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Git命令配置学习笔记
Git 笔记Git是分布式版本控制系统 集中式VS分布式: 集中式版本控制系统,版本库集中存放在中央服务器,必须要联网才能工作,没有历史版本库。 分布式版本控制系统,版本控制系统没有“中央服务器”,每个人电脑上都是一个完整的版本库。 分布式系统优势:安全性更高,不需要联网,如果中央服务器故障,任何其他一个开发人员的本地都有最新的带有历史记录的版本库。 主要区别在于历史版本库的...原创 2020-02-21 21:47:28 · 1034 阅读 · 0 评论 -
supervisor简介、安装与入门使用
supervisor简介Supervisor是用Python开发的一套通用的进程client/server管理程序,是UNIX-like系统下的一个进程管理工具,能将一个普通的命令行进程变为后台daemon,并监控进程状态,异常退出时能自动重启。它是通过fork/exec的方式把这些被管理的进程当作supervisor的子进程来启动,这样只要在supervisor的配置文件中,把要管理的进程的...原创 2019-12-29 12:54:50 · 1618 阅读 · 0 评论 -
PubChem分子库
PubChemPubChem,即有机小分子生物活性数据,是一种化学模组的数据库,由美国国家健康研究院( US National Institutes of Health,NIH)支持,美国国家生物技术信息中心负责维护。PubChem数据库包括 3个子数据库: PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据,实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献; PubChem Compoun...原创 2017-08-13 17:27:34 · 31967 阅读 · 2 评论 -
Ubuntu 18.04 LTS安装配置驱动、CUDA9.1和Amber18 & AmberTools18
目录1. 环境2. 驱动安装2.1 驱动下载:https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/132541/2.2.删除原有NVIDIA驱动2.3禁用nouveau2.4.查询自己的显卡型号2.5.安装2.6.检验是否安装成功,命令3. CUDA9.1安装3.1 CUDA9.1下载:3.2 在cuda...原创 2019-12-10 11:25:34 · 4265 阅读 · 0 评论 -
CentOS 7下源码编译安装新版本内核
在工作中,很多时候由于需要使用新的技术方案,需要较新版本的内核来支持新的功能,而CentOS系统自带的内核版本普遍都比较旧,因此我们需要对系统的内核进行升级,安装新版的内核。在此,以CentOS 7系统为例,对编译安装最新版内核的过程做如下总结:Linux 最新版本的内核可以通过https://www.kernel.org/网站获取1、下载最新稳定版本的内核源码包到 /usr/loca...原创 2019-11-04 20:42:33 · 3376 阅读 · 1 评论 -
停止NVIDIA的GPU进程
停止GPU进程:kill -9 PID某个GPU进程:停止进程:kill -9 5694DrugAI原创 2018-06-05 17:54:55 · 8577 阅读 · 0 评论 -
Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装DOCK6.8
DOCK6 是UCSF(加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请,申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。官网点击打开链接分子对接软件DOCK6.8的安装安装依赖yum install gcc yum install gcc-c++ yum install ...原创 2017-09-10 18:16:56 · 4288 阅读 · 5 评论 -
UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件
UCSF DOCK6.8对接教程 DOCK6是UCSF(加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请,申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。 目前DOCK6最新的释放版本为DOCK6.8,其安装参考博文:Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装DOCK6...原创 2017-12-28 18:26:08 · 7519 阅读 · 3 评论 -
RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD
计算两个小分子之间的RMSD,可以用来判断两个构象的接近程度。第一步:安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装,不赘述,网上很多教程。第二步:安装RDKit通过conda安装RDKitconda install -c rdkit rdkit第三步:使用方法python isoRMSD.py mol1.pdb mol2.pdb rmsd.txt***************...原创 2018-05-17 11:48:52 · 4884 阅读 · 4 评论 -
UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备
准备蛋白质分子的表面文件(Chimera)打开rec_noH.pdb,Action>Surface>showTools>Structure Editing>Write DMS ,保存为rec.dms生成受体空间(DOCK6.8)将INSPH文件放入对接文件夹;INSPHrec.dmsRX0.04.01.4rec.sph原创 2018-05-17 11:27:33 · 3477 阅读 · 7 评论 -
Linux 删除和替换文件中某些行的方法
删除mol2格式文件中的title原创 2018-05-17 11:08:29 · 1477 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu16下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定
上一篇介绍的是CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定点击打开链接一、Open Babel简介Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式,非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。Open Babel由CC++编写,并提供C ++, Perl,Python等...原创 2017-05-16 19:10:20 · 4338 阅读 · 2 评论