庐州月光的博客

欢迎关注”生信修炼手册”!决策树属于监督学习算法的一种，根据原始输入数据中的特征，构建一个树状模型来进行分类。比如探究早晨是否出去打网球的例子，输入数据如下一共有14个样本，其中9个早上都...

欢迎关注”生信修炼手册”!SVM, 全称为support vector machines, 翻译过来就是支持向量机。该算法最常见的应用场景就是解决二分类问题，当然也可以用于回归和异常值检...

欢迎关注”生信修炼手册”!新春临近，又到了年底总结的时候。从下周开始到过年期间，公众号就不再更新了。感谢过去一年粉丝们的支持，每一次阅读和点赞，都是对我的鼓励。在此，提前祝各位公众号的粉丝...

欢迎关注”生信修炼手册”!KNN是一种分类算法，其全称为k-nearest neighbors, 所以也叫作K近邻算法。该算法是一种监督学习的算法，具体可以分为以下几个步骤1. 第一步，载...

欢迎关注”生信修炼手册”!机器学习有3大类算法，回归，分类和聚类，其中回归和分类属于监督学习，而聚类则属于非监督学习。线性回归和逻辑回归是机器学习中最为基础，最广为人知的模型。从名字上看...

欢迎关注”生信修炼手册”!对于回归而言，有线性模型和非线性模型两大模型，从名字中的线性和非线性也可以直观的看出其对应的使用场景，但是在实际分析中，线性模型作为最简单直观的模型，是我们分析...

欢迎关注”生信修炼手册”!在多元线性回归中，多个变量之间可能存在多重共线性，所谓多重，就是一个变量与多个变量之间都存在线性相关。首先来看下多重共线性对回归模型的影响，假设一下回归模型y...

欢迎关注”生信修炼手册”!线性回归模型是使用最广泛的模型之一，也最经典的回归模型，如下所示x轴表示自变量x的值，y轴表示因变量y的值，图中的蓝色线条就代表它们之间的回归模型，在该模型中，...

欢迎关注”生信修炼手册”!数据的质量决定了模型的上限，在真实的数据分析中，输入的数据会存在缺失值，不同特征的取值范围差异过大等问题，所以首先需要对数据进行预处理。预处理是数据挖掘的第一步...

欢迎关注”生信修炼手册”!在真实世界中的数据，难免会有缺失值的情况出现，可能是收集资料时没有收集到对应的信息，也可能是整理的时候误删除导致。对于包含缺失值的数据，有两大类处理思路1. 删...

欢迎关注”生信修炼手册”!数据是机器学习的必备条件，输入数据的质量高低，是影响机器学习模型效果的决定性因素条件之一。对于机器学习的学习者而言，拥有一个数据集来练手是第一步。在scikit...

欢迎新老客户预定玮瑜消费预存卡详情咨询谢先生13611825136本课程具体内容安排请下拉▼其他班课程详情请点击1.30-31线上请点击：如何将中药网络药理学和分子对接结合发表高分论文1...

在上一篇生信云实证《提速2920倍！用AutoDock Vina对接2800万个分子》里，我们基于不同用户策略，调用10万核CPU资源，帮用户进行了2800万量级的大规模分子对接，将运算...

欢迎关注”生信修炼手册”!随着大数据的爆发，以及计算机算力的加强，以机器学习为代表的人工智能领域逐渐火热起来。机器学习有以下几个构成要素1. 数据，大数据是必备条件，是机器学习的输入信息...

欢迎关注”生信修炼手册”!KEGG数据库称之为基因组百科全书，是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据，官方提供了对应的API。在bi...

欢迎关注”生信修炼手册”!基因组结构元件的可视化有多种方式，比如IGV等基因组浏览器中以track为单位的展示形式，亦或以circos为代表的圈图形式，比如在细胞器基因组组装中，基因元件...

欢迎关注”生信修炼手册”!进化树以树状结构形象的展示各个节点的进化关系，在物种进化，亲缘关系研究领域广泛应用。在biopython中，通过Bio.Phylo子模块，可以方便的访问和展示树...

欢迎关注”生信修炼手册”!NCBI网站是最常用的生物信息数据库之一，集成了pubmed,genebank等子数据库。最简便的用法当然是直接在网站上检索，为了方便检索，NCBI提供了自己的...

