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RSS订阅原创 linux中批量解压zip文件
前言：在使用PHARP参考面板填充数据后，多条染色体的数据需要解压后合并，因此借助sh脚本实现批量解压。Ps：解压完成后使用bcftools建立索引时有报错说文件不完整，建议重新进行填充。2.将代码写入shell脚本unzip_by_password.sh。1.准备好待解压文件和密码文件mima.txt。共两列第一列文件名，第二列密码。
2026-03-02 10:00:43
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原创 使用PHARP对猪芯片数据进行填充的文件准备
前言：需要安装plink、bcftools等软件，也可以在下面sh脚本中添加软件的绝对路径。例如： ./pharp.sh 597sample_geno01mind01maf000。3. 运行脚本：./pharp.sh 芯片数据文件名前缀。1. 将以下内容保存到一个pharp.sh中。
2026-01-20 21:06:23
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原创 通过基因CDs突变位点找该位点在参考基因组中物理位置
摘要：本文介绍了一种快速查询基因突变的方法。通过访问UCSC基因组浏览器（https://genome.ucsc.edu/），在搜索框中直接输入"基因名:突变位点"的格式（如MUC13:c.908A>G），点击搜索即可获取相关信息。这种方法简单直接，无需复杂操作，适用于快速查找特定基因突变位点的基因组数据。
2026-01-20 17:34:48
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原创 R语言对个体表型数据分布进行可视化展示
以日龄为横坐标，每个个体为纵坐标，展示每个个体在当前日龄下是否有记录。或者观察左右个体都存在的日龄时间段。共同的日龄段为110-150。不同颜色表示不同品种个体。
2025-02-19 22:55:55
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原创 Cmplot批量绘制GEEMA的GWAS结果manhattan/QQ图
使用R包Cmplot批量绘制GEEMA的GWAS结果manhattan/QQ图，此外在QQ图中计算出膨胀系数λ。
2025-02-19 22:34:23
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原创 使用python批量计算表型数据数量、平均值、标准差、最小值、最大值
window环境下安装Git和Python（Linux中安装过python亦可）表型数据文件夹下鼠标右键打开Git Bash Here。3. 结果文件summary_stats.txt。输入python py.py，回车。1.表型数据文件格式（有列名）2.2 py.py代码。
2024-04-27 15:56:12
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原创 BLUPF90基因型文件
在使用BLUPF90软件进行遗传评估时（GBLUP、ssGBLUP），有时会需要准备基因型文件如snp.ped、snp.map，本文介绍两个制作blupf90所需基因文件的方法。
2023-12-11 20:15:44
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原创 利用bedtools筛选基因组数据中显著区域与QTL交集区域
例如，bedtools允许人们从广泛使用的基因组文件格式（如BAM、BED、GFF/GTF、VCF）的多个文件中交叉、合并、计数、互补和基因组区间。虽然每个单独的工具被设计用来做一个相对简单的任务（例如，与两个区间文件相交），但通过在UNIX命令行上结合多个bedtools操作可以进行相当复杂的分析。第五列：ROH_high.bed 中的区域起始位置。第二列：QTL_BED.bed 中的区域起始位置。第三列：QTL_BED.bed 中的区域终止位置。第一列：QTL_BED.bed 中的染色体名称。
2023-03-30 22:24:20
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原创 基于IBS矩阵 在R语言中构建NJ进化树 写出nwk文件
使用plink进行IBS矩阵的构建；基于IBS矩阵，在R语言构建nj进化树，并写出nwk文件；将nwk文件在itol网站上进行美化。
2023-01-26 00:02:27
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空空如也
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