IGV web 工具部署

最新推荐文章于 2024-09-26 07:23:07 发布

SHMILYRINGPULL

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分类专栏： bioinformatics JavaScript

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现在使用的查看bam文件的方式主要还是需要把bam文件下载到本地，导致下载花费时间较长，偶然间看到igv.js版本，可以把igv部署在web端访问，网上的资料有限，现总结如下，希望可以帮到有同样需求的人。

下载安装

###下载git文件
git clone git@github.com:igvteam/igv-webapp.git
####下载之后就是一个文件夹
cd ./igv-webapp
npm install
npm run build
###上面这两步需要先安装npm才能用，而且非常容易通不过
###安装好了之后会在目录下新生成一个node_modules和dist文件夹
#这一步之后你需要把整个目录放到你的apache的host目录下，如果你是用的apache的话

#######配置调试
#IGV browser默认提供的hg19的参考基因组信息，可以通过igvwebConfig.js配置文件进行更改

配置个人专属基因组数据

IGV browser的基因组数据是通过resources文件下的genomes.json文件进行读入访问的，可视化的track数据信息存放在resources文件下的tracks文件夹中，通过trackRegistry.json文件进行读入访问，默认会从中读取数据展示，访问数据的加载速度可能会比较慢。查看genomes.json文件

下载并存放个人的基因组数据到data文件中，更改resources文件中的genomes.json文件

cd /hzjn/website/webIGV/data
# 创建个人参考基因组文件夹
mkdir hg19 && cd hg19
# 下载参考基因组相关文件
wget https://s3.amazonaws.com/igv.broadinstitute.org/genomes/seq/hg19/hg19.fasta
wget https://s3.amazonaws.com/igv.broadinstitute.org/genomes/seq/hg19/hg19.fasta.fai
##这两个下载太慢了，我直接把本地常用的拷贝过去使用的命名为：hg19.fa和hg19.fai
wget https://s3.amazonaws.com/igv.broadinstitute.org/genomes/seq/hg19/cytoBand.txt
wget https://s3.amazonaws.com/igv.org.genomes/hg19/refGene.sorted.txt.gz
wget https://s3.amazonaws.com/igv.org.genomes/hg19/refGene.sorted.txt.gz
# 更改genomes.json文件
cd ../../resources
vim genomes.json

将URL后的地址改为自己的服务器IP端口和数据存放的地址

浏览器中打开网址访问的时候会发现refGene.txt.gz的加载速度特别慢，很明显是从远程现下载，而其他的都是现实from disk cache。

上图显示的是文件名称是refGene.txt.gz，而实际上我们刚才下载的文件名称是refGene.sorted.txt.gz，我试着把refGene.sorted.txt.gz重命名为refGene.txt.gz也不能解决这个问题，应该是网页加载的时候会去判断文件大小，尝试下载这个文件refGene.txt.gz文件

wget https://s3.amazonaws.com/igv.org.genomes/hg19/refGene.txt.gz 的确是有这个文件的

重新下载refGene.txt.gz之后还是不行，chrome浏览器每次都要自动下载，但是firefox浏览器可以加载本地文件成功。哎，这个配置文件也是巨坑啊！

加载调试

这时候在chrome浏览器中输入IP地址以及路径，看是否会加载成功，F12打开控制台查看加载过程，会发现很多都是connect Error，我把index.html中标红的几个都注释掉了，dropbox、google 和twitter都是禁了的，肯定没法访问。注意注释了之后dropbox下拉框就没法用。