欢迎关注”生信修炼手册”!序列比对是生物信息学分析中的常见任务，包含局部比对和全局比对两大算法，局部比对最经典的代表是blast, 全局比对则用于多序列比对。在biopython中，支持...

欢迎关注”生信修炼手册”!序列是基因组学数据的基本单位，对于序列先关信息的存储，有以下两种常用的文件格式1. fasta2. genebank通过biopython, 我们可以方便的读取...

欢迎关注”生信修炼手册”!biopython和bioperl, biojava项目类似，都是Open Bioinformatics Foundation组织的项目之一，旨在提供一个编程接...

欢迎关注”生信修炼手册”!bedtools是区间操作最常用的软件，pybedtools对其进行了封装，可以在python编程环境中灵活使用bedtools,而且进一步拓展出了很多有用的功...

欢迎关注”生信修炼手册”!bam, bedgraph, bigwig是3种常见的存储测序深度信息的文件，都可以方便的导入IGV浏览器进行查看，其中bigwig最为常用。在chip_seq...

欢迎关注”生信修炼手册”!pysam模块对samtools和tabix进行了封装，可以在python程序内部来操作和访问相关的文件，具体地，支持以下4种文件1. Fasta/Fastq2...

欢迎关注”生信修炼手册”!conda的核心功能包括environments和packages的管理，在之前的文章中介绍了environments的管理技巧，本文来看下packages的管...

欢迎关注”生信修炼手册”!environments作为conda的核心组件，用于封装相互独立的软件环境。通过在不同的environment中安装packages,来实现不同软件的相互独立...

欢迎关注”生信修炼手册”!channels是conda下载包的镜像网站，通过如下命令可以查看已有的channelsconda config --show channelschannel...

腾讯云+社区【年度征文】活动11月25号正式启动啦！2020 年你完成了什么呢？2020 的你遇见了什么开心事或是伤心事？实现了技术突破还是遇上了技术瓶颈？是和志同道合的朋友一起创业了；...

欢迎关注”生信修炼手册”!python语言在发展的过程中，经历了python2到python3的迁移，对应的包也出现了多个版本。如何在一台服务器上同时安装不同版本的python,不同版本...

欢迎关注”生信修炼手册”!在python中，通过如下两个模块可以实现邮件的自动化操作1. smtplib2. emailsmtplib模块是对SMTP协议的封装，用于发送邮件；email...

欢迎关注”生信修炼手册”!ppt通过其精美的可视化技巧以及良好的演示效果，成为了职场人士的必备技能。ppt的设计是一门大学问，无论是设计技巧，还是操作方法，都衍生出了专门的课程。本文主要...

欢迎关注”生信修炼手册”!和word文档一样，pdf文件也拥有强大的排版功能。对于pdf的编程操作而言，分为读和写两大类，其中读是相对简单的一种，比如读出pdf文件中的文字，写是比较难的...

欢迎关注”生信修炼手册”!对于windows系统的编程开发，微软一开始提供了基于VB语言的接口，后来又推出了.NET框架。对于word等offices套件的自动化操作，由于原生支持的特性...

欢迎关注”生信修炼手册”!word文档的自动化处理是一件比较头痛的事情，因为深耕于windows操作系统，对于跨平台需求的word文档编辑，是非常痛苦的一件事。在python的生态环境中...

欢迎关注”生信修炼手册”!xlrd模块用于读取excel文件，xlwt模块用于写入excel文件，二者搭配，可以灵活的操作excel文件。相比openpyxl模块，xlrd和xlwt可以...

欢迎关注”生信修炼手册”!读写excel是日常工作中的高频操作，openpyxl模块支持对后缀为xlsx的excel文件进行读写，注意，它不支持后缀为xls的文件。所有模块对excel进...

欢迎关注”生信修炼手册”!在scrapy创建的爬虫项目中，包括了以下4个基本文件1. items.py2. middlewares.py3. pipelines.py4. setting...

欢迎关注”生信修炼手册”!在scrapy框架中，Downloader Middlewares称之为下载中间件，可以对爬虫的requests请求进行封装处理，典型的应用有以下3种1....

欢迎关注”生信修炼手册”!用户代理可以将普通的爬虫请求伪装成浏览器发出的请求，从而绕过目标网站的反扒机制。获取用户代理，最基本的方式就是在自己的浏览器中进行查看，图示如下这样的方式简洁直...

