数据批量从nii格式转成npz格式

npy格式：数组是以未压缩的原始二进制格式保存在扩展名为.npy的文件中。

npz 格式：数组是以压缩的原始二进制格式保存在扩展名为.npy的文件中。

以下代码展示了如何批量处理nii 转化成npz 数据

import os

import numpy as np
import SimpleITK as sitk

NII_DIR = 'D:/MRIRegistration/Data/'

def get_filelist(dir, Filelist):

    if os.path.isdir(dir):

        for s in os.listdir(dir):
            newDir = os.path.join(dir, s)
            Filelist.append(newDir)

    return Filelist




list = get_filelist(NII_DIR, [])
print(len(list))

for e in list:
    Refimg = sitk.ReadImage(e)
    RefimgArray = sitk.GetArrayFromImage(Refimg)
    fileName = e.split('\\')[-1]
    fileName = fileName.replace('nii','npz')
    outPutDir = 'D:/voxelmorph-master/DataMask/atlas_norm.npz'
    np.savez(outPutDir, vol_data=RefimgArray)