关闭

gSpan 频繁子图挖掘算法的实现

11401人阅读 评论(30) 收藏 举报
分类:
gSpan 是一种高效的频繁子图挖掘算法,参考 http://www.cs.ucsb.edu/~xyan/software/gSpan.htm
/*
 *  gSpan algorithm implemented by coolypf
 *  http://blog.csdn.net/coolypf
 */

#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 1

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <assert.h>
#include <time.h>
#include <vector>
#include <map>
#include <set>

using namespace std;

const int LABEL_MAX = 100;
int min_support;
int nr_graph;

struct Graph
{
    vector<int> node_label;
    vector<int> *edge_next, *edge_label;
    vector<int> gs;

    void removeEdge(int x, int a, int y)
    {
        for (size_t i = 0; i < node_label.size(); ++i)
        {
            int t;
            if (node_label[i] == x)
                t = y;
            else if (node_label[i] == y)
                t = x;
            else
                continue;
            for (size_t j = 0; j < edge_next[i].size(); ++j)
            {
                if (edge_label[i][j] == a && node_label[edge_next[i][j]] == t)
                {
                    /* remove edge */
                    edge_label[i][j] = edge_label[i].back();
                    edge_label[i].pop_back();
                    edge_next[i][j] = edge_next[i].back();
                    edge_next[i].pop_back();
                    j--;
                }
            }
        }
    }

    bool hasEdge(int x, int a, int y)
    {
        for (size_t i = 0; i < node_label.size(); ++i)
        {
            int t;
            if (node_label[i] == x)
                t = y;
            else if (node_label[i] == y)
                t = x;
            else
                continue;
            for (size_t j = 0; j < edge_next[i].size(); ++j)
                if (edge_label[i][j] == a && node_label[edge_next[i][j]] == t)
                    return true;
        }
        return false;
    }
} *GS;

struct GraphData
{
    vector<int> nodel;
    vector<bool> nodev;

    vector<int> edgex;
    vector<int> edgey;
    vector<int> edgel;
    vector<bool> edgev;
};

class EdgeFrequency
{
    int *array;
    int u, v;

public:
    void init(int max_node_label, int max_edge_label)
    {
        u = max_node_label + 1;
        v = u * (max_edge_label + 1);
        array = new int[u * v];
    }

    int& operator()(int x, int a, int y) { return array[x * v + a * u + y]; }

    int operator()(int x, int a, int y) const { return array[x * v + a * u + y]; }
} EF;

struct Edge
{
    int ix, iy;
    int x, a, y;

    Edge(int _ix, int _iy, int _x, int _a, int _y) : ix(_ix), iy(_iy), x(_x), a(_a), y(_y) {}

    bool operator<(const Edge &e) const
    {
        if (ix > iy)
        {
            if (e.ix < e.iy)
                return true;
            if (iy < e.iy || (iy == e.iy && a < e.a))
                return true;
        }
        else if (e.ix < e.iy)
        {
            if (ix > e.ix)
                return true;
            if (ix == e.ix)
            {
                if (x < e.x)
                    return true;
                if (x == e.x && (a < e.a || (a == e.a && y < e.y)))
                    return true;
            }
        }
        return false;
    }
};

struct GraphCode
{
    vector<const Edge *> seq;
    vector<int> gs;
};

vector<Graph *> S;  // graph mining result

void subgraph_mining(GraphCode &gc, int next);

int main(int argc, char **argv)
{
    clock_t clk = clock();

    /* parse command line options */
    assert(argc == 5);
    int num = atoi(argv[3]), denom = atoi(argv[4]);
    assert(num && denom && num <= denom);