欢迎关注”生信修炼手册”!生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题，但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情。学习生信从来就不是一个简单的事，需要做...

欢迎新老客户预定玮瑜消费预存卡详情咨询谢先生13611825136本班课程安排请下拉▼其他班课程详细请点击11.14-15线上点击：SCI论文插图规范化制作专题学习线上班11.21-22...

欢迎关注”生信修炼手册”!spider以item的形式返回结构化的信息，这些信息会传递给item pipeline进行处理。在这个环节，我们可以根据需要对数据进一步处理，经典的处理场景有...

欢迎关注”生信修炼手册”!在scrapy框架中，spider具有以下几个功能1. 定义初始爬取的url2. 定义爬取的行为，是否跟进链接3. 从网页中提取结构化数据所谓的跟进链接，其实就...

欢迎关注”生信修炼手册”!框架是为了解决特定的业务场景而开发的一套高质量代码，通过框架避免了重复造轮子的低效模式，可以更加专注于具体业务相关的代码。在python中，scrapy就是一个...

欢迎关注”生信修炼手册”!有多种方式可以从网页中提取我们需要的信息，既可以通过正则表达式，也可以使用BeautifulSoup模块。除此之外，xpath表达式也是一种常见用法。xpath...

欢迎关注”生信修炼手册”!BeautifulSoup模块用于解析html和xml文档中的内容，相比正则表达式，其更好的利用了html这种结构性文档的树状结构，解析起来更加方便。解析的第一...

欢迎关注”生信修炼手册”!selenium是一个浏览器自动测试工具，通过驱动程序来自动化操作对应的浏览器，包括了打开浏览器窗口，定位元素，点击按钮，上传文件等操作，支持以下多款主流浏览器...

欢迎关注”生信修炼手册”!对于静态网页，我们只需要访问对应的URL就可以获得全部的数据了，动态网页则没有这么简单。比如以下网站http://q.10jqka.com.cn/zjhhy/d...

欢迎关注”生信修炼手册”!当爬取需要登录之后才可以获取的页面时，我们就可以借助cookie来实现。cookie是一种存储在本地浏览器中的用户认证信息，具体表现为一串字符串。当我们在浏览器...

欢迎关注”生信修炼手册”!通过用户代理我们可以将普通的爬虫程序伪装成浏览器，而IP代理的作用则是用于突破目标服务器对同一IP访问频率的限制。在网站的反爬虫策略中，限制IP访问频率是比较常...

欢迎关注”生信修炼手册”!用户代理对应的英文名称为User-Agent,简称UA.其具体内容为一行字符串，用来表征操作系统，浏览器版本等信息，以谷歌浏览器为例，通过快捷键F12的调试...

欢迎关注”生信修炼手册”!网络爬虫是一个从网站上自动下载数据，并进行格式化整理的计算机程序，近几年网络爬虫工程师这一职位，也是相当多火热。python作为一个全能型选手，进行爬虫开发也是...

欢迎关注”生信修炼手册”!seaborn在matplotlib的基础上进行开发，当然也继承了matplotlib的颜色梯度设置, 同时也自定义了一系列独特的颜色梯度。在seaborn中...

欢迎关注”生信修炼手册”!一个好看的图表，图表元素整体样式的协调共存会让人感觉赏心悦目，包括颜色设置，文字大小，边框粗细等各种样式。在seaborn中，可以通过不同的函数来修改图表的样...

欢迎关注”生信修炼手册”!在seaborn中，jointplot函数提供了一种综合的可视化方案，可以同时绘制两组变量的散点图以及各自对应的直方图，基本用法如下>>> i...

欢迎关注”生信修炼手册”!除了统计图表外，seaborn也可以绘制热图，而且支持聚类树的绘制，绘制热图有以下两个函数1. heatmap,绘制普通的热图2. clustermap，绘制...

欢迎关注”生信修炼手册”!seaborn提供了一个快速展示数据库中列元素分布和相互关系的函数，即pairplot函数，该函数会自动选取数据框中值为数字的列元素，通过方阵的形式展现其分布和...

欢迎关注”生信修炼手册”!所谓分类变量的汇总展示，就是根据分类变量对样本进行分组，然后展示每一组的分布，适合多组数据的横向比较。在seaborn中，通过了柱状图，箱体图，小提琴图等多种可...

