python 字典和列表的读取速度问题

最近在进行基因组数据处理的时候,需要读取较大数据(2.7G)存入字典中,然后对被处理数据进行字典key值的匹配,在被处理文件中每次读取一行进行处理后查找是否在字典的keys中,以下两段代码的效率差别非常大:

第一段:

if(pos in fre_dist.keys()):
newvalue= fre_dist[pos]

第二段:

if(pos in fre_dist):
newValue=fre_dist[pos]

在处理3万条数据时,第二段代码的速度是第一段代码速度的上千倍。

原因是:第一段代码 fre_dist.keys()变成了list,python在检索list的时候是比较慢的,第二段代码 fre_dist是字典,python在检索字典的时候速度是比较快的。

血的教训。


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