTranslationTransformD2_New()  
26. optimizer    = itkRegularStepGradientDescentOptimizer_New()  
27. interpolator = itkLinearInterpolateImageFunctionIF2D_New()  
28.   
29.   
30. registration.SetOptimizer(    optimizer.GetPointer()    )  
31. registration.SetTransform(    transform.GetPointer()    )  
32. registration.SetInterpolator( interpolator.GetPointer() )  
33. registration.SetMetric(       imageMetric.GetPointer()  )  
34. registration.SetFixedImage(  fixedImage  )  
35. registration.SetMovingImage( movingImage )  
36.   
37. registration.SetFixedImageRegion( fixedImage.GetBufferedRegion() )  
38.   
39. transform.SetIdentity()  
40. initialParameters = transform.GetParameters()  
41.   
42. registration.SetInitialTransformParameters( initialParameters )  
43.   
44. #  
45. # Iteration Observer  
46. #  
47. def iterationUpdate():  
48.     currentParameter = transform.GetParameters()  
49.     print "M: %f   P: %f %f " % ( optimizer.GetValue(),  
50.                         currentParameter.GetElement(0),  
51.                         currentParameter.GetElement(1) )  
52.   
53. iterationCommand = itkPyCommand_New()  
54. iterationCommand.SetCommandCallable( iterationUpdate )  
55. optimizer.AddObserver( itkIterationEvent(), iterationCommand.GetPointer() )  
56.   
57.   
58.   
59. #  
60. #  Define optimizer parameters  
61. #  
62. optimizer.SetMaximumStepLength(  4.00 )  
63. optimizer.SetMinimumStepLength(  0.01 )  
64. optimizer.SetNumberOfIterations( 200  )  
65.   
66.   
67. print "Starting registration"  
68.   
69. #  
70. #  Start the registration process  
71. #  
72.   
73. registration.Update()  
74.   
75.   
76. #  
77. # Get the final parameters of the transformation  
78. #  
79. finalParameters = registration.GetLastTransformParameters()  
80.   
81. print "Final Registration Parameters "  
82. print "Translation X =  %f" % (finalParameters.GetElement(0),)  
83. print "Translation Y =  %f" % (finalParameters.GetElement(1),)  
84.   
85. #  
86. # Now, we use the final transform for resampling the  
87. # moving image.  
88. #  
89. resampler = itkResampleImageFilterIF2IF2_New()  
90. resampler.SetTransform( transform.GetPointer()    )  
91. resampler.SetInput(     movingImage  )  
92.   
93. region = fixedImage.GetLargestPossibleRegion()  
94.   
95. resampler.SetSize( region.GetSize() )  
96.   
97. resampler.SetOutputSpacing( fixedImage.GetSpacing() )  
98. resampler.SetOutputOrigin(  fixedImage.GetOrigin()  )  
99. resampler.SetOutputDirection(  fixedImage.GetDirection()  )  
100. resampler.SetDefaultPixelValue( 100 )  
101.   
102. outputCast = itkRescaleIntensityImageFilterIF2IUC2_New()  
103. outputCast.SetOutputMinimum(      0  )  
104. outputCast.SetOutputMaximum(  255  )  
105. outputCast.SetInput(resampler.GetOutput())  
106.   
107. #  
108. #  Write the resampled image  
109. #  
110. writer = itkImageFileWriterIUC2_New()  
111.   
112. writer.SetFileName( outputImageName )  
113. writer.SetInput( outputCast.GetOutput() )  
114. writer.Update()  
115. print "image registration has been finished"  

注意：运行该例子，在Observer的定义处可能会报错：

iterationCommand = itkPyCommand_New()

NameError: name 'itkPyCommand_New' is notdefined

找到InsightToolkit.py文件（#BUILD_OUTPUT#\lib\ITK-4.5\Python下面），在最后一行添加添加from ITKPyUtilsPython import *，再次运行该例子程序。

接下来会遇到一个新的错误：

Traceback (most recent call last):

 File"C:\Users\User\workspace\python_itk\registration2D.py", line 83, in<module>

   optimizer.AddObserver( itkIterationEvent(),iterationCommand.GetPointer() )

 File "C:\IVTK\ITK32Py\lib\ITK-4.5\Python\ITKCommonBasePython.py",line 1464, in AddObserver

   elif len(args) == 2 and not issubclass(args[1].__class__, itk.Command)and callable(args[1]):

 File"C:\IVTK\ITK32Py\lib\ITK-4.5\Python\itkLazy.py", line 37, in__getattribute__

   itkBase.LoadModule(module, namespace)

 File"C:\IVTK\ITK32Py\lib\ITK-4.5\Python\itkBase.py", line 119, inLoadModule

   for k, v in module.__dict__.items():

UnboundLocalError: local variable 'module'referenced before assignment

  解决办法：在itkBase.py中（#BUILD_OUTPUT#\lib\ITK-4.5\Python下面），103行后面添加如下代码：

 module = loader.load(swigModuleName)

  再次运行该例子程序，即可成功。

转载：https://blog.csdn.net/taigw/article/details/38316847

注：

• 我之前按照网上的教程装itk,然后想把itk导入到python里面去，但是我忽视了一点就是，网上的教程都没有添加到python的环境变量这一步，所以我导包的时候出现了no moduel namde itk,还百思不得其解，我按照官网的教程装的，为什么会出现这种情况，出现这种问题的第一反应，我觉得可能是环境变量的原因，但是我马上否定了自己，因为官网的教程都没有添加环境变量这一步啊，其实根本原因我忽视了官网教程，只是教你如何安装Itk,并没有教你如何把itk配置到Python中去，直到看了这篇文章，我才肯定自己的怀疑是正确的，总的来说原因还是对Python这种配置的深层原因，包括编译的文件的认识匮乏。有时间一定要补上来。
• 后来我直接在pycharm里直接安装了itk,非常方便。