    /* read graph data */
    FILE *fp = fopen(argv[1], "r");
    assert(fp);
    bool occ_node_label[LABEL_MAX + 1], occ_edge_label[LABEL_MAX + 1];
    int freq_node_label[LABEL_MAX + 1], freq_edge_label[LABEL_MAX + 1];
    memset(freq_node_label, 0, sizeof(freq_node_label));
    memset(freq_edge_label, 0, sizeof(freq_edge_label));
    GraphData *gd = NULL;
    vector<GraphData *> v_gd;
    while (1)
    {
        static char dummy[10];
        if (fscanf(fp, "%s", dummy) <= 0)
        {
            if (gd)
            {
                v_gd.push_back(gd);
                for (int i = 0; i <= LABEL_MAX; ++i)
                {
                    if (occ_node_label[i])
                        freq_node_label[i]++;
                    if (occ_edge_label[i])
                        freq_edge_label[i]++;
                }
            }
            break;
        }
        if (*dummy == 't')
        {
            int id;
            fscanf(fp, "%s%d", dummy, &id);
            if (gd)
            {
                v_gd.push_back(gd);
                for (int i = 0; i <= LABEL_MAX; ++i)
                {
                    if (occ_node_label[i])
                        freq_node_label[i]++;
                    if (occ_edge_label[i])
                        freq_edge_label[i]++;
                }
            }
            if (id < 0) break;
            assert(id == (int)v_gd.size());
            gd = new GraphData;
            memset(occ_node_label, 0, sizeof(occ_node_label));
            memset(occ_edge_label, 0, sizeof(occ_edge_label));
        }
        else if (*dummy == 'v')
        {
            int id, label;
            fscanf(fp, "%d%d", &id, &label);
            assert(id == (int)gd->nodel.size() && label <= LABEL_MAX);
            gd->nodel.push_back(label);
            gd->nodev.push_back(true);
            occ_node_label[label] = true;
        }
        else if (*dummy == 'e')
        {
            int x, y, label;
            fscanf(fp, "%d%d%d", &x, &y, &label);
            assert(x < (int)gd->nodel.size() && y < (int)gd->nodel.size() && label <= LABEL_MAX);
            gd->edgex.push_back(x);
            gd->edgey.push_back(y);
            gd->edgel.push_back(label);
            gd->edgev.push_back(true);
            occ_edge_label[label] = true;
        }
        else
            assert(0);
    }
    fclose(fp);

    min_support = v_gd.size() * num / denom;
    if (min_support < 1)
        min_support = 1;
    printf("%d graphs with minSup = %d\n", (int)v_gd.size(), min_support);

    /* sort labels of vertices and edges in GS by their frequency */
    int rank_node_label[LABEL_MAX + 1], rank_edge_label[LABEL_MAX + 1];
    for (int i = 0; i <= LABEL_MAX; ++i)
    {
        rank_node_label[i] = i;
        rank_edge_label[i] = i;
    }
    for (int i = LABEL_MAX; i > 0; --i)
    {
        for (int j = 0; j < i; ++j)
        {
            int tmp;
            if (freq_node_label[rank_node_label[j]] < freq_node_label[rank_node_label[j + 1]])
            {
                tmp = rank_node_label[j];
                rank_node_label[j] = rank_node_label[j + 1];
                rank_node_label[j + 1] = tmp;
            }
            if (freq_edge_label[rank_edge_label[j]] < freq_edge_label[rank_edge_label[j + 1]])
            {
                tmp = rank_edge_label[j];
                rank_edge_label[j] = rank_edge_label[j + 1];
                rank_edge_label[j + 1] = tmp;
            }
        }
    }

