Windows7环境下Circos使用教程

       一个朋友的系统生物学选修课要讲Circos的使用，所以就下载安装使用了一下。嗯，这里讲下使用和遇到的问题，仅供参考。

一、下载安装软件包

1.strawberry perl

       因为Circos软件是依赖perl语言编译环境的，但是windows环境下默认是没有perl的，所以需要先安装perl编译环境才能正常运行Circos。

(1).下载perl软件地址：http://www.perl.org。然后选择download菜单。

(2).进入download菜单页面，会有三种操作系统的下载文件，我们选择windows，推荐下载strawberry perl这个版本。

(3).点击链接，会跳转到另一个下载页面，这时要根据自己机器是32位还是64位选择下载正确版本。

(4).运行.msi文件，然后在控制台cmd中输入测试命令：perl -v，如果能正确输出版本信息，说明安装成功。

2.Circos

(1).访问http://circos.ca/，选择software菜单。

(2).选择子菜单，download菜单。

(3).进入download有比较多版本可以选择，而且也有一些辅助软件，可以只选择最新版本下载。这个是压缩文件，解压即可使用不需要安装。

3.必要模块

       要能正常运行Circos，还依赖一些必要的模块，这里列出的是基本模块，如果运行例程时提示miss the Perl module ***，就需要自己手动下载缺失的模块。如下图错误就是缺失了必要的模块Statistics::Basic，需要下载。

(1).访问http://www.cpan.org/，在search里面输入你缺失的模块名称，然后search。

(2).选择第一个搜索结果。

(3).下载这个模块。这是一个待解压的文件，需要解压两次，然后我们找到这里面的所有的.pm文件，一般来说都在根目录和lib中，但是也有例外，比方说Statistics::Basic这个模块就在Basic文件夹下，这也是为什么用strawberry perl的cpan控制台使用get、make、instal命令下载安装了这个模块，但是运行还是提示缺失这个模块的原因。

(4).把模块的.pm文件放到Circos的lib文件夹中。需要注意的是，类似上面的Statistics::Basic要现在lib文件夹中先创建一个文件夹Statistics，然后再把Basic的.pm文件拷到Statistics文件夹中。重复1-4步操作，把其他基本模块下载下来，然后拷贝到lib文件夹下，如下图目录所示。

4.小结

            总的来说，完成上面的步骤还是要花蛮长时间的，前人栽树后人乘凉，所以我把所有的东西都下载好了，然后打包，可以直接在这个地址下载：http://download.csdn.net/detail/u012321815/8658879

二、Circos使用

1.自带例程使用

       Circos这个压缩文件里面自带了一个例程工程，我们可以用这个例程来测试是否能够正常出图。

(1).打开控制台cmd，跳转到我们的Circos根目录，如这里就是circos-0.67-7这个根目录。根据自己解压位置，用cd命令来跳转到根目录即可。

(2).执行perl命令。perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf。这句命令可以这么理解，perl是命令头，这个很好理解，就是使用perl进行编译执行；这个命令现在后面有三个参数，第一个是指使用bin文件夹下的circos来运行这条命令；第二个参数是一个描述，指编译执行conf文件；最后一个参数就是具体的.conf文件的具体位置。我们打开etc这个文件夹，可以看到还有很多其他的.conf文件，这些文件其实都是circos.conf的依赖项，我们可以打开circos.conf看到有很多<<include ***.conf>>的语句，这可以理解为依赖这个.conf文件。执行成功，我们可以从控制台看到花费时间，同时在根目录会生成一幅circos.png图片。

2.使用官网上其他例程

       这里还下载了其他的官网例程，但是测试通过了几个，还有一些依然有错误，还有待学习。

(1).访问http://circos.ca/documentation/tutorials/quick_start/，可以看到有9个工程例程。

(2).这里以第三个为例，点击第三个链接。可以看到有三个菜单，Lesson、image和configuration。第一个是简单说明；第二个是运行结果产生的图片；第三个是配置文件，也是最核心的代码部分。

(3).我们可以简单的按照configuration里面的文件，在原工程的基础上直接修改。这里configuration需要设置三个文件：circos.conf、ideogram.conf和ticks.conf。我们直接复制粘贴到原工程里面的文件里(也可以重新新建文件夹，然后自己手动添加这三个文件)，然后执行即可。这里建议使用perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf -outputdir output -outputfile circos.png命令，这个与之前不同的是加了几个参数，分别是输出图片的文件夹名称，这里是用output代替的，另一个是输出文件名称，这里是用circos.png代替的，这两个都是可以自己设定的。默认不设定的话，就是在根目录下circos.png，这样就会覆盖掉以前例程产生的图片，所以输出图片最好不要同名。

3.小结

       我和朋友测试通过了前面几个例程，但是还有别的其他例程没有测试或者测试没有成功，所以希望多多指教啦！