欢迎关注”生信修炼手册”!在查看一个数据的分布时，常用的可视化形式有直方图，密度分布图等，在seaborn中，相关的函数有以下几个1. histplot.通过直方图来展示数据分布2. ...

欢迎关注”生信修炼手册”!折线图和散点图是最常用的展示两个变量间关系的图表，在seaborn中，通过以下两个函数来绘制对应的图形1. satterplot,绘制散点图2. linepl...

欢迎关注”生信修炼手册”!seaborn是建立在matplotlib上的一个高度封装的模块，针对数据的统计学描述，统计了一系列相关的可视化功能。在该模块中，针对常用的统计图表，分为了以下...

欢迎关注”生信修炼手册”!当我们想要在一幅图中展示多个热图时，采用传统的一页多图的方式，会导致排版的混乱，第一个例子，同时展示两幅热图以及对应的图例，代码如下>>> i...

欢迎关注”生信修炼手册”!常规的柱状图，散点图等展示形式，都是在笛卡尔坐标系中进行展示，是使用最为广泛的图表。这些图表在展示信息方面具有扎实的基础，但是却缺乏了一丝创意。通过极坐标转换，...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，通过子模块ticker可以对坐标轴刻度的位置和样式进行设置。刻度线分为major和minor ticks, 通过以下4个函数可以对其位...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中有一个子模块patches,提供了绘制各种多边形的功能，常用的多边形及其画法如下1.圆形用法如下>>> fig,a...

欢迎关注”生信修炼手册”!除了绘制经典的二维图表外，matplotlib还支持绘制三维图表，通过mplot3d工具可以实现，只需要在axes对象中指定projection参数为3d即可，...

欢迎关注”生信修炼手册”!当我们在绘制图形元素时，需要通过x轴和y轴的坐标来指定具体的位置，这里的x轴和y轴就是我们最常用的坐标系统。其实在matplotlib中，还有很多其他的坐标系统...

欢迎关注”生信修炼手册”!在画图时，经常会遇到文字等图形元素超过了图片边框，显示不全的问题，比如以下代码>>> plt.scatter(x= np.random.ran...

欢迎关注”生信修炼手册”!图例可以帮助我们更好的理解图中的信息，在matplotlib中，通过legend函数来添加图例，有以下两种用法1. 在绘制元素时指定label,然后legend...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，默认存在一个颜色的自动映射机制，当我们绘制多条直线时，会通过这个颜色映射机制来为每条直线赋予不同的颜色，代码如下>>&g...

欢迎关注”生信修炼手册”!所谓主题，其实就是一套样式规则，对背景色，坐标轴，标题等图形基本元素的样式进行设定。R语言的ggplot2中，通过theme来指定图片主题，既可以采用系统自带的...

欢迎关注”生信修炼手册”!当我们想要在一个坐标系中包含另外一个完整的图像时，就需要用到子图相关的技术，在matplotlib中，提供了以下两种实现方式1.画中画通过在原本axes中插入...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，实现一页多图有以下两种方式1. 直接指定2. 动态增加直接指定是在创建figure的时候，就直接定义好多个axes的排列方式；动态增加...

欢迎关注”生信修炼手册”!图像的坐标轴上包含了以下多种元素1. axis lines，坐标轴的轴线2. axis labels，坐标轴的标题3. ticks，刻度线4. ticklabe...

欢迎关注”生信修炼手册”!坐标轴包含了标题，刻度线，刻度标签等多个元素，通过对各个元素进行个性化调整，可以使得图片更加美观。在matplotlib中，包含了一系列函数，可以对各种元素进行...

欢迎关注”生信修炼手册”!双坐标轴图作为常用的可视化方式之一，可以在同一张图中同时展示两个不同范围的数据，示例如下在matplotib中，有以下两种方式来实现一个双坐标轴图1. seco...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，可以通过以下几种函数在图中添加箭头和文字标记1. text，用于添加文字2. arrow，用于添加箭头3. annotate，支持同时...

欢迎关注”生信修炼手册”!直线在可视化中具有重要作用，最经典的用法，就是在阈值的位置添加一条直线，可以清晰的看出点与阈值的关系。在matplotlib中，有以下两种方式，用于在图中绘制直...

