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原创 GWASinspector简单教程

GWASinspector简单教程

2024-08-28 10:52:43 362

原创 R语言读取大文档时系统盘内存崩了，可以更改一下临时文件的路径，更改到具有更大内存的其他盘。

R语言读取大文档时系统盘内存崩了，可以更改一下临时文件的路径，更改到具有更大内存的其他盘。

2024-08-26 10:31:48 695

原创 TwoSampleMR包的MVMR分析

MVMR

2024-08-07 16:57:18 723

原创 R语言绘制一些常见的图形（相关性热图、曼哈顿图、森林图）

R语言绘制一些常见的图形（相关性热图、曼哈顿图、森林图）

2024-05-30 17:19:43 313

原创 MR_BMA分析记录

MR_BMA分析记录

2024-05-26 17:41:08 492 1

原创 MendelianRandomization包的mr_lasso分析

MendelianRandomization包的mr_lasso分析

2024-05-12 19:13:43 421

原创 孟德尔随机化分析（包括TwosampleMR和MRlap包）

MRlap要求输入的GWAS summary data的A1和A2列必须为均为大写，所以需要转换一下，这个官网没介绍，一直出现报错后，才发现这个问题；另外，还有MRlap和LDSC一样，beta，和or值只能有一个，所以这里对数据中是否有OR值进行简单判断，如果有的话，将它改为其他的列名，就不会被识别了；由于MRlap内置的clump功能与twosampleMR一样，如果不使用本地，很难进行，虽然它官网提供了本地clump的功能，但是感觉应该是还没调试好，目前还是会报错，无法进行；

2024-04-28 21:18:04 2931 1

原创 MR分析（主要记录一下，有多个分析时，一些循环的代码，以及分析前数据清洗准备工作）

MR分析（主要记录一下，有多个分析时，一些循环的代码，以及分析前数据清洗准备工作）

2024-04-24 14:47:37 799

原创 BrainXcan使用记录

BrainXcan 使用记录

2024-04-15 13:13:08 501

原创 easyfinemap使用记录

GWAS summary data的finemap pipline 使用记录

2024-04-09 11:30:55 1034 1

原创 forestplot 绘制森林图

forestplot 和forestploter绘制多组森林图

2023-12-16 21:51:32 1453

原创 coloc.abf analysis

coloc.abf的使用记录

2023-12-04 11:46:02 957 1

原创 SMR（Summary-data-based Mendelian Randomization）使用记录

SMR（Summary-data-based Mendelian Randomization）使用记录

2023-08-14 21:17:05 3071 4

原创 CMplot绘制Manhattan图

CMplot绘制Manhattan图

2023-06-03 16:46:49 1026

原创 pleioFDR 分析记录

pleioFDR 分析记录

2023-05-29 21:18:58 545 1

原创 GWAS-PW 分析

GWAS-PW 分析

2023-05-29 17:22:15 624 6

原创 R语言批量合并不同文件夹中相同文件名（两个for循环）

R语言批量合并不同文件夹中相同文件名（两个for循环）

2023-04-07 12:04:00 884

原创 CPASSOC分析记录

CPASSOC分析记录

2023-03-30 18:09:38 1603 10

原创 TwoSampleMR

本地ld_clumping和F统计量计算

2023-03-25 18:19:39 3894 1

原创 R语言合并文件夹中的所有文件（dplyr)

merge.data

2023-03-25 15:20:30 688

原创 森林图的绘制

森林图绘制

2022-11-27 10:35:52 964

原创 CAUSE 使用记录

CAUSE 使用记录

2022-09-30 14:10:16 1403 3

原创 Partitioned LD Scores

Partitioned genetic correlation

2022-09-20 09:35:43 511

原创 pleiotropic analysis__PLACO

pleiotropic analysis__PLACO anlysis 使用记录

2022-09-18 23:47:23 1665 10

原创 HESS使用记录

HESS使用记录

2022-09-05 16:58:47 941 4

原创 liftover 转换不同版本的GRCh

liftover 转换不同版本的GRCh

2022-08-15 18:59:18 2057

转载 dplyr使用记录

need=dplyr::left_join(tes,match,by="chromosome:start")#通过chromosome:start列转换。

2022-08-03 12:30:12 572 2

原创 R语言去除NA值

R语言去除NA值

2022-08-03 12:03:06 7901

原创 R语言合并多个文件

R语言合并多个文件

2022-08-02 16:20:08 1373

原创 TwoSampleMR 笔记

在使用QTL和GWAS summary statistic 进行孟德尔随机分析时，记录一下。

2022-08-02 16:18:17 1360

原创 R语言简单绘制热图(heatmaps包)

R语言简单绘制热图(heatmaps包)

2022-07-27 09:47:14 961

原创 R语言提取csv文件的某几行

R语言提取csv文件的某几行

2022-07-26 22:28:56 4189

CPASSOC分析记录
CPASSOC包

2024-06-05

eniverment.yml
eniverment.yml

2024-04-15

eniverment.yml
eniverment.yml

2024-04-15

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