当机器学习遇上分子动力学模拟能碰撞出怎样的火花

基于机器学习的分子动力学

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  第一部分（分子动力学基础）

  理论内容

 1. 从大数据时代到AI4SCIENCE时代

 2.传统分子动力学模拟：经验力场与第一性原理分子动力学

 3.机器学习概述　

 4.机器学习力场的特性，发展和分类

 5.机器学习力场构建的一般流程

实操内容（以含氟有机体系为案例）

 1. 使用mamba/conda配置虚拟环境，安装LAMMPS,OpenMM,DFTB,XTB,MDtraj,Obabel,ASE等软件

 2. 综合使用sobtop软件快速生成任意有机分子的GAFF力场参数文件，并使用OpenMM执行分子模拟

 3. sobtop软件的基本介绍和批量操作

 4. GAFF力场的概述

 5.OpenMM的基本使用

 6. 使用XTB或ORCA等软件得到高精度量化数据集

 6.1 XTB或ORCA的特点与使用，以及后处理

 7.  使用DFTB执行半经验方法GFN2-xTB级别的周期性AIMD

 7.1为什么是GFN2-xTB?

 7.2如何使用DFTB软件执行周期性的AIMD,及其使用技巧

 8. 综合使用机器学习势函数和LAMMPS软件执行分子动力学模拟

 8.1 LAMMPS的基本使用

 8.2 机器学习模型的加载和注意事项