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原创 CentOS7(64位)下运行IPython3出错解决办法

不知道什么原因,运行ipython3的时候报错了,搜索了很久,找到的解决办法,虽然解决的不彻底。unset PYTHONPATHipython3

2017-08-30 23:26:44 1335

原创 虚拟筛选涉及的小分子数据库

药物设计和虚拟筛选依赖化学信息学和生物信息学中大量的靶点、小分子以及靶点-小分子相互作用星系。从大量的有机化合物中有效地遴选出可能有候选化合物,避免了对化合物盲目地活性筛选,从而降低了发现活性先导化合物的人力、时间和财力成本。本文简单介绍一些药物设计和虚拟筛选设计的分子库。Virtual Screening protocol非商业数据库ZINC 点击打开链接ZINC15...

2017-08-27 14:31:59 33407 3

原创 Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(三)

Python调用openbabel的API输出sdf格式分子文件中的分子的分子量。

2017-08-26 23:49:36 2561

原创 Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(二)

多分子SDF格式分子文件分割为单个分子的sdf文件。openbabel2.4、IPython、Python2.7

2017-08-26 23:26:51 2293 3

原创 Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(一)

OpenBabel2.4,Python2.7的API调用实例。创建分子sdf文件。

2017-08-26 21:32:45 1637

原创 Pymol(1.8.6)作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型

pymol创建cartoon和surface镶嵌模型。

2017-08-22 23:11:00 18047

原创 Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装GaussView5

GaussView的介绍和Linux系统下安装GaussView5

2017-08-22 20:17:52 9789 12

原创 Pymol(1.8.6)作图技巧之创建质心

Pymol1.8.6创建质心技巧,图文并茂!

2017-08-17 23:55:16 11728 14

原创 PubChem分子库

PubChemPubChem,即有机小分子生物活性数据,是一种化学模组的数据库,由美国国家健康研究院( US National Institutes of Health,NIH)支持,美国国家生物技术信息中心负责维护。PubChem数据库包括 3个子数据库: PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据,实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献; PubChem Compoun...

2017-08-13 17:27:34 32904 2

原创 CentOS7(64位)安装Jupyter Notebook

基于CentOS7安装Jupyter Notebook

2017-08-13 17:02:02 1136

RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf

开源化学信息学工具包RDKit的手册。RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),mol2和蛋白质结构文件(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;三维维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析及分子碎裂(RECAP); 多分子最大共同亚结构;功能图;基于形状的相似性;基于RMSD的分子比对;基于形状的对齐;使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对;与PyMOL进行3D可视化集成;功能基团过滤;分子描述符库;相似图;机器学习等等

2019-12-26

ActivePerl-5.26_Win_x64.zip

Perl在windows下的安装包,最近发现Perl安装包下载特别麻烦,所以上传一个下载好的方便大家。

2019-10-10

基于神经网络的溶解度预测和回归分析的数据集文件

博文:基于神经网络的溶解度预测和回归分析https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/82725777数据集文件。

2018-09-16

pymol-2.1.0-cp36-cp36m-win

pymol2.1基于python3.6,最新的免费释放版本,大分子作图最实用的软件。 安装见链接https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/74012128

2018-05-18

2017-Bioinformatics-Volume II- Structure, Function, and Applications

生物信息学方面的书籍,值得推荐。里面很多入门知识和工具的讲解。

2018-05-18

2017-Tutorials in chemoinformatics

化学性吸入损伤方面的书籍,里面有很多代码实例,值得学习。

2018-05-18

pymol-1.8.6.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pymol1.8.6基于python3.6,大分子作图最实用的软件。

2017-06-30

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