    /* remove infrequent vertices and edges */
    /* ralabel the remaining vertices and edges in descending frequency */

    int max_node_label = 0, max_edge_label = 0;
    for (int i = 0; i <= LABEL_MAX; ++i)
    {
        if (freq_node_label[rank_node_label[i]] >= min_support)
            max_node_label = i;
        if (freq_edge_label[rank_edge_label[i]] >= min_support)
            max_edge_label = i;
    }
    printf("remaining max vertex, edge label: %d, %d\n", max_node_label, max_edge_label);

    int rank_to_node_label[LABEL_MAX + 1], rank_to_edge_label[LABEL_MAX + 1];
    memcpy(rank_to_node_label, rank_node_label, sizeof(rank_to_node_label));
    for (int i = 0; i <= LABEL_MAX; ++i)
        rank_node_label[rank_to_node_label[i]] = i;
    memcpy(rank_to_edge_label, rank_edge_label, sizeof(rank_to_edge_label));
    for (int i = 0; i <= LABEL_MAX; ++i)
        rank_edge_label[rank_to_edge_label[i]] = i;

    for (size_t i = 0; i < v_gd.size(); ++i)
    {
        GraphData &gd = *v_gd[i];
        for (size_t j = 0; j < gd.nodel.size(); ++j)
        {
            if (freq_node_label[gd.nodel[j]] < min_support)
                gd.nodev[j] = false;
            else
                gd.nodel[j] = rank_node_label[gd.nodel[j]];
        }
        for (size_t j = 0; j < gd.edgel.size(); ++j)
        {
            if (!gd.nodev[gd.edgex[j]] || !gd.nodev[gd.edgey[j]])
            {
                gd.edgev[j] = false;
                continue;
            }
            if (freq_edge_label[gd.edgel[j]] < min_support)
                gd.edgev[j] = false;
            else
                gd.edgel[j] = rank_edge_label[gd.edgel[j]];
        }

        /* re-map vertex index */
        map<int, int> m;
        int cur = 0;
        for (size_t j = 0; j < gd.nodel.size(); ++j)
        {
            if (!gd.nodev[j]) continue;
            m[j] = cur++;
        }
        for (size_t j = 0; j < gd.edgel.size(); ++j)
        {
            if (!gd.edgev[j]) continue;
            gd.edgex[j] = m[gd.edgex[j]];
            gd.edgey[j] = m[gd.edgey[j]];
        }
    }

    /* build graph set */
    nr_graph = (int)v_gd.size();
    GS = new Graph[nr_graph];
    for (int i = 0; i < nr_graph; ++i)
    {
        Graph &g = GS[i];
        GraphData &gd = *v_gd[i];
        for (size_t j = 0; j < gd.nodel.size(); ++j)
            if (gd.nodev[j])
                g.node_label.push_back(gd.nodel[j]);
        g.edge_next = new vector<int>[g.node_label.size()];
        g.edge_label = new vector<int>[g.node_label.size()];
        for (size_t j = 0; j < gd.edgel.size(); ++j)
        {
            if (!gd.edgev[j]) continue;
            g.edge_label[gd.edgex[j]].push_back(gd.edgel[j]);
            g.edge_label[gd.edgey[j]].push_back(gd.edgel[j]);
            g.edge_next[gd.edgex[j]].push_back(gd.edgey[j]);
            g.edge_next[gd.edgey[j]].push_back(gd.edgex[j]);
        }
    }

    /* find all subgraphs with only one vertex for reference */
    for (int i = 0; i <= max_node_label; ++i)
    {
        Graph *g = new Graph;
        g->node_label.push_back(i);
        for (int j = 0; j < nr_graph; ++j)
        {
            const Graph &G = GS[j];
            for (size_t k = 0; k < G.node_label.size(); ++k)
            {
                if (G.node_label[k] == i)
                {
                    g->gs.push_back(j);
                    break;
                }
            }
        }
        S.push_back(g);
    }

