自由树转化为有根树

#include<iostream>
#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<algorithm>
#include<iostream>
#include<vector>
#include<set>
#include<string>
using namespace std;
vector<int>old[1001];
vector<int>now[1001];
int vis[1001];
void change(int x)
{
    int i;
    vis[x]=1;
    for(i=0;i<old[x].size();i++)
    {
        if(vis[old[x][i]])continue;
        now[x].push_back(old[x][i]);
        change(old[x][i]);
    }
}
int main()
{
    int i,n,j;
    int a,b;
    while(~scanf("%d",&n))
    {
        memset(vis,0,sizeof(vis));
        for(i=0;i<=n;i++)
        {
            old[i].clear();
            now[i].clear();
        }
        for(i=1; i<n; i++)
        {
            scanf("%d%d",&a,&b);
            old[a].push_back(b);
            old[b].push_back(a);
        }
        change(1);
        for(i=1;i<=n;i++)
        {
            printf("%d的子节点为: ",i);
            for(j=0;j<now[i].size();j++)
            {
                printf("%d ",now[i][j]);
            }
            cout<<endl;
        }
    }
    return 0;
}


要将基因转换为有根树,并以进化中的分支作为外群定根,可以使用以下代码: ```R library(ape) # 定义一个函数来将基因转化为有根树 root_gene_tree <- function(gene_tree, outgroup_branch) { # 将进化中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root(gene_tree, outgroup = outgroup_branch) return(rooted_gene_tree) } # 定义一个函数来批量转化基因为有根树 batch_root_gene_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) { # 读取物种 species_tree <- read.tree(species_tree_file) # 创建输出文件夹(如果不存在) dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE) # 获取基因文件列表 gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE) for (i in seq_along(gene_tree_files)) { gene_tree_file <- gene_tree_files[i] gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) # 将基因转化为有根树,并以进化中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root_gene_tree(gene_tree, "DCYL") # 构建新的文件路径 output_file <- file.path(output_folder, paste0("rooted_", basename(gene_tree_file))) # 将有根树写入新的文件 write.tree(rooted_gene_tree, file = output_file) } } # 设置基因文件夹路径、物种文件路径和输出文件夹路径 gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees" # 替换为您的基因文件夹路径 species_tree_file <- "/path/to/species_tree.treefile" # 替换为您的物种文件路径 output_folder <- "/path/to/output_folder" # 替换为您希望输出的新文件夹路径 # 执行批量转化为有根树并保存到新目录下 batch_root_gene_trees(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) ``` 在以上代码中,`root_gene_tree`函数使用`root`函数将基因转换为有根树,并以进化中的分支`DCYL`作为外群进行定根。`batch_root_gene_trees`函数遍历基因文件夹中的每个基因文件,读取基因并调用`root_gene_tree`函数进行转换。然后,将有根树保存到一个新的文件中,该文件名以"rooted_"前缀加上原始基因文件名。 请将`gene_tree_folder`、`species_tree_file`和`output_folder`替换为您实际的文件夹路径。注意,输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹,代码中会尝试创建它。
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