入门经典 无根树转化为有根树

无根树 转化为有根

vector[] 记录节点的子节点

int[] ->p p[i]=a 表示 i的父节点为a

#include <iostream>
#include <vector>

using namespace std;

int p[100],n;
vector<int> v[100];

void readtree()
{
    int a1,a2;
    cin>>n;
    for(int i=0;i<n;++i)
    {
        cin>>a1>>a2;
        v[a1].push_back(a2);
        v[a2].push_back(a1);
    }
}

void bfs(int son,int fa)
{
    for(int i=0;i<v[son].size();++i)
    {
        if(v[son][i]!=fa)
            bfs(v[son][i],p[v[son][i]]=son);
    }
}

int main()
{
    readtree();
    p[1]=-1;
    bfs(1,-1);
    for(int i=0;i<=n;++i)
        cout<<p[i]<<" ";
    return 0;
}


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要将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支作为外群定根,可以使用以下代码: ```R library(ape) # 定义一个函数来将基因树转化为有根树 root_gene_tree <- function(gene_tree, outgroup_branch) { # 将进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root(gene_tree, outgroup = outgroup_branch) return(rooted_gene_tree) } # 定义一个函数来批量转化基因树为有根树 batch_root_gene_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) { # 读取物种树 species_tree <- read.tree(species_tree_file) # 创建输出文件夹(如果不存在) dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE) # 获取基因树文件列表 gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE) for (i in seq_along(gene_tree_files)) { gene_tree_file <- gene_tree_files[i] gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) # 将基因树转化为有根树,并以进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root_gene_tree(gene_tree, "DCYL") # 构建新的文件路径 output_file <- file.path(output_folder, paste0("rooted_", basename(gene_tree_file))) # 将有根树写入新的文件 write.tree(rooted_gene_tree, file = output_file) } } # 设置基因树文件夹路径、物种树文件路径和输出文件夹路径 gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees" # 替换为您的基因树文件夹路径 species_tree_file <- "/path/to/species_tree.treefile" # 替换为您的物种树文件路径 output_folder <- "/path/to/output_folder" # 替换为您希望输出的新文件夹路径 # 执行批量转化为有根树并保存到新目录下 batch_root_gene_trees(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) ``` 在以上代码中,`root_gene_tree`函数使用`root`函数将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支`DCYL`作为外群进行定根。`batch_root_gene_trees`函数遍历基因树文件夹中的每个基因树文件,读取基因树并调用`root_gene_tree`函数进行转换。然后,将有根树保存到一个新的文件中,该文件名以"rooted_"前缀加上原始基因树文件名。 请将`gene_tree_folder`、`species_tree_file`和`output_folder`替换为您实际的文件夹路径。注意,输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹,代码中会尝试创建它。
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