    /* enumerate all frequent 1-edge graphs in GS */

    EF.init(max_node_label, max_edge_label);
    for (int x = 0; x <= max_node_label; ++x)
    {
        for (int a = 0; a <= max_edge_label; ++a)
        {
            for (int y = x; y <= max_node_label; ++y)
            {
                int count = 0;
                for (int i = 0; i < nr_graph; ++i)
                    if (GS[i].hasEdge(x, a, y))
                        count++;
                EF(x, a, y) = count;
                EF(y, a, x) = count;
            }
        }
    }

    for (int x = 0; x <= max_node_label; ++x)
    {
        for (int a = 0; a <= max_edge_label; ++a)
        {
            for (int y = x; y <= max_node_label; ++y)
            {
                if (EF(x, a, y) < min_support)
                    continue;
                GraphCode gc;
                for (int i = 0; i < nr_graph; ++i)
                    if (GS[i].hasEdge(x, a, y))
                        gc.gs.push_back(i);
                Edge e(0, 1, x, a, y);
                gc.seq.push_back(&e);
                subgraph_mining(gc, 2);

                /* GS <- GS - e */
                for (int i = 0; i < nr_graph; ++i)
                    GS[i].removeEdge(x, a, y);
            }
        }
    }

    /* output mining result */

    printf("Found %d frequent subgraphs\n", (int)S.size());

    fp = fopen(argv[2], "w");
    assert(fp);
    for (int i = 0; i < (int)S.size(); ++i)
    {
        const Graph &g = *S[i];
        fprintf(fp, "t # %d * %d\nx", i, (int)g.gs.size());
        for (size_t j = 0; j < g.gs.size(); ++j)
            fprintf(fp, " %d", g.gs[j]);
        fprintf(fp, "\n");
        for (size_t j = 0; j < g.node_label.size(); ++j)
            fprintf(fp, "v %d %d\n", (int)j, rank_to_node_label[g.node_label[j]]);
        if (g.node_label.size() < 2)
        {
            fprintf(fp, "\n");
            continue;
        }
        for (int j = 0; j < (int)g.node_label.size(); ++j)
        {
            for (size_t k = 0; k < g.edge_label[j].size(); ++k)
                if (j < g.edge_next[j][k])
                    fprintf(fp, "e %d %d %d\n", j, g.edge_next[j][k], rank_to_edge_label[g.edge_label[j][k]]);
        }
        fprintf(fp, "\n");
    }
    fclose(fp);

    printf("Total time: (%d / %d) seconds\n", (int)(clock() - clk), (int)CLOCKS_PER_SEC);

    return 0;
}

/* traverse a graph and find its minimal DFS code */
class Traveler
{
    const vector<const Edge *> &s;
    const Graph &g;
    bool is_min;
    vector<int> g2s;
    vector<vector<bool> > f;

    void DFS(vector<int> &v, int c, int next)
    {
        if (c >= (int)s.size())
            return;
        vector<int> bak;
        while (!v.empty())
        {
            bool flag = false;
            int x = v.back();
            for (size_t i = 0; i < g.edge_next[x].size(); ++i)
            {
                int y = g.edge_next[x][i];
                if (f[x][y]) continue;
                flag = true;
                if (g2s[y] < 0)
                {
                    Edge e(g2s[x], next, g.node_label[x], g.edge_label[x][i], g.node_label[y]);
                    if (*s[c] < e) continue;
                    if (e < *s[c])
                    {
                        is_min = false;
                        return;
                    }
                    g2s[y] = next;
                    v.push_back(y);
                    f[x][y] = true;
                    f[y][x] = true;
                    DFS(v, c + 1, next + 1);
                    if (!is_min) return;
                    f[x][y] = false;
                    f[y][x] = false;
                    v.pop_back();
                    g2s[y] = -1;
                }
                else
                {
                    Edge e(g2s[x], g2s[y], g.node_label[x], g.edge_label[x][i], g.node_label[y]);
                    if (*s[c] < e) continue;
                    if (e < *s[c])
                    {
                        is_min = false;
                        return;
                    }
                    f[x][y] = true;
                    f[y][x] = true;
                    DFS(v, c + 1, next);
                    if (!is_min) return;
                    f[x][y] = false;
                    f[y][x] = false;
                }
            }
            if (flag) break;
            bak.push_back(v.back());
            v.pop_back();
        }
        while (!bak.empty())
        {
            v.push_back(bak.back());
            bak.pop_back();
        }
    }

