POJ Human Gene Functions （LCS）

蒋卫升

于 2020-03-02 17:08:49 发布

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分类专栏：动态规划------LIS & LCS

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题意：给你两个基因序列，你可以添加-，使得这两个序列相等且匹配值最大，匹配值计算如下：

思路：跟LCS相似，设置dp方程，dp【i】【j】代表a字符串匹配到i，b字符串匹配到j时，最大的匹配值。

那么如果a【i】和b【j】匹配，dp【i】【j】 = dp【i-1】【j-1】 + val（a[i]，b[j]）；

如果a[i] 和 ’ - ‘匹配，dp [ i ] [ j ] = dp [ i - 1 ] [ j ] + val ( a [ i ] , '-');

如果b[j]和’-‘匹配，dp [ i ] [ j ] = dp [ i ] [ j - 1 ] + val (' - ' , b [ j ] );

dp[ i ] [ j ] 取这三种中的最大值~

注意初始值：当i = 0是dp[ 0 ] [ j ] = dp [ 0 ] [ j - 1 ] + val ( ' - ' ,b[ j ] );

#include <cstdio>
#include<cmath>
#include <iostream>
#include <algorithm>
#include <cstring>
using namespace std;
const int inf = 1e9+10;
int t[5][5]={
	5,-1,-2,-1,-3,
	-1,5,-3,-2,-4,
	-2,-3,5,-2,-2,
	-1,-2,-2,5,-1,
	-3,-4,-2,-1,0
	};
int getid(char c)
{
	if(c == 'A')return 0;
	if(c == 'C')return 1;
	if(c == 'G')return 2;
	if(c == 'T')return 3;
	if(c == '-')return 4;
}
int val(char a,char b)
{
	int tt = getid(a);
	int ttt = getid(b);
	return t[tt][ttt];
}
char x[10004],y[10004];
int dp[10004][10004];
int main()
{
	int T;
	scanf("%d",&T);
	while(T--)
	{
		int n,m;
		scanf("%d%s%d%s",&n,x+1,&m,y+1);
		dp[0][0] = 0;
		for(int i=1;i<=n;i++)
		{
			dp[i][0] = dp[i-1][0] + val(x[i],'-');
			
		}
		for(int i=1;i<=m;i++)
		dp[0][i] = dp[0][i-1] + val(y[i],'-');
		
		for(int i=1;i<=n;i++)
		for(int j=1;j<=m;j++)
		{
			dp[i][j] = max(dp[i-1][j-1] + val(x[i],y[j]),
			    max(dp[i-1][j] + val(x[i],'-') , dp[i][j-1] + val(y[j],'-')));
		}
		cout<<dp[n][m]<<'\n';
	}
}