Anaconda&conda
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Windows10远程访问Jupyter notebook
服务器Ubuntu 16.04.1 LTS首先安装Anaconda3默认情况下,安装好 Anaconda 后打开 jupyter notebook或者命令端输入 jupyter notebook, 访问本地localhost:8888 即可。如果要访问另一台机器,比如远端服务器上的 notebook, 即默认是不支持 ip:8888 这样的访问,需要额外配置。———————...原创 2019-08-17 14:59:50 · 2256 阅读 · 0 评论 -
Jupyter notebook运行指定的conda虚拟环境
安装nb_conda_kernelsconda install nb_conda_kernels重新启动notebook,在kernel -> change kernel中即可切换到指定的虚拟环境参考资料:https://github.com/Anaconda-Platform/nb_conda_kernels...原创 2019-08-17 17:55:10 · 1941 阅读 · 0 评论 -
Python+pandas计算数据相关系数(person、Kendall、spearman)
pandas中DataFrame对象corr()方法的用法,该方法用来计算DataFrame对象中所有列之间的相关系数(包括pearson相关系数、Kendall Tau相关系数和spearman秩相关)。pandas相关系数-DataFrame.corr()参数详解DataFrame.corr(method='pearson',min_periods=1)参数说明:...原创 2019-03-12 15:48:09 · 90409 阅读 · 6 评论 -
Jupyter notebook与Spyder集成
Spyder notebook pluginSpyder插件在Spyder中使用Jupyter notebook。目前,它支持基本功能,例如创建新笔记本,在文件系统中打开任何笔记本以及在任何位置保存笔记本。还可以使用Spyder的文件切换器轻松地在笔记本之间切换,并打开连接到笔记本内核的IPython控制台,以在Variable Explorer中检查其变量。安装#condaco...原创 2019-03-17 12:53:29 · 6666 阅读 · 3 评论 -
Python用turtle画爱心丘比特之剑
**程序员的爱情,在Python中运用调用turtle库来根据函数画出爱心。**from turtle import*setup(750,500)penup()pensize(25)pencolor("pink")fd(-230)seth(90)pendown()circle(-50,180)circle(50,-180)circle(75,-50)circle(-...转载 2019-03-21 11:38:15 · 6985 阅读 · 0 评论 -
Python生物信息学①将RNA序列翻译成蛋白质序列。
环境OS version : Win10 x64python_version : Python 3.6.5 实例代码codon_table = { 'GCU':'A', 'GCC':'A', 'GCA':'A', 'GCG':'A', 'CGU':'R', 'CGC':'R', 'CGA':'R', 'CGG':'R', 'AGA':'R', '...原创 2019-03-24 21:48:07 · 7703 阅读 · 4 评论 -
Python生物信息学④计算DNA核苷酸A、C、G、T出现次数
计算DNA核苷酸A、C、G、T出现次数with open("rosalind_dna.txt") as f: fragment_of_dna = f.read()fragment_of_dna.rsplit()print(fragment_of_dna.count("A"), fragment_of_dna.count("C"), fragment_...原创 2019-03-30 18:44:56 · 3538 阅读 · 1 评论 -
Python生物信息学⑤DNA转录RNA
Python实现DNA转录RNAwith open("rosalind_rna.txt") as f: dna_fragment = f.read().rsplit()rna_fragment = ''.join("U" if x=="T" else x for x in dna_fragment[0])rna_fragment原创 2019-03-30 18:47:39 · 2490 阅读 · 0 评论 -
Python笔记:将字典存储为csv格式文件
import pandas as pdpd.DataFrame(col_count,index=[0]).to_csv('col_count.csv')DrugAI原创 2019-03-27 10:21:05 · 11139 阅读 · 0 评论 -
Python生物信息学③提取差异基因