public:
    Traveler(const vector<const Edge *> &_s, const Graph &_g) : s(_s), g(_g), is_min(true) {}

    bool isMin() const { return is_min; }

    void travel()
    {
        g2s.resize(0);
        g2s.resize(g.node_label.size(), -1);
        f.resize(g.node_label.size());
        for (size_t i = 0; i < g.node_label.size(); ++i)
        {
            f[i].resize(0);
            f[i].resize(g.node_label.size(), false);
        }

        for (size_t i = 0; i < g.node_label.size(); ++i)
        {
            int x = g.node_label[i];
            if (x > s[0]->x) continue;
            assert(x == s[0]->x);
            vector<int> v(1, i);
            g2s[i] = 0;
            DFS(v, 0, 1);
            g2s[i] = -1;
        }
    }
};

/* traverse a subgraph and find its children in graph */
class SubTraveler
{
    const vector<const Edge *> &s;
    const Graph &g;
    set<Edge> &c;
    int next;
    vector<int> rm;  // rightmost
    vector<int> s2g;
    vector<int> g2s;
    vector<vector<bool> > f;

    void DFS(int p)
    {
        int x, y;

        if (p >= (int)s.size())
        {
            /* grow from rightmost path, pruning stage (3) */
            int at = 0;
            while (at >= 0)
            {
                x = s2g[at];
                for (size_t i = 0; i < g.edge_label[x].size(); ++i)
                {
                    y = g.edge_next[x][i];
                    if (f[x][y])
                        continue;
                    int ix = g2s[x], iy = g2s[y];
                    assert(ix == at);
                    Edge ne(0, 1, g.node_label[x], g.edge_label[x][i], g.node_label[y]);
                    /* pruning */
                    if (EF(ne.x, ne.a, ne.y) < min_support)
                        continue;
                    /* pruning stage (1) */
                    if (ne < *s[0])
                        continue;
                    /* pruning stage (2) */
                    if (iy >= 0)
                    {
                        if (ix <= iy)
                            continue;
                        bool flag = false;
                        for (size_t j = 0; j < g.edge_label[y].size(); ++j)
                        {
                            int z = g.edge_next[y][j], w = g.edge_label[y][j];
                            if (!f[y][z])
                                continue;
                            if (w > ne.a || (w == ne.a && g.node_label[z] > ne.x))
                            {
                                flag = true;
                                break;
                            }
                        }
                        if (flag)
                            continue;
                    }
                    else
                        iy = next;
                    ne.ix = ix;
                    ne.iy = iy;
                    c.insert(ne);

                }
                at = rm[at];
            }
            return;
        }

        const Edge &e = *s[p];
        x = s2g[e.ix];
        assert(g.node_label[x] == e.x);

        for (size_t i = 0; i < g.edge_label[x].size(); ++i)
        {
            if (g.edge_label[x][i] != e.a)
                continue;
            y = g.edge_next[x][i];
            if (f[x][y])
                continue;
            if (g.node_label[y] != e.y)
                continue;
            if (s2g[e.iy] < 0 && g2s[y] < 0)
            {
                s2g[e.iy] = y;
                g2s[y] = e.iy;
                f[x][y] = true;
                f[y][x] = true;
                DFS(p + 1);
                f[x][y] = false;
                f[y][x] = false;
                g2s[y] = -1;
                s2g[e.iy] = -1;
            }
            else
            {
                if (y != s2g[e.iy])
                    continue;
                if (e.iy != g2s[y])
                    continue;
                f[x][y] = true;
                f[y][x] = true;
                DFS(p + 1);
                f[x][y] = false;
                f[y][x] = false;
            }
        }
    }

public:
    SubTraveler(const vector<const Edge *> &_s, const Graph &_g, set<Edge> &_c)
        : s(_s), g(_g), c(_c) {}

    void travel(int _next)
    {
        next = _next;
        s2g.resize(0);
        s2g.resize(next, -1);
        g2s.resize(0);
        g2s.resize(g.node_label.size(), -1);
        f.resize(g.node_label.size());
        for (size_t i = 0; i < g.node_label.size(); ++i)
        {
            f[i].resize(0);
            f[i].resize(g.node_label.size(), false);
        }

