DNA 匹配

本文来自 http://www.cnblogs.com/xiaofanke/archive/2013/05/29/3107040.html 萧凡客的博客

蓝桥杯软件大赛12年c本科复赛

脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。

DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。

为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现的偏差是（理论上，对每个碱基被复制时，都可能出现偏差）：

　　1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为：AGT

2. 错码，例如把 AGGT 复制成了：AGCT

3. 重码，例如把 AGGT 复制成了：AAGGT

如果某DNA串a，最少要经过 n 次出错，才能变为DNA串b，则称这两个DNA串的距离为 n。

例如：AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

你的任务是：编写程序，找到两个DNA串的距离。

【输入、输出格式要求】

用户先输入整数n(n<100)，表示接下来有2n行数据。

接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。（每行数据长度<10000）

程序则输出n行，表示这n组DNA的距离。

例如：用户输入：
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT

则程序应输出：
1
1
2

#include<stdio.h>
 #include<string.h>
 
 char a[110];
 char b[110];
 int dp[110][110];
 
 int main()
 {
     int i,j,t,n,m;
     scanf("%d",&t);
     while(t--)
     {
         scanf("%s%s",a,b);
         n=strlen(a);
         m=strlen(b);
         memset(dp,0,sizeof(dp));
         for(i=0;i<=n;i++)
             dp[i][0]=i;
         for(i=0;i<=m;i++)
             dp[0][i]=i;
         for(i=1;i<=n;i++)
             for(j=1;j<=m;j++)
             {
                 if(a[i-1]==b[j-1]) dp[i][j]=dp[i-1][j-1];
                 else 
                 {
                     dp[i][j]=dp[i-1][j]+1<dp[i][j-1]+1?dp[i-1][j]+1:dp[i][j-1]+1;
                     dp[i][j]=dp[i][j]<dp[i-1][j-1]+1?dp[i][j]:dp[i-1][j-1]+1;
                 }
             }
             printf("%d\n",dp[n][m]);
     }
     return 0;
 }

感悟： 解决思路：采用动态规划解决问题，自底向上分析，其中dp[i][j]=min｛dp[i-1][j-1]+1,dp[i-1][j]+1,dp[i][j-1]+1｝是当字母不同出现时，选取一种来自之前最小变次数的情况。动态规划解决问题代码短，但是比较难想。

dp[i-1][j]和dp[i][j-1]包含的是 漏码和重码的情况 dp[i-1][j-1]是错码的情况