取代matlab, Linux下科学计算环境的搭建

原创 2011年05月15日 11:13:00

 不久前,学姐发给我一程序,我开虚拟机跑matlab算了一边,虽然我给了虚拟的XP 512M的内存,还是慢的要命。足足等了30s才出来结果。这还是只算了一遍,如果是算两层循环,96*2遍的话,我去新街口溜达一圈再回来也算不好。

    可见,用虚拟机跑matlab的孩子你伤不起。

    之前阿诺推荐我去看看numpy,当时没放在心上,现在想来就很有必要了。废话不说了,下面开始正题。

    先来段背景介绍:

    随着NumPy, SciPy, Matplotlib, Enthought librarys等众多程序库的开发,Python越来越适合于做科学计算、绘制高质量的2D和3D图像。和科学计算领域最流行的商业软件Matlab相比,Python是一门通用的程序设计语言,比Matlab所采用的脚本语言的应用范围更广泛,有更多的程序库的支持。虽然Matlab中的许多高级功能和toolbox目前还是无法替代的,不过在日常的科研开发之中仍然有很多的工作是可以用Python代劳的。

 

    http://www.pythonxy.com/这是官网,会看到,它要求先安装Python,Eclipse,Qt,Spyder。

    Python必定有了的。不用安装了。

    Qt也许图形窗口什么的会用到,yum install qt 也就好了,不大

    spyder是个模仿matlab界面的gui,yum install spyder 。

    至于eclipse,干嘛要装呢?不知道,但我还是装了,yum install eclipse下来的体积好大,有240M,比去官网下还大,也不知道为什么。

    

    安装好这些后,继续yum install ipython,这也是个python的shell,不过好像比默认的shell好,装好后能够在spyder里面找到 它。(我理解的ipython shell==python shell + bash shell)

    还需要装一些科学计算的类库。

    yum install numpy     

    yum install scipy

    NumPy,SciPy这两个类库是用来做科学计算的,据说装好后计算能力就与matlab相当了,不过我没自己验证过。

    yum install sympy

    这是个符号运算库

    上面这三个安装都比较简单,困难的是下面几个:

    Traits 用来绘图 和可视化的。

    https://github.com/enthought/ets/raw/master/ets.py

    先去上面这个页面把代码复制下来,自己建一个ets.py的文本,paste。

    然后建一个ets的文件夹,将ets.py放进去。

    cd到ets文件夹

    python ets.py clone

    很大,但也包括了Chaco、Mayavi2等多个类库,估计有近100M

    最后只剩下一个matplotlib。

    http://matplotlib.sourceforge.net/

    这是他的官网,我一开始怎么找都找不到。最后在News里找到了,这也太搞了。

    先是用axel下的1.0版,下下来后打开不了,貌似损坏了,估计是axel的问题,用它下的歌也有点问题。

    重新用chrome下的0.9.貌似firefox自带的那个更快,感觉从来只比axel慢一点点,比chrome快多了。

    解压后,看readme。

    这是我看过的最差的readme了,连怎么安装都没写。

    我是cd到那个文件夹后

    python setup.py build

    python setup.py install

    这样就能用了。

    




    最后推荐本书,东南大学出版的影印版的《programming python》,一旦看过,你肯定不会再看其他python的书了。


是O
'Reilly的书。

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