        /* find rightmost path */
        rm.resize(0);
        rm.resize(next, -1);
        for (size_t i = 0; i < s.size(); ++i)
            if (s[i]->iy > s[i]->ix && s[i]->iy > rm[s[i]->ix])
                rm[s[i]->ix] = s[i]->iy;

        for (size_t i = 0; i < g.node_label.size(); ++i)
        {
            if (g.node_label[i] != s[0]->x)
                continue;
            s2g[s[0]->ix] = (int)i;
            g2s[i] = s[0]->ix;
            DFS(0);
            g2s[i] = -1;
            s2g[s[0]->ix] = -1;
        }
    }
};

void subgraph_mining(GraphCode &gc, int next)
{
    /* construct graph from DFS code */
    Graph *g = new Graph;
    vector<const Edge *> &s = gc.seq;
    g->node_label.resize(next);
    g->edge_label = new vector<int>[next];
    g->edge_next = new vector<int>[next];
    for (size_t i = 0; i < s.size(); ++i)
    {
        int ix = s[i]->ix, iy = s[i]->iy, a = s[i]->a;
        g->node_label[ix] = s[i]->x;
        g->node_label[iy] = s[i]->y;
        g->edge_label[ix].push_back(a);
        g->edge_label[iy].push_back(a);
        g->edge_next[ix].push_back(iy);
        g->edge_next[iy].push_back(ix);
    }

    /* minimum DFS code pruning stage (4) */
    Traveler t(s, *g);
    t.travel();
    if (!t.isMin())
    {
        delete[] g->edge_label;
        delete[] g->edge_next;
        delete g;
        return;
    }

    S.push_back(g);

    /* enumerate potential children with 1-edge growth */
    map<Edge, vector<int> > m;
    for (size_t i = 0; i < gc.gs.size(); ++i)
    {
        set<Edge> c;
        SubTraveler st(s, GS[gc.gs[i]], c);
        st.travel(next);
        for (set<Edge>::const_iterator j = c.begin(); j != c.end(); ++j)
            m[*j].push_back(gc.gs[i]);
    }

    /* mining subgraph children */
    for (map<Edge, vector<int> >::iterator i = m.begin(); i != m.end(); ++i)
    {
        const Edge *e = &i->first;
        vector<int> &spp = i->second;
        if ((int)spp.size() < min_support)
            continue;
        GraphCode child_gc;
        child_gc.gs.swap(spp);
        child_gc.seq = s;
        child_gc.seq.push_back(e);
        if (e->iy == next)
            subgraph_mining(child_gc, next + 1);
        else
            subgraph_mining(child_gc, next);
    }

    g->gs.swap(gc.gs);
}
16
2

猜你在找
深度学习基础与TensorFlow实践
【在线峰会】前端开发重点难点技术剖析与创新实践
【在线峰会】一天掌握物联网全栈开发之道
【在线峰会】如何高质高效的进行Android技术开发
机器学习40天精英计划
Python数据挖掘与分析速成班
微信小程序开发实战
JFinal极速开发企业实战
备战2017软考 系统集成项目管理工程师 学习套餐
Python大型网络爬虫项目开发实战(全套)
查看评论
* 以上用户言论只代表其个人观点,不代表CSDN网站的观点或立场
    个人资料
    • 访问:514735次
    • 积分:4064
    • 等级:
    • 排名:第7130名
    • 原创:32篇
    • 转载:1篇
    • 译文:1篇
    • 评论:643条
    文章分类
    最新评论