欢迎关注”生信修炼手册”!在数据可视化时，除了展示数据的某个具体指，其置信区间也具有非常重要的参考意义，下图是一个典型的线性回归的拟合结果涂色的蓝色直线表示的是线性回归的预测值，浅蓝色区...

欢迎关注”生信修炼手册”!在普通折线图的基础上，有两种特殊的折线图，分别是阶梯图和点线图，首先来看下阶梯图，下图是一个典型的生存曲线可以看到，生存曲线就是一个典型的阶梯图，不同于直接相连...

欢迎关注”生信修炼手册”!对于跨度很大其分布离散的数据，常用log转换来缩写其差距，呈现在图上的效果也更好，比如在绘制转录组的表达量数据时，常用log转换之后的值进行绘制。在matplo...

欢迎关注”生信修炼手册”!一个合适的渐变色可以让我们的热图更加的美观，在matplotlib中内置了许多的渐变色，如何挑选合适的渐变色就诚成为了一个问题，这么多的渐变色，其分布有没有什么...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，imshow方法用于绘制热图，基本用法如下importmatplotlib.pyplot aspltimportnumpy a...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，violinplot方法用于绘制小提琴图，基本用法如下plt.violinplot(dataset=np.random.normal(...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，boxplot方法用于绘制箱体图，基本用法如下plt.boxplot(x=np.random.normal(size=1000))输出...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，hist方法用于绘制直方图，基本用法如下plt.hist(x= np.random.normal(size=1000))输出结果如下...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，颜色设置有以下多种方式1.常用颜色的字母表示及缩写最常用的颜色表示方法，有以下几种常用颜色1. red,表示红色, 简写为r2. ...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，errorbar方法用于绘制带误差线的折线图，基本用法如下plt.errorbar(x=[1, 2, 3, 4], y=[1, 2, ...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，scatter方法用于绘制散点图，与plot方法不同之处在于，scatter主要用于绘制点的颜色和大小呈现梯度变化的散点图，也就是我们...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，pie方法用于绘制饼图，基本用法如下plt.pie(x=[1, 2, 3, 4])输出的结果如下这样的饼图并没有任何实用价值，为了有效...

在matplotlib中，bar命令用于绘制柱状图，基本用法如下在matplotlib中，bar命令用于绘制柱状图，基本用法如下在matplotlib中，bar命令用于绘制柱状图，基本用...

欢迎关注”生信修炼手册”!在matplotlib中，plot命令主要用于绘制折线图，基本用法如下>>> importmatplotlib.pyplot asplt...

欢迎关注”生信修炼手册”!丰富的第三方模块赋予了python强大的能力，matplotlib作为python最流行的可视化模块之一，功能强大，用法简便。对于新手而言，其上手难度低，仅需...

欢迎关注”生信修炼手册”!一个图形化的交互式运行环境，对于编程语言的学习和开发，特别是可视化方面，提供了极大的便利。比如在window上使用R语言进行绘图，在R语言自带的交互环境中，可以...

欢迎关注”生信修炼手册”!numpy和pandas作为数据分析的基本模块，网上有很多整理好的速查手册，对其中的高频用法进行了汇总整理，本期分享几个来源于网络的numpy和pandas的参...

欢迎关注”生信修炼手册”!pandas中提供了以下4种类型的日期和时间操作方法其中，Date Time用于表示某个具体的时间点，Time spans用于生成时间间隔相同的时间序列；Tim...

欢迎关注”生信修炼手册”!滑动窗口的处理方式在实际的数据分析中比较常用，在生物信息中，很多的算法也是通过滑动窗口来实现的，比如经典的质控软件Trimmomatic, 从序列5'端...

欢迎关注”生信修炼手册”!在真实的数据中，往往会存在缺失的数据。pandas在设计之初，就考虑了这种缺失值的情况，默认情况下，大部分的计算函数都会自动忽略数据集中的缺失值，同时对于缺失值...

欢迎关注”生信修炼手册”!在pandas中，通过DataFrame来存储文件中的内容，其中最常见的数据类型就是字符串了。针对字符串，pandas提供了一系列的函数，来提高操作效率。这些函...

欢迎关注”生信修炼手册”!在pandas中，Series和DataFrame对象是介绍的最多的，Index对象作为其构成的一部分，相关的介绍内容却比较少。对于Index对象而言，有以下两...