Windows7环境下Circos使用教程

       一个朋友的系统生物学选修课要讲Circos的使用,所以就下载安装使用了一下。嗯,这里讲下使用和遇到的问题,仅供参考。

一、下载安装软件包

1.strawberry perl

       因为Circos软件是依赖perl语言编译环境的,但是windows环境下默认是没有perl的,所以需要先安装perl编译环境才能正常运行Circos。

(1).下载perl软件地址:http://www.perl.org然后选择download菜单。


(2).进入download菜单页面,会有三种操作系统的下载文件,我们选择windows,推荐下载strawberry perl这个版本。


(3).点击链接,会跳转到另一个下载页面,这时要根据自己机器是32位还是64位选择下载正确版本。


(4).运行.msi文件,然后在控制台cmd中输入测试命令:perl -v,如果能正确输出版本信息,说明安装成功。


2.Circos

(1).访问http://circos.ca/,选择software菜单。


(2).选择子菜单,download菜单。


(3).进入download有比较多版本可以选择,而且也有一些辅助软件,可以只选择最新版本下载。这个是压缩文件,解压即可使用不需要安装。


3.必要模块

       要能正常运行Circos,还依赖一些必要的模块,这里列出的是基本模块,如果运行例程时提示miss the Perl module ***,就需要自己手动下载缺失的模块。如下图错误就是缺失了必要的模块Statistics::Basic,需要下载。


(1).访问http://www.cpan.org/,在search里面输入你缺失的模块名称,然后search。


(2).选择第一个搜索结果。


(3).下载这个模块。这是一个待解压的文件,需要解压两次,然后我们找到这里面的所有的.pm文件,一般来说都在根目录和lib中,但是也有例外,比方说Statistics::Basic这个模块就在Basic文件夹下,这也是为什么用strawberry perl的cpan控制台使用get、make、instal命令下载安装了这个模块,但是运行还是提示缺失这个模块的原因。


(4).把模块的.pm文件放到Circos的lib文件夹中。需要注意的是,类似上面的Statistics::Basic要现在lib文件夹中先创建一个文件夹Statistics,然后再把Basic的.pm文件拷到Statistics文件夹中。重复1-4步操作,把其他基本模块下载下来,然后拷贝到lib文件夹下,如下图目录所示。


4.小结

            总的来说,完成上面的步骤还是要花蛮长时间的,前人栽树后人乘凉,所以我把所有的东西都下载好了,然后打包,可以直接在这个地址下载:http://download.csdn.net/detail/u012321815/8658879

二、Circos使用

1.自带例程使用

       Circos这个压缩文件里面自带了一个例程工程,我们可以用这个例程来测试是否能够正常出图。

(1).打开控制台cmd,跳转到我们的Circos根目录,如这里就是circos-0.67-7这个根目录。根据自己解压位置,用cd命令来跳转到根目录即可。


(2).执行perl命令。perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf。这句命令可以这么理解,perl是命令头,这个很好理解,就是使用perl进行编译执行;这个命令现在后面有三个参数,第一个是指使用bin文件夹下的circos来运行这条命令;第二个参数是一个描述,指编译执行conf文件;最后一个参数就是具体的.conf文件的具体位置。我们打开etc这个文件夹,可以看到还有很多其他的.conf文件,这些文件其实都是circos.conf的依赖项,我们可以打开circos.conf看到有很多<<include ***.conf>>的语句,这可以理解为依赖这个.conf文件。执行成功,我们可以从控制台看到花费时间,同时在根目录会生成一幅circos.png图片。



2.使用官网上其他例程

       这里还下载了其他的官网例程,但是测试通过了几个,还有一些依然有错误,还有待学习。

(1).访问http://circos.ca/documentation/tutorials/quick_start/,可以看到有9个工程例程。


(2).这里以第三个为例,点击第三个链接。可以看到有三个菜单,Lesson、image和configuration。第一个是简单说明;第二个是运行结果产生的图片;第三个是配置文件,也是最核心的代码部分。


(3).我们可以简单的按照configuration里面的文件,在原工程的基础上直接修改。这里configuration需要设置三个文件:circos.conf、ideogram.conf和ticks.conf。我们直接复制粘贴到原工程里面的文件里(也可以重新新建文件夹,然后自己手动添加这三个文件),然后执行即可。这里建议使用perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf -outputdir output -outputfile circos.png命令,这个与之前不同的是加了几个参数,分别是输出图片的文件夹名称,这里是用output代替的,另一个是输出文件名称,这里是用circos.png代替的,这两个都是可以自己设定的。默认不设定的话,就是在根目录下circos.png,这样就会覆盖掉以前例程产生的图片,所以输出图片最好不要同名。


3.小结

       我和朋友测试通过了前面几个例程,但是还有别的其他例程没有测试或者测试没有成功,所以希望多多指教啦!

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