python做生信分析的流程使用的数据集是GSE5583,来自于2006年的基因芯片结果,该芯片目的是提取野生型和HDAC1小鼠胚胎干细胞用于Affymetrix微阵列上的差异RNA。#导入包import matplotlib.pyplot as pltimport osimport numpy as npimport pandas as pdfrom scipy import...原创 2019-03-28 20:49:07 · 10568 阅读 · 2 评论 -
Jupyter Notebook中显示图像和数学公式
1.可以使用LaTeX表示数学公式# 可以使用LaTeX表示数学公式from IPython.display import LatexLatex(r"$\sqrt{x^2+y^2}$")2.SymPy的表达式也可以显示为LaTex%load_ext sympyprintingfrom sympy import *x, y = symbols("x,y")sqrt(x*...转载 2019-05-12 14:05:12 · 4927 阅读 · 0 评论 -
蛋白序列 | 基于深度学习的蛋白质序列家族分类
背景简介蛋白质数据集来自于结构生物信息学研究协作组织(RCSB)的蛋白质数据库(PDB)。RCSB : Research Collaboratory for Structural BioinformaticsPDB : Protein Data BankPDB是原子坐标和描述蛋白质和其他重要生物大分子的信息储存库。结构生物学家使用诸如X射线晶体学、NMR和低温电子显微术的方法来...原创 2019-09-10 11:29:22 · 6366 阅读 · 8 评论 -
Machine Learning | 基于逻辑回归做二分类进行癌症预测
导入包import pandas as pdimport numpy as npfrom sklearn.datasets import load_bostonfrom sklearn.linear_model import LinearRegression, SGDRegressor, Ridge, LogisticRegressionfrom sklearn.model_sel...原创 2019-10-03 16:34:59 · 1390 阅读 · 0 评论 -
Jupyter Notebook实现直接调用R
学习了python,已经能够满足大部分需求了。但是最近学习生息和组学数据分析,以后的论文是必须要用R语言来写的。那就学吧。因为之前一直在用jupyter notebook来写分析报告,所以我就想也用jupyter写R,这样子就很方便了。高兴的是确实可以在jupyter中使用R,安装基础包repr, IRdisplay, evaluate, crayon, pbdZMQ, devtool...原创 2019-01-23 22:00:03 · 1884 阅读 · 0 评论 -
Windows 10下安装Miniconda3
一、获取win的Miniconda3安装包1.官网https://conda.io/miniconda.html2.开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/二、安装过程1.运行安装包,点击Next;2.点击 I Agree3.点击Next;4.选择安装路径,点击Next;5.选择添加环境变量,点击Install;6.点...原创 2018-05-25 17:50:05 · 22395 阅读 · 2 评论 -
Windows 10下安装Anaconda(Anaconda3-5.1.0)
一、获取Win的Anaconda安装包1.官网https://www.anaconda.com/download/2.开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/二、安装过程1.运行安装包,点击Next;2.点击I Agree;3.点击Next;4.选择安装路径,点击Next;5.勾选配置环境变量,点击Next;6.安装结束,...原创 2018-05-25 19:18:05 · 14871 阅读 · 1 评论 -
Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8‘ not found (required by /usr/anaconda3/bin/)
###Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/../lib/./libicui18n.so.58)###strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep CXXABIstrings /usr/anaconda3/l...原创 2018-05-22 19:51:53 · 5294 阅读 · 2 评论 -
设置Win可远程访问服务器jupyter notebook
首先是要 安装 Anaconda 。默认情况下,安装好 Anaconda 后打开 jupyter notebook, 访问本地 localhost:8888 即可。但是如果要访问另一台机器,比如远端服务器上的 notebook, 即默认是不支持 172.104.105.119:8888 这样的访问,需要额外配置。设置 jupyter notebook 可远程访问的官方指南在这里,在远端服务器上执行...转载 2018-05-22 20:06:15 · 2480 阅读 · 0 评论 -
