POJ1080 Human Gene Functions

题意：
给出两组基因序列，给定每个基因字母与基因字母之间，以及基因字母与空格之间的相似度，求两组基因序列的最大相似度。其中，空格和空格不能相对。

思路：
此题和最长公共子序列的求解方法类似，利用动态规划进行求解。
假设 res[i][j] 表示基因序列a的前i个基因与基因序列b的前j个基因的最大相似度，则可得递推关系式：

 res[i][j] = max(res[i - 1][j - 1] + V[a[i - 1]][b[j - 1]],
                 res[i][j - 1] + V[' '][b[j - 1]],
                 res[i - 1][j] + V[a[i - 1]][' ']);

即a[i - 1]与b[j - 1]相对、空格与b[j - 1]相对、a[i - 1]与空格相对这三者的最大值。
本题要注意的地方在于res[][]数组的初始化，初始化要全面。

  res[0][0] = 0;
  res[0][j] = res[0][j - 1] + V(' ', b[j - 1]);
  res[i][0] = res[i - 1][0] + V(a[i - 1], ' ');

代码如下：

#include <iostream>

using namespace std;

#define MAXNUM 110

int max(int a,int b,int c)
{
    //求三个数的最大值
    int max = -10000;
    if(max < a)max = a;
    if(max < b)max = b;
    if(max < c)max = c;
    return max;
}

void GetInput(int &p,int &q,int a[],int b[],char A[],char B[])
{
    cin>>p;
    getchar();
    gets(A);
    cin>>q;
    getchar();
    gets(B);
    int m = p;
    int n = q;
    for(int i = 0; i < m; i++)
    {
        if(A[i] == 'A')a[i] = 0;
        else if(A[i] == 'C')a[i] = 1;
        else if(A[i] == 'G')a[i] = 2;
        else if(A[i] == 'T')a[i] = 3;
        else if(A[i] == ' ')a[i] = 4;
    }
    for(int j = 0; j < n; j++)
    {
        if(B[j] == 'A')b[j] = 0;
        else if(B[j] == 'C')b[j] = 1;
        else if(B[j] == 'G')b[j] = 2;
        else if(B[j] == 'T')b[j] = 3;
        else if(B[j] == ' ')b[j] = 4;
    }
}

void Oninit(int p,int q,char A[],char B[],int a[],int b[],int res[MAXNUM][MAXNUM],int V[5][5])
{
    int m = p;
    int n = q;
    res[0][0] = 0;
    for(int i = 1; i <= m; i++)
    {
        res[i][0] = res[i - 1][0] + V[a[i - 1]][4];
    }
    for(int j = 1; j <= n; j++)
    {
        res[0][j] = res[0][j - 1] + V[4][b[j - 1]];
    }
}

void LCS(int p,int q,int a[],int b[],int res[MAXNUM][MAXNUM],int V[5][5])
{
    int m = p;
    int n = q;
    for(int i = 1; i <= m; i++)
    {
        for(int j = 1; j <= n; j++)
        {
            res[i][j] = max(res[i - 1][j - 1] + V[a[i - 1]][b[j - 1]],res[i][j - 1] + V[4][b[j - 1]],res[i - 1][j] + V[a[i - 1]][4]);
        }
    }
}

int main()
{
    int n = 0;      //输入n组数据
    int p = 0,q = 0;
    char A[MAXNUM];
    char B[MAXNUM];
    int a[MAXNUM] = {0};
    int b[MAXNUM] = {0};
    int res[MAXNUM][MAXNUM] = {0};
    int V[5][5] = {{5,-1,-2,-1,-3},{-1,5,-3,-2,-4},{-2,-3,5,-2,-2},{-1,-2,-2,5,-1},{-3,-4,-2,-1,0}};
    cin>>n;
    for(int i = 0; i < n; i++)
    {
        GetInput(p,q,a,b,A,B);   //得到用户输入
        Oninit(p,q,A,B,a,b,res,V);     //初始化
        LCS(p,q,a,b,res,V);
        cout<<res[p][q]<<endl;
    }
}