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原创 GATK best practices对variation(only for SNPs and Indels)的鉴定以及对上游数据对处理
借助网上的图用下,表表意思(只需要看图和粗体字,小字不用注意):看完图来说话,其实你看我这篇文章,目的就是想看gatk best practices 分析的全过程,按先后顺序,给你好看。预处理过程,开始于raw data,可以上fq,也可以上uBAM,并最终产生一个用于call variantion 的bam文件。预处理过程是纠正技术带来的偏差,使数据更适用于变异检
2016-05-24 15:40:56 3087
原创 随机提取fq文件中的reads perl程序处理
比如我测了500X,分析后,我想看一下低深度数据的分析效果。从原fq数据中提取200X数据,也就是提取原数据量的0.4倍。辣么,我就写了个小程序。
2016-05-12 15:20:56 2824 1
空空如也
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