创建独立的Python化学信息学环境
一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#使用openbabel和RDKitimport openbabel, pybelfrom rdkit...原创 2018-05-23 14:49:56 · 2836 阅读 · 2 评论 -
CentOS7.5(64位)安装Anaconda
一、获取Linux版的Anaconda安装包1.官网点击打开链接https://www.anaconda.com/download/2.Anaconda开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/二、安装Anaconda1.运行安装su root sh Anaconda3-5.1.0-Linux-x86_64.sh2.接...原创 2018-05-29 18:25:40 · 3574 阅读 · 0 评论 -
Win10+Python3.6下Pytorch安装(基于conda或pip)
Pytroch简介Pytorch是Facebook的AI研究团队发布了一个Python工具包,专门针对GPU加速的深度神经网络(DNN)编程.Torch是一个经典的对多维矩阵数据进行操作的张量(tensor)库,在机器学习和其他数学密集型应用有广泛应用。但由于Torch语言采用Lua,导致在国内一直很小众,并逐渐被支持Python的Tensorflow抢走用户。作为经典机器学习库Torch的端...原创 2018-08-11 12:07:18 · 8915 阅读 · 4 评论 -
《机器学习Python实践》——数据导入(CSV)
一,CSV逗号分隔值(逗号分隔值,CSV,有时也称为字符分隔值,因为分隔字符也可以不是逗号),其文件以纯文本形式存储表格数据(数字和文本)。字幕:纯意味着该文件的英文一个字符序列,不含必须像二进制数字那样被解读的数据。CSV文件由任意数目的记录组成,记录间以某种换行符分隔;每条记录由字段组成,字段间的分隔符是其它字符或字符串,最常见的的英文逗号或制表符。通常,所有记录都有完全相同的字段序列。通...原创 2018-08-14 18:14:10 · 8073 阅读 · 1 评论 -
ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据
ChemDataExtractor简介ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。给它一篇期刊文章,它将从文本中提取化学名称、属性和光谱,以便将它们导入数据库或电子表格。ChemDataExtractor官网ChemDataExtractor特点自然语言处理ChemDataExtractor使用最先进的自然语言处理算法来解释构成大多数科学文档的英...原创 2018-08-12 17:46:29 · 3812 阅读 · 0 评论 -
Jupyter Notebook显示图像
使用matplotlib绘图%matplotlib inline#!/usr/bin/python3%matplotlib inlinejupyter内嵌问题,%pylab inlineDrugAI原创 2018-08-12 17:47:28 · 9492 阅读 · 0 评论 -
初探Django2.1:Win10+Python3.6.6环境下安装Django
Django的简介Django的是一个开放源代码的网络应用框架,由Python的写成。采用了MVC的框架模式,即模型男,视图V和控制器C.它最初是被开发来用于管理劳伦斯出版集团旗下的一些以新闻内容为主的网站的,即是CMS(内容管理系统)软件。并于2005年7月在BSD许可证下发布。这套框架是以比利时的吉普赛爵士吉他手Django Reinhardt来命名的。 安装Django2.1...原创 2018-08-22 19:24:18 · 1406 阅读 · 0 评论 -
BioPython安装与入门
BioPython简介Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FORTRAN编写的模块实现扩展。Biopython官网(http://www.biopython.o...原创 2018-08-31 13:09:22 · 38451 阅读 · 2 评论 -
Python 3 —— 使用 PyMySQL 操作 MySQL8
PyMySQL 是一个纯 Python 实现的 MySQL 客户端操作库,支持事务、存储过程、批量执行等。PyMySQL 遵循 Python 数据库 API v2.0 规范,并包含了 pure-Python MySQL 客户端库。pip install PyMySQL创建数据库连接import pymysqlconnection = pymysql.connect(h...原创 2019-01-01 05:01:27 · 2062 阅读 · 0 评论 -
Win或Linux系统下用conda安装Open Babel
一、安装Anaconda或Miniconda二、利用conda安装openbabelconda install -c openbabel openbabel原创 2018-05-17 22:54:02 · 6831 阅读 · 9 评论