在学习SMR时遇见的一个文件路径问题,浅记一下
主要是文件路径问题:
在命令行中使用 ./input/1000G.EUR.QC/g1000_eur.fam 可能是相对于当前工作目录的路径,而 smr-1.3.1-win.exe 可能期望相对于其执行文件所在目录的路径或者需要完整的绝对路径。
确保程序 smr-1.3.1-win.exe 能够正确解析和访问文件 g1000_eur.fam,可以尝试使用完整的绝对路径来指定文件位置。
解决这个问题的方法:
使用绝对路径:在运行 smr-1.3.1-win.exe 时,使用文件的完整绝对路径来指定输入文件的位置,例如:
smr-1.3.1-win.exe --bfile D:\SMR\smrp\smrp1\smr-1.3.1-win-x86_64\input\1000G.EUR.QC\g1000_eur --gwas-summary D:\SMR\smrp\smrp1\smr-1.3.1-win-x86_64\input\mygwas.ma --beqtl-summary D:\SMR\smrp\smrp1\smr-1.3.1-win-x86_64\input\Liver.lite --maf 0.01 --out D:\SMR\smrp\smrp1\smr-1.3.1-win-x86_64\output\output --diff-freq 0.99 --thread-num 10