linux下安装numpy

•      系统环境：
  
• OS：RedHat5
  
• Python版本：Python2.7.3
  
• gcc版本：4.1.2
  
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• 各个安装包版本：
  
• scipy-0.11.0
  
• numpy-1.6.2
  
• nose-1.2.1
  
• lapack-3.4.2
  
• atlas-3.10.0
  
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• 依赖关系：scipy的安装需要依赖于numpy、lapack、atlas（后两者都是线性代数工具包，不清楚的自行google之。。。），而numpy和sci的测试程序的运行又依赖于nose，因此，整个安装过程必须要按顺序执行的，否则是无法执行下去的。
  
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• 安装步骤：
  
• 1、安装nose
  
• 这个安装比较简单，解压缩nose的安装文件，进入nose的目录，直接运行setup.py即可：
  
• tar -zxvf nose-1.2.1.tar.gz
  
• cd nose-1.2.1
  
• python setup.py install
  
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• 2、安装lapack
  
• 由于最新版本的ATLAS可以直接集成lapack的安装压缩文件进行编译，因此，如果仅在python下使用的话，可以不用安装lapack。只需要下载压缩文件：lapack-3.4.2.tgz 即可。
  
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• 3、安装ATLAS
  
• 这个的安装主要是配置一些选项，包括配置成64位库文件、位置无关的以及共享的链接库。详细的配置说明在atlas安装包 doc/ 下的pdf文件中。可查阅。
  
• 下面是我的安装过程：
  
• tar -jxvf atlas3.10.0.tar.bz2
  
• cd ATLAS
  
• mkdir obj64
  
• ../configure -b 64 -Fa alg -fPIC --shared --prefix=/配置atlas的安装路径/atlas --with-netlib-lapack-tarfile=/lapack安装压缩文件存放的目录/lapack-3.4.2.tgz
  
• (注：这个配置时间非常长，在Core i7 处理上，大概1个小时左右)
  
• make
  
• （下面是一些检查过程，保证没有问题之后再进行安装）
  
• make check
  
• make time
  
• make install
  
• 至此，atlas安装完成。不过我们要记录下编译过程中所用的fortran编译器类型，这个信息在下面安装numpy和scipy的时候要用。还是在目录 obj64/ 下，执行
  
• fgrep "F77 =" Make.inc
  
• 可以看到 F77 = gfortran
  
• 记下这个编译器类型 gfortran.
  
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• 4、安装numpy
  
• numpy和scipy的安装过程都要显式的指明所用fortran编译器的类型，而且要与前面编译atlas时一致（在本文中即：gfortran），这一点非常重要，否则很多功能都会出错。
  
• 首先配置numpy目录下的site.cfg文件，指明atlas库的位置：
  
• tar -zxvf numpy-1.6.2.tar.gz
  
• cd numpy-1.6.2
  
• cp site.cfg.example site.cfg
  
• vim site.cfg
  
• 配置成如下格式：
  
• [DEFAULT]
  
• library_dirs = /usr/local/lib:/atlas的安装目录/atlas/lib
  
• include_dirs = /usr/local/include:/atlas的安装目录/include
  
• [blas_opt]
  
• libraries = f77blas, cblas, atlas
  
• [lapack_opt]
  
• libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas
  
• [amd]
  
• amd_libs = amd
  
• [umfpack]
  
• umfpack_libs = umfpack
  
•  
  
• 接下来配置安装numpy所需要的Fortran编译器类型：
  
• 如果前面得到的Fortran编译器是gfortran的话，执行：
  
•  python setup.py build --fcompiler=gnu95
  
• 如果前面得到的Fortran编译器是g77的话，执行：
  
•  python setup.py build --fcompiler=gnu
  
•  
  
• 然后执行
  
• python setup.py install
  
• 安装完成
  
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• 5、安装scipy
  
• 与安装numpy类似：
  
• tar -zxvf scipy-0.11.0.tar.gz
  
• cd scipy-0.11.0
  
• vim site.cfg
  
• 配置成如下格式：
  
• [DEFAULT]
  
• library_dirs = /usr/local/lib:/atlas的安装目录/atlas/lib
  
• include_dirs = /usr/local/include:/atlas的安装目录/include
  
• [blas_opt]
  
• libraries = f77blas, cblas, atlas
  
• [lapack_opt]
  
• libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas
  
• [amd]
  
• amd_libs = amd
  
• [umfpack]
  
• umfpack_libs = umfpack
  
•  
  
• 接下来配置安装numpy所需要的Fortran编译器类型：
  
• 如果前面得到的Fortran编译器是gfortran的话，执行：
  
•  python setup.py build --fcompiler=gnu95
  
• 如果前面得到的Fortran编译器是g77的话，执行：
  
•  python setup.py build --fcompiler=gnu
  
•  
  
• 然后执行
  
• python setup.py install
  
• 安装完成
  
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• 然后可以在python下执行相应的测试程序：
  
• python
  
• >>> import nose
  
• >>> import numpy
  
• >>> import scipy
  
• >>> numpy.test('full')
  
• 等待。。。。
  
• >>> scipy.test('full')
  
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• 到这里，整个安装过程结束。