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原创 关于文章的背景颜色的编辑

大家先点击编辑文章右上方的源代码；然后把这段代码复制过去，然后再点击一下源代码，你就可以写文字到这里了。如下图：或者大家可以改颜色的：看上面的代码，color里面可以改成那个红色的：红色的是backgroud-color：（255，0，0）how are fine thank  you how are fine thank  you

原创 走出浮躁的泥沼：仅专注就能胜过大部分人

有这么一个观点：在IT界成功比很多行业要容易得多。最容易成功和获得一份不错薪资的行业就是IT，只要你有学习能力，因为你所有要学的东西，都在网上，通过Google可以获得你想要提高的所有东西。只要你坚持不断的写程序，少说多写，你就很容易脱颖而出，因为你周围大部分人都在玩，有的在看垃圾小说，有的在聊天和微博，有的在低头玩弄智能手机。很少有人能够驱动自己从头到尾，从前端到后端，从页面到数据库，独

原创 别人拿不走的才是你最有价值的

每次面试应届毕业生的时候，我都会先让这些应聘者做个自我介绍。这时候，我总会听到这样的声音：“我是××学校的，我在××实习过，我是××社团社长、学生会主席，我的GPA是3.8。”“我是××学校的，在××实习过，还在××实习过，现在去了××。”“我正在××实习，我还投了A、B、C、D公司，我的理想是找一个月薪超过7000元的工作。”这样的结果并不难解释：上大学前，所有的家人

原创 利用ultraedit打开超大文件 G以上级别的简单配置

要想打开很大的文件，你要进行一下简单的配置：高级——配置——临时文件——

原创 序列拼装软件：stampy的使用方法

首先大家可以到我的资源里面去下，也可以google“stampy”然后需要填写邮箱等信息，然后给你发链接，然后才能够下载。我们在linux下首先要某个文件夹下进行解压缩，具体的解压缩方法看上一篇文章。我们这里在学习过程中做一些记录，以便后来翻看。可能要解压两次。解压好了以后需要到文件夹里面，然后里面有个readme的东西，你读读，安装的方法就是make一下。也就是在目录下，打开命令行，然后

原创 linux中cat命令；解压缩命令

学会了以后真的很有用，很快捷。cat主要有三大功能：1.一次显示整个文件。$ cat   filename2.从键盘创建一个文件。$ cat  >  filename只能创建新文件,不能编辑已有文件.3.将几个文件合并为一个文件。$cat   file1   file2  > filecat具体命令格式为 : cat [-AbeEnstT

原创 Three condition，多条件的过滤数据

#!/usr/bin/perl# Now we choose the line bur=oy; edi=no and col hi kn ler mt rsch tsu wu# are same to bur or edi use strict;use warnings;my @information;open(THREE, "OnlyATGC.txt") || die("c

原创 按行内容来分类：按照一行中元素个数的不同写入不同的文件夹

我们手里有这样的文件：1000033 A A A A A A A A A A A A A A C A A A A 1000114 G G C G G G G G G G G G G G G G G G G 100013 C C T C T T T C C C C C C T C C C C C 1000238 C C G C C C C C C C C C C C C C C C

原创 perl应用：snp提取后续处理：非ATGC行的删除

有如下的数据结构，我们知道DNA中碱基只有四种，ATGC，但是因为测序过程中的种种原因，可能出现R，M等情况，也就是所谓的兼并碱基，可参考前面的标准核酸表。如下面中第三行中有一个R，但是我们在分析的过程中，希望把这样的行给去掉。25806202 T T C T T T T T T C T T T T T T T T T 25806240 C C C C C C C C C C C C

原创 perl应用：提取snp后续处理：删除带有“—”的行remove-.pl

原来的数据结构如下：10000470 A A A A A A - A A A A - C A A - A - A 10000552 C C C C C C - C C C C - T C C - C - C 10000565 G G T G G G - G - T G - T G G - G - G 10000566 T T C T T T - T - C T - C T T

原创 答案一定隐藏在问题之中

反思从昨天到今天一来遇到的问题，让我苦思许久的问题，就在不经意之间得到了解决。当我们遇到一个问题的时候，什么才是解决之道呢？凡是我们遇到问题，既然是问题，一定有问题的构成要素，我们要做的就是把问题中的所有关键内容进行提取，或者不断的对问题进行各个方面的更加详细的搜集信息。让问题得到更加全面的描述。当描述的越全面的时候，我们的解就越来越明显。所以我们在面对问题的时候沉静下

原创 perl应用：SNP的提取（4）：信息的补全all.pl和重复区域的删除repeat_move_all_information.pl！

我们在上一篇文章中看了最后的输出结果如下：pos TAIR bur can ct edi hi kn ler mt no oy po rsch sf tsu wil ws wu zu 1000 G - A - - - - - - - - - - - - - - - -10000003 C - - - - - G - - - - - - - - - - - -10000013 A -

原创 perl应用：SNP的提取（3）：18个样品SNP的合并join.pl,+忽略-多的行

在（2）中我们只是取出了一个sample的snp位点，我们的想法是把所有的SNP位点统计到一个文本里面，这样，我们就可以看出哪些SNP位点的出现的频率更大。也就是哪些是真正的SNP位点，只出现在一个样品中的SNP位点，有可能是因为测序不准，导致的假阳性。思路如下：1.先打开第一个样品的snp位点，然后将snp在ref的位置和碱基作为hash的key，然后把样品的碱基作为value。2.

