python
COSummer
生物医学小硕一枚,现从事医疗软件研发
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只保留一部分连通域并每个连通域赋予不同的颜色
【代码】只保留一部分连通域并每个连通域赋予不同的颜色。原创 2023-12-12 12:44:44 · 116 阅读 · 0 评论 -
读取dicom序列并存为nii文件
读取dicom序列并存为nii文件原创 2023-12-12 12:38:48 · 205 阅读 · 0 评论 -
simpleitk 配准
simpleitk 配准原创 2023-12-12 12:32:44 · 620 阅读 · 0 评论 -
python 操作 sqlite
以下代码生成数据库:原创 2023-01-09 16:06:47 · 164 阅读 · 1 评论 -
MR 的几种归一化方法总结
1、nMax = data.max() nMin = data.min() nDis = nMax-nMin data = (data-nMin)/nDisRefimg = sitk.ReadImage(os.path.join(NII_DIR, 'first_follow_up_T1.nii.gz'))data = sitk.GetArrayFromImage(Refimg)nMax = data.max()nMin = data.min()nDis = nMax-nMindata = (原创 2020-11-27 17:28:58 · 1470 阅读 · 0 评论 -
N4BiasFieldCorrection
诸如扫描仪中的患者位置,扫描仪本身以及许多未知问题等因素可导致MR图像上的亮度差异。 换句话说,强度值(从黑色到白色)可以在同一组织内变化。 这被称为偏置场。 这是一种低频平滑的不良信号,会破坏MR图像。 偏置场导致MRI机器的磁场中的不均匀性。 如果未校正偏置字段将导致所有成像处理算法(例如,分段(例如,Freesurfer)和分类)输出不正确的结果。 在进行分割或分类之前,需要预处理步骤来校正偏置场的影响。如下图所示:python 中很多矫正偏置场的三方库,如nipype SimpleIT.原创 2020-11-27 17:19:46 · 3526 阅读 · 2 评论 -
python 批量resample 数据
def get_filelist(dir, Filelist): if os.path.isdir(dir): for s in os.listdir(dir): newDir = os.path.join(dir, s) Filelist.append(newDir) return Filelistlist = get_filelist(NII_DIR, [])for e in list: Refi.原创 2020-11-27 17:00:59 · 855 阅读 · 1 评论 -
数据批量从nii格式转成npz格式
npy格式:数组是以未压缩的原始二进制格式保存在扩展名为.npy的文件中。npz 格式:数组是以压缩的原始二进制格式保存在扩展名为.npy的文件中。以下代码展示了如何批量处理nii 转化成npz 数据import osimport numpy as npimport SimpleITK as sitkNII_DIR = 'D:/MRIRegistration/Data/'def get_filelist(dir, Filelist): if os.path.isdir(原创 2020-11-27 16:54:34 · 2672 阅读 · 1 评论 -
模型评价(AUC,ROC曲线,ACC, 敏感性, 特异性,精确度,召回率,PPV, NPV, F1)
转载https://blog.csdn.net/sunflower_sara/article/details/81214897?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-3.add_param_isCf&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-3转载 2020-08-13 13:42:59 · 2618 阅读 · 0 评论 -
python nii 图像读取,转换成CT 值,设置窗宽窗位,保存成png 图像
import numpy as npimport os # 遍历文件夹import nibabel as nib # nii格式一般都会用到这个包import imageio # 转换成图像center = -500 //肺部的窗宽窗位width = 1500def nii_to_image(filepath): filenames = os.listdir(fil...原创 2020-04-06 15:43:31 · 4881 阅读 · 1 评论 -
ancoda win10 tensorflow安装过程记录
1、正常下载anconda,安装,记住加入环境变量中。2、更新或下载时报错:ProxyError: Conda cannot proceed due to an error in your proxy configuration解决方案:浏览器->Internet选项->连接->局域网设置,设置为自动检测设置且不使用代理服务器。3、添加镜像,非常关键,因...原创 2020-03-31 11:34:10 · 397 阅读 · 0 评论 -
flask
1、简介Flask是一个使用Python编写的轻量级 Web 应用框架,我们可以使用Python语言快速实现一个网站或Web服务。微架构通常是很小的不依赖于外部库的框架。这既有优点也有缺点,优点是框架很轻量,更新时依赖少,缺点是你不得不自己做更多的工作,或通过添加插件增加自己的依赖列表。flask默认的模板渲染引擎是janjia2。2、使用一个简单的例子建立客户端与服务器的通讯,c...原创 2019-10-23 10:49:59 · 324 阅读 · 0 评论 -
paramiko 远程控制鼠标,键盘等操作
import paramikoimport timeimport osm_Path = os.path.split(os.path.realpath(__file__))[0]ISOTIMEFORMAT = '%Y-%m-%d %X'm_host = '10.44.22.20'm_user = 'ctuser'm_pwd = '4$apps'm_ssh = paramiko...原创 2018-10-29 17:35:19 · 1906 阅读 · 0 评论 -
python 程序打包 PyInstaller
import osif __name__ == '__main__': from PyInstaller.__main__ import run opts=['ATApplication.py','-w','-c'] //ATApplication.py为主程序名称 run(opts)以上代码实现了ATApplication.py程序生成exe的功能,代码执行后生...原创 2018-11-09 09:26:53 · 386 阅读 · 0 评论 -
read txt file and new xml file with python
import xml.dom.minidomimport osFILE_PATH= 'C:\\Users\\503061752\\Desktop\\XmlFiles'//生成.xml文件路径if not os.path.exists(FILE_PATH)://如果文件夹目录不存在,则新建 os.makedirs(FILE_PATH)file = open("Labe...原创 2018-11-08 10:23:32 · 321 阅读 · 0 评论 -
新生成txt文件,并按行写入内容 python
f = open("Label.txt",'a')//读取label.txt文件,没有则创建,‘a’表示再次写入时不覆盖之前的内容f.write(strcontent)f.write('\n')//实现换行的功能 以上代码实现的功能是新生成txt文件,并按行写入内容...原创 2018-11-08 10:31:49 · 47517 阅读 · 2 评论 -
python 比较两张图片的相似度
import cv2.cv as cvimport cv2import numpy as npdef compareHist( stdimg, ocimg): stdimg = cv2.imread(str(stdimg), 0) ocimg = cv2.imread(str(ocimg), 0) stdimg = np.float32(stdimg) o...原创 2018-11-13 18:54:05 · 10173 阅读 · 0 评论 -
python 操作sqlite
import sqlite3if __name__ =='__main__': cx = sqlite3.connect("C:/Users/503061752/Desktop/AutoTest.sdb") cu = cx.cursor() cu.execute("select * from waiting_time") res = cu.fetchall...原创 2018-11-19 10:33:22 · 542 阅读 · 0 评论 -
pyqt 显示中文
# coding=UTF-8 //放到文件首行import sysreload(sys)sys.setdefaultencoding('utf-8')node = QtGui.QGraphicsSimpleTextItem(str.decode('你好中国'))原创 2019-04-23 13:19:19 · 1751 阅读 · 0 评论 -
python 输出内容到txt后转成pdf,支持中文
def savingResultMsg(self, resultmsg): if not os.path.exists('./log'): os.makedirs('./log') self.savingtxtmsg = open('./log/result.txt', 'a') self.savingtxtmsg....原创 2019-04-24 19:43:32 · 4566 阅读 · 1 评论 -
python excel 写入内容
import scipy.io as sioimport osimport xlwtimport xlrd#dicom_name_file='ResultAnalysis.txt'os.remove('ResultAnalysis.xls')filename = xlwt.Workbook()sheet = filename.add_sheet("Result")sec_c...原创 2019-05-21 14:40:22 · 272 阅读 · 0 评论 -
TxtToXlsx python
#coding=utf-8 import xlwt import xlrd try: filename=xlwt.Workbook() sheet=filename.add_sheet("test") //new table test sheet.write(3,2,hello) //row 3 col 2, write word 'hello' ...原创 2019-07-01 09:44:25 · 208 阅读 · 0 评论 -
Python 保存Log txt信息,并转成pdf,支持中文
# coding=UTF-8 import os from reportlab.pdfgen.canvas import Canvas from reportlab.pdfbase import pdfmetrics from reportlab.pdfbase.ttfonts import TTFont pdfmetrics.registerFont...原创 2019-09-28 10:54:40 · 1196 阅读 · 0 评论 -
python 2.7 numpy、 scipy 、matplotlib、 sklearn、pandas的安装
1、首先强烈建议不要使用.exe文件进行安装,不要随意在网上找安装包,其次是几个包的版本匹配问题2、我的电脑是win7 x64 numpy scipy matplotlib sklearn pandas 的.whl 文件都可以在下面的网址找到,下载时注意版本问题 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs3、四个程序必须按顺序安装,存在依赖关系 num原创 2017-10-22 13:42:50 · 1502 阅读 · 0 评论