原创 perl应用：SNP的提取（2）：从对比序列中找到SNP位点并输出 a.pl

我们从第一步中得到的是一个如下的文件：##maf version=1 scoring=lastz.v1.02.00# lastz.v1.02.00 --ambiguous=iupac --notransition --step=20 --nogapped --format=maf ## hsp_threshold = 3000# gapped_threshold =

原创 perl应用：SNP的提取（1）：lastz

现在有18个sample（样品）的DNA序列，然后有一个对比序列ref，我们的任务就是对照ref序列，从18个sample中提取出SNP位点。事情的详细步骤如下：1.首先利用lastz把每一个样品进行对比，从中找出配匹的大片段。这个过程需要用的是lastz的用法和perl中系统命令。关于lastz，用法可以用google "lastz",或者直接到http://www.bx.psu.e

原创 标准核酸代码表

标准核酸（DNA、RNA）代码（符号）表Standard IUB/IUPAC nucleic acid codes (symbols) tableCode Nucleic Acid(s)A---- AdenineC---- CytosineG---- GuanineT---- ThymineU---- UracilM---- A or C (amino)R-

原创 perl应用：从基因组里分割染色体序列

染色体的结构：>Chr1nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn>Chr2ATGCATGC下面是程序：use strict;use warnings;my $dna_filename;my $DNA0='';my $DNA1='';my $DNA2='';my $DNA3='';my $DNA4='';my $DNA5='';pri

转载 VIM复制到系统剪切板

菜鸟，初玩VIM怎么把VIM中的东西复制出来，或者怎么把外面的东西复制进VIM成了问题。上网，查了些资料，先把方法记录在此。VIM中有很多的很多的寄存器，可以使用命令[plain] view plaincopy：reg  用:reg命令可以查看各个粘贴板里的内容。在vim中简单用y只是复制到“（双引号)粘贴板里，同样用p粘

原创 perl应用：从NCBI提供的信息中获取需要的序列（下）use Scalar

use strict;use warnings;my $annotation =' ';my $dna =' ';my $record =' ';my $save_input_separator =$/;open (DNAFILENAME,'f:\\perl\\strawberry.gb')||die("can not open the file!");$/ = "//\n";

原创 perl 变量 $/ 的用法解析：上下文为行模式时，$/ 定义以什么来区分行

今天在看书的过程中，遇到 $/ 这个变量，我们来总结一下这个变量在默认状态下，我们很显然都是用\n来区分行，\n也被我们称作为换行符。当我们读取序列的时候，我们按行来读取的时候，就是以换行符为标准。我们读取的strawberry1.gb的文件内容如下：LOCUS JX118024 460 bp DNA linear

原创 Mastering Regular Expressions 知识点总结（持续更行中，图片剪切）

原创 perl应用：从NCBI提供的信息中获取需要的序列（上）use Arrays

我们首先来看一下GenBank中序列的格式，我从http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JX118024.1中复制了这个信息到strawberry.gb中LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012DEFINITION Fragari

原创 perl应用：从NCBI提供的信息中获取需要的序列（上）

我们首先来看一下GenBank中序列的格式，我从http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JX118024.1中复制了这个信息到strawberry.gb中LOCUS JX118024 460 bp DNA linear PLN 25-SEP-2012DEFINITION Fragari

原创 vim插件：perl-support 在windows下的安装和应用,和linux下 的安装（非常简单）

第一：插件可以到官网上下载，顺便把网址贴上来：http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=556下载下来以后，解压文件夹，然后看里面的README.perlsupport.我自己摸索的时候花费了很大的力气，光是看英语的介绍，就把我吓退了几次，如果大家有不明白的地方，欢迎评论交流，或者发邮件rongchaogao@gmail.com我在

原创 windows 下vim taglist插件的安装，真实可用

windows XP下，gvim,安装taglisttaglist 是在vim 下可以像 vc当中的可以列出类，函数 的插件。 一，下载ctags,将其中的 ctags.exe 复制到gvim.exe 所在的目录，我的是 C:\Program Files\Vim\vim73如果不复制的话，会出现"Taglist: Exuberant ctags (http://ctag